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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8chx | |||||||||
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タイトル | Structure and function of LolA from Vibrio cholerae | |||||||||
要素 | Outer-membrane lipoprotein carrier protein | |||||||||
キーワード | LIPID TRANSPORT / Lipid (脂質) / periplasm (ペリプラズム) / gram-negative (グラム陰性菌) | |||||||||
機能・相同性 | Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA, Proteobacteria / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA-like / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / lipoprotein localization to outer membrane / lipoprotein transport / ペリプラズム / Outer-membrane lipoprotein carrier protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Jaiman, D. / Nagampalli, R. / Persson, K. | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023 タイトル: A comparative analysis of lipoprotein transport proteins: LolA and LolB from Vibrio cholerae and LolA from Porphyromonas gingivalis. 著者: Jaiman, D. / Nagampalli, R. / Persson, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8chx.cif.gz | 99.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8chx.ent.gz | 74.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8chx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8cgmC 8cm1C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23789.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: lolA, VC0395_A0626, VC395_1122 / プラスミド: petHis1a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5F2G9 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.0, 20 mM Zinc-acetate, 20% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8731 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→45.83 Å / Num. obs: 37905 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 1.07 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 375785 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.711 / Num. unique obs: 2234 / CC1/2: 0.871 / Rpim(I) all: 0.234 / Rrim(I) all: 0.749 / Χ2: 0.93 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→42.8 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.8 Å
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拘束条件 |
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