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万見
- PDB-8cgl: Cryo-EM structure of RNase J from Helicobacter pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cgl
タイトルCryo-EM structure of RNase J from Helicobacter pylori
要素Ribonuclease J
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ribonuclease / RNase J / degradosome / Helicobacter pylori
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' RNA exonuclease activity / RNA endonuclease activity / mRNA processing / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease J, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0036 signature. / Ribonuclease J, bacteria / Ribonuclease J, C-terminal / Ribonuclease J C-terminal domain / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily ...Ribonuclease J, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0036 signature. / Ribonuclease J, bacteria / Ribonuclease J, C-terminal / Ribonuclease J C-terminal domain / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Helicobacter pylori B128 (ピロリ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Lulla, A. / Luisi, B.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust200873/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Acetylation regulates the oligomerization state and activity of RNase J, the Helicobacter pylori major ribonuclease.
著者: Alejandro Tejada-Arranz / Aleksei Lulla / Maxime Bouilloux-Lafont / Evelyne Turlin / Xue-Yuan Pei / Thibaut Douché / Mariette Matondo / Allison H Williams / Bertrand Raynal / Ben F Luisi / Hilde De Reuse /
要旨: In the gastric pathogen Helicobacter pylori, post-transcriptional regulation relies strongly on the activity of the essential ribonuclease RNase J. Here, we elucidated the crystal and cryo-EM ...In the gastric pathogen Helicobacter pylori, post-transcriptional regulation relies strongly on the activity of the essential ribonuclease RNase J. Here, we elucidated the crystal and cryo-EM structures of RNase J and determined that it assembles into dimers and tetramers in vitro. We found that RNase J extracted from H. pylori is acetylated on multiple lysine residues. Alanine substitution of several of these residues impacts on H. pylori morphology, and thus on RNase J function in vivo. Mutations of Lysine 649 modulates RNase J oligomerization in vitro, which in turn influences ribonuclease activity in vitro. Our structural analyses of RNase J reveal loops that gate access to the active site and rationalizes how acetylation state of K649 can influence activity. We propose acetylation as a regulatory level controlling the activity of RNase J and its potential cooperation with other enzymes of RNA metabolism in H. pylori.
履歴
登録2023年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease J
B: Ribonuclease J
C: Ribonuclease J
D: Ribonuclease J


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)316,7884
ポリマ－316,7884
非ポリマー00
水00
1
A: Ribonuclease J
D: Ribonuclease J


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,3942
ポリマ－158,3942
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
3
B: Ribonuclease J
C: Ribonuclease J


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,3942
ポリマ－158,3942
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Ribonuclease J


分子量: 79196.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori B128 (ピロリ菌)
遺伝子: rnaJ, HPB128_16g80 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43
参照: UniProt: B9XZG7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Helicobacter pylori RNase J / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.316 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: B128
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C43(DE3) / プラスミド: pExp-xMBP-TEV-HP_RNJ-CHis
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMsodium phosphateNa2HPO41
2500 mMsodium chlorideNaCl1
30.5 mMTCEP1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Calibrated defocus min: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影電子線照射量: 40.58 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34061 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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