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万見
- PDB-8cgm: Structure of the lipoprotein transporter LolA from Porphyromonas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cgm
タイトルStructure of the lipoprotein transporter LolA from Porphyromonas gingivalis
要素Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA
キーワードPROTEIN TRANSPORT / lipoprotein / transport / periplasm
機能・相同性Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA-like / FORMIC ACID / Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA
機能・相同性情報
生物種Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Persson, K. / Jaiman, D. / Nagampalli, R.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-05009 スウェーデン
Swedish Research Council2007-08673 スウェーデン
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: A comparative analysis of lipoprotein transport proteins: LolA and LolB from Vibrio cholerae and LolA from Porphyromonas gingivalis.
著者: Jaiman, D. / Nagampalli, R. / Persson, K.
履歴
登録2023年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA
B: Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4837
ポリマ－47,9082
非ポリマー5755
水7,782432
1
A: Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2413
ポリマ－23,9541
非ポリマー2872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2414
ポリマ－23,9541
非ポリマー2873
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.810, 76.463, 99.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA


分子量: 23954.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (バクテリア)
遺伝子: PG_1635 / プラスミド: pETHisA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MUA1
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Na formate, 0.2 M NH4acetate, 0.2 M Na citrate tribasic, 0.2 M Na/K tartrate, 0.1 M imidazole/MES pH 6.5, 40% PEG500mme, 20% PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→49.72 Å / Num. obs: 41710 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.4 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.761 Å / 冗長度: 26.9 % / Rmerge(I) obs: 1.299 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 4084 / CC1/2: 0.865 / Rpim(I) all: 0.359 / Rrim(I) all: 1.349 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→49.72 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2212 1382 3.31 %random
Rwork0.1884 ---
obs0.1895 41699 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→49.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2862 0 36 432 3330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142970
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5594014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.053434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063466
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007518
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.760.33711350.28143948X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.830.30861360.24913965X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.910.24041360.21924002X-RAY DIFFRACTION100
1.91-2.020.23071370.20173988X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.140.22571370.18553990X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.310.2221380.19044004X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.540.22441370.18494022X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.910.23871400.19394047X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.660.19921400.17334086X-RAY DIFFRACTION100
3.66-49.720.20161460.17414265X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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