PDB-8chr: The FK1 domain of FKBP51 in complex with (1S,5S,6R)-10-((R)-(3,5-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8chr

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with (1S,5S,6R)-10-((R)-(3,5-dichlorophenyl)sulfonimidoyl)-3-(pyridin-2-ylmethyl)-5-vinyl-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / response to alcohol / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / ESR-mediated signaling / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / response to cocaine / peptidylprolyl isomerase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Meyners, C. / Purder, P.L. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2023
タイトル: Deconstructing Protein Binding of Sulfonamides and Sulfonamide Analogues.
著者: Purder, P.L. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Kolos, J. / Lohr, F. / Gebel, J. / Nehls, T. / Dotsch, V. / Lermyte, F. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8chr.cif.gz	151.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8chr.ent.gz	90 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8chr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8chr_validation.pdf.gz	823 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8chr_full_validation.pdf.gz	823.4 KB	表示
XML形式データ	8chr_validation.xml.gz	9.7 KB	表示
CIF形式データ	8chr_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8chiC 8chjC 8chkC 8chlC 8chmC 8chnC 8chpC 8chqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.128, 54.222, 56.011
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-UUI / (1S,5S,6R)-10-[[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonimidoyl]-5-ethenyl-3-(pyridin-2-ylmethyl)-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one 分子量: 479.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄Cl₂N₄O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 32% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.1→42.13 Å / Num. obs: 52812 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 16

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
6.02-42.13	6.6	0.023	386	1	0.013	0.026
1.1-1.12	7.2	1.104	2555	0.632	0.656	1.289

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.1→38.988 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 1.165 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.031 / ESU R Free: 0.033 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1923	2655	5.034 %
R_work	0.1594	50088	-
all	0.161	-	-
obs	-	52743	99.928 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.353 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.745 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.154 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.591 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→38.988 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	956	0	31	190	1177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	937
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.893	1.689	1382
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.901	1.612	2165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.817	5	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.939	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.983	10	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.94	10	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.144	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	2.158	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	218
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	878
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	519
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	533
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.216	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.3	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.142	1.356	519
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.141	1.356	518
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.446	2.443	647
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.445	2.443	648
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.463	1.579	498
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.462	1.581	499
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.985	2.824	735
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.984	2.826	736
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.922	22.196	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.605	16.023	1130
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.101	3	1954

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.1-1.129	0.283	222	0.254	3611	0.256	3836	0.936	0.955	99.9218	0.249
1.129-1.159	0.241	196	0.229	3538	0.23	3736	0.966	0.966	99.9465	0.22
1.159-1.193	0.232	200	0.21	3458	0.211	3661	0.969	0.972	99.9181	0.199
1.193-1.23	0.23	180	0.207	3382	0.208	3565	0.964	0.972	99.9158	0.195
1.23-1.27	0.189	160	0.182	3283	0.182	3450	0.978	0.98	99.7971	0.164
1.27-1.315	0.185	168	0.165	3161	0.166	3330	0.98	0.983	99.97	0.146
1.315-1.364	0.186	155	0.149	3064	0.151	3219	0.98	0.986	100	0.131
1.364-1.42	0.187	153	0.146	2949	0.148	3103	0.98	0.987	99.9678	0.126
1.42-1.483	0.183	172	0.137	2796	0.14	2971	0.981	0.988	99.899	0.119
1.483-1.555	0.175	140	0.127	2757	0.129	2898	0.98	0.99	99.9655	0.111
1.555-1.639	0.165	101	0.125	2609	0.127	2710	0.983	0.99	100	0.111
1.639-1.738	0.174	119	0.128	2453	0.13	2574	0.983	0.99	99.9223	0.114
1.738-1.858	0.168	125	0.129	2309	0.131	2435	0.983	0.989	99.9589	0.119
1.858-2.006	0.162	120	0.13	2167	0.131	2288	0.985	0.989	99.9563	0.123
2.006-2.197	0.176	116	0.137	1959	0.139	2076	0.981	0.989	99.9518	0.136
2.197-2.456	0.158	95	0.143	1830	0.144	1925	0.984	0.987	100	0.145
2.456-2.834	0.154	67	0.157	1630	0.157	1697	0.983	0.984	100	0.164
2.834-3.466	0.196	90	0.17	1362	0.171	1456	0.977	0.982	99.7253	0.184
3.466-4.883	0.209	52	0.16	1108	0.162	1162	0.979	0.984	99.8279	0.189
4.883-38.988	0.374	24	0.243	662	0.247	689	0.94	0.962	99.5646	0.288

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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