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- PDB-8cge: The crystal structure of a cobalt-bound scFv reveals a Tetrameric... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cge
タイトルThe crystal structure of a cobalt-bound scFv reveals a Tetrameric polyHistidine motif (TetrHis)
要素Single Chain Fv 2A2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Single Chain Fragment Variable Antibody / tetrameric polyhistidine TetrHis motif / cobalt-bound
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Healey, R.D. / Hoh, F. / Granier, S. / Leyrat, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Not funded フランス
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Structure, dynamics and transferability of the metal-dependent polyhistidine tetramerization motif TetrHis for single-chain Fv antibodies.
著者: Healey, R.D. / Couillaud, L. / Hoh, F. / Mouhand, A. / Fouillen, A. / Couvineau, P. / Granier, S. / Leyrat, C.
履歴
登録2023年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single Chain Fv 2A2
B: Single Chain Fv 2A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,52222
ポリマ－64,6242
非ポリマー1,89820
水3,531196
1
A: Single Chain Fv 2A2
B: Single Chain Fv 2A2
ヘテロ分子

A: Single Chain Fv 2A2
B: Single Chain Fv 2A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,04444
ポリマ－129,2484
非ポリマー3,79640
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area15760 Å2
ΔGint-457 kcal/mol
Surface area39510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.496, 81.817, 111.045
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.140, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 19 through 137 or resid 158 through 281))
d_2ens_1(chain "B" and resid 19 through 281)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNSERA1 - 119
d_12ens_1SERGLNA122 - 245
d_21ens_1GLNGLNB1 - 243

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.586115834054, 0.369218282168, 0.721211542603), (0.169450102625, -0.81459115152, 0.554732294522), (0.792309845825, 0.447346751389, 0.414880696381)ベクター: -3. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.586115834054, 0.369218282168, 0.721211542603), (0.169450102625, -0.81459115152, 0.554732294522), (0.792309845825, 0.447346751389, 0.414880696381)
ベクター: -3.44708737713, -17.3966670401, 9.17948883705)

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要素

#1: 抗体 Single Chain Fv 2A2


分子量: 32311.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): S2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.52 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.01M cobalt chloride, 0.1M MES, pH6.5, 1.8 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.999 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.47 Å / Num. obs: 28177 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 44.77 Å2 / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Num. unique obs: 635 / CC1/2: 0.491

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→45.17 Å / SU ML: 0.3325 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.7089
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2483 1387 4.93 %
Rwork0.1902 26772 -
obs0.193 28159 99.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3847 0 93 196 4136
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084030
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31795477
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076680
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3504535
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 6.03782312577 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.590.31551240.27952596X-RAY DIFFRACTION96.11
2.59-2.690.36551430.26942657X-RAY DIFFRACTION99.79
2.69-2.810.33571530.26122662X-RAY DIFFRACTION99.47
2.81-2.960.30881270.23612712X-RAY DIFFRACTION99.72
2.96-3.150.29931440.22682659X-RAY DIFFRACTION99.36
3.15-3.390.26091340.20772673X-RAY DIFFRACTION99.05
3.39-3.730.26361380.16932662X-RAY DIFFRACTION98.7
3.73-4.270.20711480.15862697X-RAY DIFFRACTION99.65
4.27-5.380.19791330.1432712X-RAY DIFFRACTION99.79
5.38-45.170.211430.18652742X-RAY DIFFRACTION98.87
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.6715415952 Å / Origin y: -15.1313179124 Å / Origin z: -11.1290017382 Å
111213212223313233
T0.311960552534 Å2-0.0150743952843 Å2-0.0103249823062 Å2-0.276849074742 Å20.00687880269251 Å2--0.255773701025 Å2
L1.73043885784 °2-1.34736502209 °2-0.436403369665 °2-1.22144309885 °20.390553409583 °2--0.371490630005 °2
S-0.000976626001215 Å °-0.089819004487 Å °0.030099967413 Å °0.0152740759149 Å °0.0639119781358 Å °-0.0401037502366 Å °0.01411928023 Å °0.0552131559762 Å °-0.0641473601889 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A
2X-RAY DIFFRACTION1{ B|* }B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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