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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cm1 | |||||||||
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タイトル | Lol B - Localization of lipoprotein B from Vibrio cholera | |||||||||
要素 | Outer-membrane lipoprotein LolB | |||||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Localization of Lipoproteins | |||||||||
機能・相同性 | Outer membrane lipoprotein LolB / Outer membrane lipoprotein LolB / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / lipoprotein localization to outer membrane / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / protein transport / Outer-membrane lipoprotein LolB 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Jaiman, D. / Persson, K. | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023 タイトル: A comparative analysis of lipoprotein transport proteins: LolA and LolB from Vibrio cholerae and LolA from Porphyromonas gingivalis. 著者: Jaiman, D. / Nagampalli, R. / Persson, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cm1.cif.gz | 107.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cm1.ent.gz | 70 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cm1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/8cm1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/8cm1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8cgmC 8chxC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24827.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) 遺伝子: lolB, D6U24_00025, ERS013165_00010, ERS013207_00996 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H5XM84 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / Density meas: 0.99 Mg/m3 / 溶媒含有率: 51.77 % / 解説: Needles and Rod |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M KCl, 0.1 M Bis-Tris 6.0, 18% w/v PEG4000 / PH範囲: 5.7-6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97624 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97624 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.46→40.1 Å / Num. obs: 39405 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.46→1.512 Å / Rmerge(I) obs: 0.3738 / Mean I/σ(I) obs: 1.69 / Num. unique obs: 3862 / CC1/2: 0.752 / CC star: 0.927 / Rpim(I) all: 0.3738 / Rrim(I) all: 0.5287 / % possible all: 99.97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.46→35.86 Å / SU ML: 0.1601 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.009 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.46→35.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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