PDB-8cjk: Crystal structure of human tryptophan hydroxylase 1 in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cjk

タイトル

Crystal structure of human tryptophan hydroxylase 1 in complex with inhibitor KM-06-098

要素

Tryptophan 5-hydroxylase 1

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / catalytic domain / TPH1 / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of hemostasis / tryptophan 5-monooxygenase / tryptophan 5-monooxygenase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / aromatic amino acid metabolic process / serotonin biosynthetic process / platelet degranulation / bone remodeling / NGF-stimulated transcription / mammary gland alveolus development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45914977372 Å

データ登録者

Schuetz, A. / Mallow, K. / Nazare, M. / Specker, E. / Heinemann, U.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Design of Xanthine-Imidazopyridines and -Imidazothiazoles as Highly Potent and In Vivo Efficacious Tryptophan Hydroxylase Inhibitors.
著者: Specker, E. / Wesolowski, R. / Schutz, A. / Matthes, S. / Mallow, K. / Wasinska-Kalwa, M. / Winkler, L. / Oder, A. / Alenina, N. / Pleimes, D. / von Kries, J.P. / Heinemann, U. / Bader, M. / Nazare, M.

履歴

登録	2023年2月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cjk.cif.gz	172.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cjk.ent.gz	109.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cjk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8cjk_validation.pdf.gz	766.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cjk_full_validation.pdf.gz	768.8 KB	表示
XML形式データ	8cjk_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	8cjk_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/8cjk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/8cjk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8cjiC 8cjjC 8cjlC 8cjmC 8cjnC 8cjoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (17) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tryptophan 5-hydroxylase 1

ヘテロ分子

38 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.96, 57.875, 59.054
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 97.741, 90.0
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Tryptophan 5-hydroxylase 1 / Tryptophan 5-monooxygenase 1 分子量: 37424.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPH1, TPH, TPRH, TRPH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17752, tryptophan 5-monooxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-UVU / 3-ethyl-8-[(2-methylimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl)methyl]-7-[[4-(1-methylpyrazol-3-yl)phenyl]methyl]purine-2,6-dione 分子量: 500.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₄N₈O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.35 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 27% PEG 3350, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.459→41.15 Å / Num. obs: 54099 / % possible obs: 99.05 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 15.8717395253 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06335 / Net I/σ(I): 13.36
反射シェル	解像度: 1.459→1.511 Å / R_merge(I) obs: 0.8468 / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique obs: 5279 / CC_1/2: 0.622 / % possible all: 96.63

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.45914977372→41.1485066195 Å / SU ML: 0.146143453055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36700110579 / 位相誤差: 18.782577142

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.183981915097	2101	3.88376434922 %
R_work	0.154573739291	51996	-
obs	0.155720294446	54097	99.0442886175 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.6504132848 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45914977372→41.1485066195 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2352	0	37	354	2743

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00999346459682	2462
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.28894127593	3335
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0522417399846	346
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00714107447474	428
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.7700890791	914

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45914977372-1.4931	0.284955312094	134	0.284325845177	3312	X-RAY DIFFRACTION	95.1670809169
1.4931-1.5304	0.27183938354	140	0.243191028867	3471	X-RAY DIFFRACTION	99.6137931034
1.5304-1.5718	0.276357327023	140	0.224435445377	3462	X-RAY DIFFRACTION	99.6679579413
1.5718-1.6181	0.246962126494	141	0.206792861385	3476	X-RAY DIFFRACTION	99.231824417
1.6181-1.6703	0.234667075235	137	0.202089024535	3405	X-RAY DIFFRACTION	98.883305416
1.6703-1.73	0.202123688241	139	0.197585501878	3447	X-RAY DIFFRACTION	98.0317113177
1.73-1.7993	0.228910582322	140	0.176489489154	3463	X-RAY DIFFRACTION	99.6680497925
1.7993-1.8811	0.200643738132	141	0.161010718066	3491	X-RAY DIFFRACTION	99.7254255903
1.8811-1.9803	0.186060644846	141	0.151583211847	3483	X-RAY DIFFRACTION	99.6699669967
1.9803-2.1044	0.178421121837	139	0.147240049138	3445	X-RAY DIFFRACTION	99.1973429283
2.1044-2.2669	0.186818536826	140	0.148177360274	3473	X-RAY DIFFRACTION	98.8508891929
2.2669-2.495	0.1748161002	142	0.141159192907	3499	X-RAY DIFFRACTION	99.8081140351
2.495-2.8559	0.157592009862	141	0.146940818532	3493	X-RAY DIFFRACTION	99.5889284736
2.8559-3.5978	0.145954605244	142	0.143819843875	3511	X-RAY DIFFRACTION	99.3202827624

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.29574271562	-2.61205192199	2.37840481521	5.36503862085	-4.69969493024	4.84420680187	0.0115239472996	0.263173034062	0.139387864445	-0.205457898929	0.157283663308	0.416755083808	0.0278979227532	-0.120523928425	-0.193722341715	0.138890832424	-0.00853574490691	-0.0320513965124	0.178075614127	0.0517533343546	0.246396915007	-33.8281875103	13.8431967181	-7.99985171626
2	1.70512879235	-2.05534841642	-1.24069424455	4.45595686498	2.62823171559	2.62860817157	-0.0802504428907	0.319627070757	-0.267831144284	-0.0259911628917	-0.10418580517	0.376878840654	-0.0402550950118	-0.337050134906	0.0862710531207	0.255983223032	-0.00955608802337	-0.0565167907918	0.295303824527	-0.0332475189885	0.215330263505	-22.3158932149	-2.74536522243	-22.8576453827
3	1.93293065042	-1.23035820974	-1.37872457852	1.74723309696	1.00682804381	2.31397838594	-0.0995353872433	0.182595077865	-0.240924873052	0.0159376625584	-0.024089152919	0.186281932897	0.218436825596	-0.193564217454	0.109052350063	0.162598034578	-0.0314629193718	-0.0264251769922	0.112442065028	-0.00773872948914	0.172899464929	-22.2902810139	-6.7661754586	-9.76199281965
4	2.83869434741	1.8772325428	0.00861428341782	3.63687606035	-0.0271294646022	1.03526702647	-0.0419983281268	0.0284538722225	-0.264534984143	-0.152060666462	-0.0786337146056	-0.599612979489	0.087718442909	0.160213038343	0.107384267818	0.137154995739	0.0464747995474	-0.0277002435777	0.16304091402	0.015108691258	0.207905038015	-0.806841570996	-1.6113633394	-11.4653398476
5	0.877885120337	1.51766704642	-1.09115359501	5.70548740934	-4.66937494723	6.85048571629	0.0258791842535	-0.347233002767	0.0582784280533	0.576996363151	-0.101933417201	-0.118716472399	-0.323745503797	0.109186136946	0.107165999648	0.18285006077	-0.0118593396139	-0.0678325586382	0.241187899329	-0.00631309340262	0.216420309028	-2.51631923185	9.73408083668	-1.10067069302
6	3.56241174902	-1.77453744067	-1.38484057505	4.22292317603	0.978809772043	3.21199117199	-0.131425336646	-0.233779871206	-0.191129430683	0.374585395589	0.0515207967685	-0.114098474908	0.179257998309	0.254958064757	0.0533956457935	0.138238106921	0.011003674805	-0.0573582420471	0.142799430353	0.0186862590677	0.124259658055	-11.0240489357	1.57576466989	0.198609196614
7	1.07207662959	-0.282019968937	0.0939123414629	1.95373206662	0.185971779657	0.664119856714	0.0640158983469	0.167889116546	0.0312687800013	-0.0746345612777	-0.0438488632683	-0.0802243415129	0.0726854829424	0.0220089973306	-0.00982185213864	0.124735892053	1.35542632054E-5	-0.0284756084807	0.125235461033	-0.000863862542655	0.106245169684	-16.2289305149	5.48847958278	-12.0164507782
8	1.56979345201	-0.206645418777	-0.832937432741	1.59400136545	0.401660233405	1.50885789295	0.0770238309427	0.262398389417	0.14959201994	-0.0931807711744	-0.0278126299973	0.0660857514848	-0.081342038614	-0.0404948250429	-0.0674563239081	0.116187584005	0.0123032325035	-0.0230017733733	0.0991002099431	0.025655577578	0.118108188304	-19.8075990429	20.2108873973	-13.542386551
9	2.23100294287	0.32351639087	-0.32550833521	2.65253700456	0.310109224488	1.90436003024	0.114357870743	0.106567226563	0.0578061749642	0.0767766744152	-0.0705042546779	-0.496861199357	-0.0892581110467	0.270699309333	-0.0259449324996	0.111509925577	-0.0132889898934	-0.0403423846845	0.159344269345	0.020040896453	0.182914069486	-2.69449345438	16.1061571835	-13.8340020578
10	2.35203227775	-1.22302917016	0.466438089918	3.17011008369	-0.53030925162	1.2606898311	0.177256208785	0.506066736808	0.227396157915	-0.367969201511	-0.192451838267	-0.185376867623	-0.0909470041503	0.153819944824	-0.0500964227797	0.186032905502	0.0129801644655	0.0296675313781	0.253037937662	0.0537887391145	0.177845442554	-4.35569612343	19.192435973	-22.4242811125
11	1.82618212098	-0.453860852596	-1.11718640922	3.44699148074	1.46156021744	3.83279121196	0.0280833776618	0.508981770125	0.0588425144582	-0.49528348593	-0.0450561047127	-0.0334197176035	0.0638763485574	0.122909767259	-0.0402337682383	0.204417464048	0.0555002411003	-0.00448685554746	0.220653445373	0.0328829251072	0.136477546877	-8.08764766736	16.8944695075	-23.6558895694
12	4.16387653568	-1.28667599454	0.636540540369	4.9021392459	0.586820068135	3.66129665336	-0.0207549879599	0.0909242149443	0.419574034987	-0.126423492404	0.00646848129396	-0.00649752843485	-0.61418371226	-0.139022586076	0.0495784259507	0.246207363282	0.0339408949447	0.022822257563	0.118072183186	0.0274069239316	0.169414779198	-16.4177357459	28.829781288	-11.6691518873

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 104 through 118 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 119 through 138 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 139 through 167 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 168 through 188 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 189 through 203 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 204 through 225 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 226 through 283 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 284 through 315 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 316 through 337 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 338 through 361 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 362 through 378 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 379 through 394 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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