PDB-8chj: Human FKBP12 in complex with (1S,5S,6R)-10-((R)-(3,5-dichlorophen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8chj

タイトル

Human FKBP12 in complex with (1S,5S,6R)-10-((R)-(3,5-dichlorophenyl)sulfonimidoyl)-3-(pyridin-2-ylmethyl)-5-vinyl-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

キーワード

ISOMERASE / FKBP12 / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

macrolide binding / activin receptor binding / regulation of skeletal muscle contraction by regulation of release of sequestered calcium ion / cytoplasmic side of membrane / transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type I transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of activin receptor signaling pathway / heart trabecula formation / I-SMAD binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.697 Å

データ登録者

Meyners, C. / Purder, P.L. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2023
タイトル: Deconstructing Protein Binding of Sulfonamides and Sulfonamide Analogues.
著者: Purder, P.L. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Kolos, J. / Lohr, F. / Gebel, J. / Nehls, T. / Dotsch, V. / Lermyte, F. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8chj.cif.gz	436.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8chj.ent.gz	274.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8chj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8chiC 8chkC 8chlC 8chmC 8chnC 8chpC 8chqC 8chrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

ヘテロ分子

49.4 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.716, 80.120, 66.895
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.072, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 107 / Label seq-ID: 1 - 107

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A / PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding ...PPIase FKBP1A / 12 kDa FK506-binding protein / 12 kDa FKBP / FKBP-12 / Calstabin-1 / FK506-binding protein 1A / FKBP-1A / Immunophilin FKBP12 / Rotamase 分子量: 11832.496 Da / 分子数: 4 / 変異: C22V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1A, FKBP1, FKBP12 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P62942, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-UQI / (1S,5S,6R)-10-[[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonimidoyl]-5-ethenyl-3-(pyridin-2-ylmethyl)-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one 分子量: 479.423 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄Cl₂N₄O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.32M Na-K tartrate, 0.2 M ammonium citrate, 0.1M MES pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.697→48.755 Å / Num. obs: 56711 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 13.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.98-48.71	5.4	0.035	406	0.998	0.024	0.043
1.7-1.73	6.5	1.007	2895	0.711	0.634	1.193

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.697→48.755 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 4.682 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2047	2813	4.962 %
R_work	0.1828	53874	-
all	0.184	-	-
obs	-	56687	99.766 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.864 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.764 Å²	-0 Å²	-1.43 Å²
2-	-	-0.597 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.113 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.697→48.755 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3237	0	134	357	3728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	3462
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	3201
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.664	1.711	4707
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.884	1.621	7375
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.251	5	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.425	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.558	10	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.426	10	137
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.143	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	2.143	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	772
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	498
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.053	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.237	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.839	1.979	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.839	1.979	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.688	3.554	2136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.688	3.554	2137
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.653	2.176	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.652	2.176	1743
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.931	3.883	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.93	3.883	2572
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.78	23.72	3744
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.729	22.27	3677
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.107	0.05	3137
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.101	0.05	3152
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.106	0.05	3114
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.114	0.05	3121
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.082	0.05	3193
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.107	0.05	3096

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1068	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1068	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.101	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.101	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1061	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1061	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11393	0.05008
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11393	0.05008
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08193	0.0501
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08193	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10661	0.05009
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10661	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.697-1.741	0.277	226	0.282	3916	0.281	4223	0.941	0.936	98.0819	0.273
1.741-1.789	0.263	207	0.261	3833	0.261	4041	0.945	0.949	99.9753	0.249
1.789-1.841	0.24	160	0.241	3792	0.241	3952	0.956	0.959	100	0.226
1.841-1.897	0.216	189	0.212	3677	0.212	3866	0.964	0.969	100	0.195
1.897-1.959	0.224	203	0.197	3536	0.199	3739	0.969	0.973	100	0.18
1.959-2.028	0.225	178	0.193	3461	0.195	3639	0.966	0.975	100	0.175
2.028-2.105	0.192	146	0.184	3305	0.184	3451	0.974	0.979	100	0.168
2.105-2.19	0.207	158	0.183	3185	0.184	3343	0.973	0.979	100	0.169
2.19-2.287	0.2	161	0.185	3085	0.185	3248	0.973	0.979	99.9384	0.171
2.287-2.399	0.241	141	0.186	2921	0.189	3062	0.963	0.978	100	0.172
2.399-2.528	0.215	154	0.183	2793	0.185	2949	0.972	0.978	99.9322	0.172
2.528-2.681	0.24	154	0.195	2625	0.197	2782	0.962	0.976	99.8922	0.186
2.681-2.866	0.228	106	0.19	2496	0.191	2606	0.967	0.978	99.8465	0.185
2.866-3.094	0.21	120	0.191	2302	0.192	2427	0.975	0.978	99.794	0.191
3.094-3.388	0.232	125	0.191	2096	0.193	2231	0.967	0.98	99.5518	0.194
3.388-3.786	0.19	90	0.165	1953	0.166	2047	0.984	0.986	99.8046	0.173
3.786-4.367	0.161	98	0.139	1688	0.14	1792	0.986	0.989	99.6652	0.153
4.367-5.338	0.156	90	0.136	1434	0.137	1529	0.989	0.991	99.673	0.152
5.338-7.504	0.181	63	0.194	1137	0.193	1202	0.984	0.982	99.8336	0.211
7.504-48.755	0.189	44	0.192	639	0.192	689	0.98	0.975	99.1292	0.235

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1563	-0.3779	0.0643	1.4598	-0.1208	0.3247	-0.0217	0.0764	0.0144	0.2081	-0.0763	0.067	0.022	0.0316	0.098	0.0597	0.0034	0.0269	0.0842	0.005	0.1018	-6.3057	16.3163	-26.7505
2	0.4516	0.0254	-0.0085	0.7732	0.2561	0.6355	-0.0177	-0.0188	-0.0296	0.0452	-0.0201	-0.0059	-0.0848	-0.0888	0.0377	0.0514	0.0285	-0.0055	0.0971	-0.0024	0.0574	-3.7913	42.9908	-16.0138
3	0.8877	-0.5557	-0.361	0.6665	0.2379	0.4261	-0.0178	0.0446	0.0651	0.074	-0.0134	-0.0556	0.0524	0.0105	0.0312	0.0199	0.0115	0	0.0968	0.0089	0.0851	18.8761	33.3669	-38.1758
4	0.7976	0.6888	0.064	0.6593	0.0386	1.7424	-0.0054	-0.0631	0.0386	-0.1358	-0.036	0.0184	0.2493	-0.0382	0.0414	0.2631	-0.0144	0.0246	0.0135	0.0003	0.0194	2.3084	32.5738	3.4331

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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