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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ch2 | ||||||
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タイトル | PBP AccA from A. vitis S4 in complex with L-arabinose-2-phosphate (A2P) | ||||||
要素 | AccA | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein / solute binding protein | ||||||
機能・相同性 | 2-O-phosphono-alpha-L-arabinopyranose / 2-O-phosphono-beta-L-arabinopyranose 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Agrobacterium vitis S4 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.404 Å | ||||||
データ登録者 | Morera, S. / Deicsics, G. / Vigouroux, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2024 タイトル: A highly conserved ligand-binding site for AccA transporters of antibiotic and quorum-sensing regulator in Agrobacterium leads to a different specificity. 著者: Morera, S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Ahmar, M. / Meyer, T. / El Sahili, A. / Deicsics, G. / Gonzalez-Mula, A. / Li, S. / Dore, J. / Sirigu, S. / Legrand, P. / Penot, C. / Andre, ...著者: Morera, S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Ahmar, M. / Meyer, T. / El Sahili, A. / Deicsics, G. / Gonzalez-Mula, A. / Li, S. / Dore, J. / Sirigu, S. / Legrand, P. / Penot, C. / Andre, F. / Faure, D. / Soulere, L. / Queneau, Y. / Vial, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ch2.cif.gz | 300.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ch2.ent.gz | 244.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ch2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ch2_validation.pdf.gz | 801.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ch2_full_validation.pdf.gz | 804.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ch2_validation.xml.gz | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ch2_validation.cif.gz | 38.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8ch2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/8ch2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8c6rC 8c6uC 8c6wC 8c6yC 8c75C 8cawC 8cayC 8cb9C 8cdoC 8ch1C 8ch3C 8chcC 8ci6C 8cjuC 8ckdC 8ckeC 8ckoC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56652.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Agrobacterium vitis S4 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
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#2: 糖 | ChemComp-LAO / |
#3: 糖 | ChemComp-VDF / |
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.24 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 8000, HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.983997 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.983997 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 86791 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.24 % / Biso Wilson estimate: 18.83 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 30.57 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.881 / Num. unique obs: 13746 / CC1/2: 0.964 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.404→14.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU R Cruickshank DPI: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.066 / SU Rfree Blow DPI: 0.064 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.061 詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH FULL OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.35 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.404→14.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.404→1.41 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 17.641 Å / Origin y: -1.3259 Å / Origin z: -19.1493 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |