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- PDB-8ciy: DNA-polymerase sliding clamp (DnaN) from Escherichia coli in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ciy
タイトルDNA-polymerase sliding clamp (DnaN) from Escherichia coli in complex with Cyclohexyl-Griselimycin.
要素
  • Beta sliding clamp
  • Cyclohexyl-Griselimycin
キーワードTRANSFERASE / DnaN / Sliding clamp / DNA-polymerase beta subunit / Antibiotic / Natural product / Anti-tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-prone translesion synthesis / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 3'-5' exonuclease activity ...Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-prone translesion synthesis / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / :
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ACETATE ION / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Fu, C. / Liu, Y. / Walt, C. / Bader, C. / Rasheed, S. / Lukat, P. / Neuber, M. / Blankenfeldt, W. / Kalinina, O. / Mueller, R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Elucidation of unusual biosynthesis and DnaN-targeting mode of action of potent anti-tuberculosis antibiotics Mycoplanecins.
著者: Fu, C. / Liu, Y. / Walt, C. / Rasheed, S. / Bader, C.D. / Lukat, P. / Neuber, M. / Haeckl, F.P.J. / Blankenfeldt, W. / Kalinina, O.V. / Muller, R.
履歴
登録2023年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
B: Cyclohexyl-Griselimycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,72817
ポリマ－42,0992
非ポリマー62815
水7,368409
1
A: Beta sliding clamp
B: Cyclohexyl-Griselimycin
ヘテロ分子

A: Beta sliding clamp
B: Cyclohexyl-Griselimycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,45534
ポリマ－84,1994
非ポリマー1,25630
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area9090 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area32450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.907, 150.723, 71.502
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-825-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta sliding clamp / Beta clamp / Sliding clamp / Beta-clamp processivity factor / DNA polymerase III beta sliding clamp subunit


分子量: 40901.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dnaN, b3701, JW3678 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A988
#2: タンパク質・ペプチド Cyclohexyl-Griselimycin


タイプ: Peptide-like / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1197.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002466

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非ポリマー , 6種, 424分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細Novel synthetic analog of natural product Griselimycin
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 0.64 M CaCl2 0.5 M Li Acetate 9.4 % (w/v) PEG 8000 0.1 M HEPES/NaOH 7.7 Cryoprotection: 10 % (v/v) (2R,3R)-2,3-butanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→19.98 Å / Num. obs: 67324 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 0.88 / Net I/σ(I): 21.4 / Num. measured all: 901633
反射 シェル解像度: 1.54→1.62 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.918 / Num. measured all: 123025 / Num. unique obs: 9751 / CC1/2: 0.876 / Rpim(I) all: 0.268 / Rrim(I) all: 0.957 / Χ2: 0.73 / Net I/σ(I) obs: 2.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
autoPROC1.0.5data processing
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.54→19.98 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2001 3527 5.24 %
Rwork0.1709 --
obs0.1724 67313 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2767 0 113 409 3289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073201
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9964381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5881272
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.54-1.560.26161370.23832507X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.580.29741230.23592547X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.610.28771170.22572543X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.630.23931500.21762527X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.660.23681490.20882513X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.690.25221560.2022506X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.720.23391320.20092529X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.750.22351590.18362529X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.790.21941330.18262524X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.820.22421540.18142502X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.870.23641420.17182561X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.910.191530.17422483X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.970.16631090.16542613X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.020.21811450.16042500X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.090.20311730.1632504X-RAY DIFFRACTION100
2.09-2.160.17381300.15792586X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.250.18481390.15322537X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.350.18421440.16392539X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.480.20811470.1652562X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.630.18081750.17332535X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.830.20431460.17142543X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.120.20161320.1692614X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.570.17991460.16342583X-RAY DIFFRACTION100
3.57-4.480.16881330.14612632X-RAY DIFFRACTION100
4.48-19.980.23371030.18712767X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0598-0.5049-0.23811.07860.36181.42570.00770.0113-0.09810.04440.0162-0.00780.07560.1221-0.02350.13230.0051-0.00750.13850.00130.1377-65.5375-16.465720.3437
22.8474-0.12180.14870.08490.07890.0928-0.0509-0.101-0.2742-0.00480.02660.04890.0313-0.05350.01770.20080.0088-0.01560.1831-0.01410.2135-39.3638-27.060317.6376
30.92960.39220.291.07370.40710.56360.03920.0334-0.1377-0.045-0.0288-0.02450.044-0.0078-0.01060.140.0101-0.00630.1567-0.01670.1549-14.9814-13.332917.529
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 109 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 110 through 235 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 236 through 366 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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