PDB-8chp: The FK1 domain of FKBP51 in complex with (1S,5S,6R)-10-((S)-(3,5-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8chp

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with (1S,5S,6R)-10-((S)-(3,5-dichlorophenyl)sulfinyl)-3-(pyridin-2-ylmethyl)-5-vinyl-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1 Å

データ登録者

Meyners, C. / Purder, P.L. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2023
タイトル: Deconstructing Protein Binding of Sulfonamides and Sulfonamide Analogues.
著者: Purder, P.L. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Kolos, J. / Lohr, F. / Gebel, J. / Nehls, T. / Dotsch, V. / Lermyte, F. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8chp.cif.gz	146.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8chp.ent.gz	87 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8chp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8chiC 8chjC 8chkC 8chlC 8chmC 8chnC 8chqC 8chrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.306, 54.452, 56.405
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-UT6 / (1~{S},5~{S},6~{R})-10-[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfinyl-5-ethenyl-3-(pyridin-2-ylmethyl)-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one 分子量: 464.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₃Cl₂N₃O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 32% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1→42.31 Å / Num. obs: 71074 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.031 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 26.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 6.8 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
5.48-42.31	0.023	515	0.999	0.013	0.026
1-1.02	0.363	3475	0.923	0.226	0.43

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1→28.761 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 0.598 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.026 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1871	3442	4.848 %
R_work	0.1751	67558	-
all	0.176	-	-
obs	-	71000	99.931 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.241 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.012 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.091 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.103 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1→28.761 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	961	0	30	206	1197

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.016	968
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.903	1.684	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.869	1.611	2243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.495	5	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.681	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.403	10	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.631	10	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	2.145	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	224
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	902
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	519
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.145	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.235	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.912	0.592	534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.91	0.591	533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.31	1.071	671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.309	1.071	672
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.632	0.813	510
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.631	0.814	511
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.472	1.411	749
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.47	1.412	750
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.183	12.484	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.845	8.674	1153

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1-1.026	0.225	242	0.225	4939	0.225	5182	0.973	0.971	99.9807	0.2
1.026-1.054	0.21	251	0.192	4789	0.193	5041	0.973	0.978	99.9802	0.17
1.054-1.085	0.2	234	0.184	4706	0.184	4948	0.975	0.979	99.8383	0.165
1.085-1.118	0.205	209	0.174	4572	0.175	4784	0.973	0.981	99.9373	0.156
1.118-1.154	0.171	212	0.167	4426	0.167	4642	0.981	0.982	99.9138	0.152
1.154-1.195	0.189	235	0.169	4233	0.17	4469	0.978	0.982	99.9776	0.153
1.195-1.24	0.203	226	0.175	4131	0.176	4357	0.973	0.981	100	0.161
1.24-1.29	0.188	179	0.171	3980	0.171	4161	0.977	0.982	99.9519	0.158
1.29-1.348	0.173	194	0.162	3826	0.162	4021	0.982	0.984	99.9751	0.151
1.348-1.413	0.182	171	0.163	3684	0.163	3857	0.979	0.983	99.9481	0.154
1.413-1.49	0.168	176	0.168	3474	0.168	3650	0.981	0.983	100	0.16
1.49-1.58	0.17	173	0.156	3294	0.157	3470	0.984	0.985	99.9135	0.153
1.58-1.688	0.197	134	0.159	3141	0.161	3279	0.976	0.984	99.878	0.161
1.688-1.823	0.171	180	0.167	2894	0.168	3075	0.98	0.983	99.9675	0.172
1.823-1.996	0.159	144	0.171	2661	0.17	2807	0.984	0.982	99.9287	0.184
1.996-2.231	0.181	137	0.166	2451	0.166	2593	0.982	0.983	99.8072	0.186
2.231-2.573	0.187	131	0.174	2143	0.175	2276	0.978	0.981	99.9121	0.205
2.573-3.145	0.194	91	0.186	1865	0.186	1958	0.976	0.978	99.8979	0.224
3.145-4.422	0.185	70	0.172	1470	0.172	1542	0.979	0.982	99.8703	0.219
4.422-28.761	0.241	53	0.229	879	0.229	934	0.956	0.972	99.7859	0.312

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -8.8436 Å / Origin y: -12.2634 Å / Origin z: 9.7118 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0076 Å²	-0.0007 Å²	-0.0024 Å²	-	0.0156 Å²	0.0069 Å²	-	-	0.0052 Å²
L	0.7771 °²	0.2212 °²	0.0784 °²	-	1.3267 °²	0.1234 °²	-	-	0.4181 °²
S	0.0142 Å °	-0.0763 Å °	-0.0594 Å °	0.0891 Å °	0.0068 Å °	-0.0203 Å °	0.028 Å °	-0.0523 Å °	-0.021 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)