PDB-8chn: The FK1 domain of FKBP51 in complex with (1S,5S,6R)-10-((S)-(3,5-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8chn

タイトル

The FK1 domain of FKBP51 in complex with (1S,5S,6R)-10-((S)-(3,5-dichlorophenyl)sulfonimidoyl)-3-(pyridin-2-ylmethyl)-5-vinyl-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / chaperone-mediated protein folding / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / response to bacterium / protein folding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.99 Å

データ登録者

Meyners, C. / Purder, P.L. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Jacs Au / 年: 2023
タイトル: Deconstructing Protein Binding of Sulfonamides and Sulfonamide Analogues.
著者: Purder, P.L. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Kolos, J. / Lohr, F. / Gebel, J. / Nehls, T. / Dotsch, V. / Lermyte, F. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb8chn.ent.gz	87.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8chn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8chn_validation.pdf.gz	845.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8chn_full_validation.pdf.gz	845 KB	表示
XML形式データ	8chn_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	8chn_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8chn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8chiC 8chjC 8chkC 8chlC 8chmC 8chpC 8chqC 8chrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.220, 54.047, 56.085
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-UUI / (1S,5S,6R)-10-[[3,5-bis(chloranyl)phenyl]sulfonimidoyl]-5-ethenyl-3-(pyridin-2-ylmethyl)-3,10-diazabicyclo[4.3.1]decan-2-one 分子量: 479.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄Cl₂N₄O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 32% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 0.99→42.22 Å / Num. obs: 71936 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.037 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 18

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
5.42-42.22	6.8	0.024	523	0.999	0.013	0.027
0.99-1.01	6.6	0.852	3517	0.683	0.524	1.003

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 0.99→38.948 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 0.779 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1967	3489	4.855 %
R_work	0.1892	68380	-
all	0.19	-	-
obs	-	71869	99.671 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.045 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.17 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.99→38.948 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	961	0	31	174	1166

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	983
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.884	1.69	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.719	1.616	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.66	5	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.251	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.366	10	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.217	10	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.55	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	224
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	190
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	910
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	526
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.192	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.314	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.007	0.773	534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.007	0.772	533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.416	1.393	671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.415	1.393	672
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.618	0.961	515
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.616	0.962	516
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.309	1.7	754
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.308	1.7	755
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.344	13.806	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.033	10.193	1185

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
0.99-1.016	0.279	251	0.286	5007	0.286	5284	0.953	0.948	99.5079	0.278
1.016-1.044	0.269	255	0.255	4842	0.256	5117	0.95	0.958	99.6091	0.24
1.044-1.074	0.244	220	0.234	4758	0.234	4987	0.962	0.964	99.8195	0.216
1.074-1.107	0.234	222	0.216	4646	0.217	4869	0.964	0.969	99.9795	0.197
1.107-1.143	0.211	227	0.206	4474	0.206	4713	0.969	0.973	99.7454	0.188
1.143-1.183	0.193	230	0.205	4318	0.204	4559	0.977	0.973	99.7587	0.188
1.183-1.228	0.235	229	0.209	4161	0.211	4395	0.964	0.972	99.8862	0.191
1.228-1.278	0.215	183	0.2	4069	0.2	4258	0.969	0.975	99.8591	0.184
1.278-1.335	0.219	203	0.193	3855	0.195	4064	0.97	0.976	99.8524	0.18
1.335-1.4	0.199	172	0.188	3740	0.189	3927	0.974	0.977	99.618	0.176
1.4-1.475	0.211	171	0.189	3516	0.19	3699	0.973	0.978	99.6756	0.18
1.475-1.565	0.204	169	0.183	3371	0.184	3545	0.975	0.979	99.859	0.18
1.565-1.672	0.169	143	0.172	3159	0.172	3316	0.981	0.981	99.5778	0.173
1.672-1.806	0.191	181	0.182	2915	0.183	3107	0.977	0.979	99.646	0.188
1.806-1.978	0.176	148	0.173	2688	0.174	2852	0.983	0.981	99.439	0.186
1.978-2.211	0.168	139	0.175	2459	0.174	2621	0.985	0.982	99.1225	0.195
2.211-2.552	0.196	129	0.173	2173	0.174	2312	0.977	0.981	99.5675	0.2
2.552-3.122	0.177	94	0.189	1873	0.189	1983	0.98	0.978	99.1931	0.226
3.122-4.401	0.196	71	0.177	1477	0.178	1562	0.973	0.98	99.1037	0.218
4.401-38.948	0.212	52	0.209	880	0.209	937	0.962	0.973	99.4664	0.286

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -8.993 Å / Origin y: -12.2156 Å / Origin z: 9.5222 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0188 Å²	0.0021 Å²	0.0033 Å²	-	0.0296 Å²	0.0108 Å²	-	-	0.0104 Å²
L	0.9036 °²	0.2509 °²	0.2064 °²	-	1.6267 °²	0.3163 °²	-	-	0.8083 °²
S	0.0108 Å °	-0.0906 Å °	-0.0917 Å °	0.1734 Å °	0.0078 Å °	0.0152 Å °	0.0333 Å °	-0.1344 Å °	-0.0187 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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