PDB-8chq: The FK1 domain of FKBP51 in complex with (1S,5S,6R)-10-((S)-3,5-d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8chq

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with (1S,5S,6R)-10-((S)-3,5-dichloro-N-methylphenylsulfonimidoyl)-3-(pyridin-2-ylmethyl)-5-vinyl-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / chaperone-mediated protein folding / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.01 Å

データ登録者

Meyners, C. / Purder, P.L. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2023
タイトル: Deconstructing Protein Binding of Sulfonamides and Sulfonamide Analogues.
著者: Purder, P.L. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Kolos, J. / Lohr, F. / Gebel, J. / Nehls, T. / Dotsch, V. / Lermyte, F. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8chq.cif.gz	154.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8chq.ent.gz	91.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8chq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8chq_validation.pdf.gz	857.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8chq_full_validation.pdf.gz	859.4 KB	表示
XML形式データ	8chq_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	8chq_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8chiC 8chjC 8chkC 8chlC 8chmC 8chnC 8chpC 8chrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.350, 54.651, 56.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-UMR / (1S,5S,6R)-10-[S-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]-N-methyl-sulfonimidoyl]-5-ethenyl-3-(pyridin-2-ylmethyl)-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one 分子量: 493.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₆Cl₂N₄O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 30% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.01→42.35 Å / Num. obs: 68384 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.029 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 25.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
5.53-42.35	6.7	0.019	508	0.999	0.011	0.022
1.01-1.03	7	0.62	3255	0.836	0.368	0.723

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.01→39.363 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 0.591 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1661	3314	4.85 %
R_work	0.149	65012	-
all	0.15	-	-
obs	-	68326	98.146 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.947 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.472 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.44 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.032 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.01→39.363 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	950	0	32	224	1206

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.016	956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.683	1.691	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.812	1.619	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.395	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.901	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.221	10	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.406	10	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.985	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	221
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	885
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	514
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	520
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.063	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.728	1.319	525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.73	1.318	524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.365	2.308	658
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.362	2.308	659
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.869	1.441	505
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.866	1.442	506
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.959	2.599	741
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.957	2.601	742
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.762	17.44	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.464	13.267	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.148	3	1986

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.01-1.036	0.221	242	0.211	4620	0.211	5059	0.971	0.977	96.1059	0.19
1.036-1.064	0.194	220	0.172	4583	0.173	4973	0.978	0.984	96.5815	0.148
1.064-1.095	0.167	217	0.145	4433	0.146	4808	0.984	0.988	96.7138	0.123
1.095-1.129	0.152	218	0.125	4319	0.126	4670	0.987	0.991	97.152	0.105
1.129-1.166	0.135	197	0.119	4251	0.119	4566	0.989	0.992	97.4157	0.101
1.166-1.207	0.133	200	0.118	4131	0.119	4431	0.989	0.992	97.7432	0.101
1.207-1.252	0.128	237	0.116	3893	0.117	4219	0.99	0.992	97.8905	0.1
1.252-1.303	0.127	179	0.112	3846	0.112	4112	0.99	0.993	97.8842	0.098
1.303-1.361	0.106	194	0.108	3697	0.108	3940	0.992	0.993	98.7563	0.096
1.361-1.428	0.134	160	0.109	3551	0.11	3749	0.989	0.993	98.9864	0.099
1.428-1.505	0.123	153	0.117	3420	0.117	3610	0.99	0.992	98.9751	0.108
1.505-1.596	0.137	173	0.118	3211	0.119	3402	0.987	0.992	99.4709	0.112
1.596-1.706	0.142	144	0.125	3050	0.126	3209	0.989	0.991	99.5326	0.121
1.706-1.842	0.145	156	0.137	2837	0.137	3003	0.987	0.989	99.667	0.136
1.842-2.018	0.162	157	0.141	2615	0.142	2791	0.985	0.988	99.3192	0.146
2.018-2.255	0.163	130	0.147	2350	0.147	2500	0.983	0.987	99.2	0.16
2.255-2.603	0.191	134	0.167	2103	0.168	2241	0.976	0.982	99.8215	0.186
2.603-3.184	0.201	93	0.183	1816	0.184	1917	0.975	0.978	99.5827	0.215
3.184-4.488	0.165	66	0.161	1433	0.161	1514	0.984	0.983	99.0092	0.196
4.488-39.363	0.273	44	0.23	853	0.232	903	0.952	0.967	99.3355	0.311

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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