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- PDB-8cg7: Structure of p53 cancer mutant Y220C with arylation at Cys182 and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cg7
タイトルStructure of p53 cancer mutant Y220C with arylation at Cys182 and Cys277
要素Cellular tumor antigen p53
キーワードTRANSCRIPTION / p53 cancer mutation / protein stability / covalent modification / Cys-arylation
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / negative regulation of helicase activity / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity ...Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / negative regulation of helicase activity / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of fibroblast apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / positive regulation of programmed necrotic cell death / mRNA transcription / bone marrow development / circadian behavior / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / germ cell nucleus / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase regulator activity / negative regulation of glial cell proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuroblast proliferation / T cell lineage commitment / mitochondrial DNA repair / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / ER overload response / B cell lineage commitment / thymocyte apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of mitophagy / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of DNA replication / entrainment of circadian clock by photoperiod / PI5P Regulates TP53 Acetylation / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Zygotic genome activation (ZGA) / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / necroptotic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / rRNA transcription / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / T cell proliferation involved in immune response / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of execution phase of apoptosis / Transcriptional Regulation by VENTX / replicative senescence / cellular response to UV-C / general transcription initiation factor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to actinomycin D / neuroblast proliferation / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / type II interferon-mediated signaling pathway / hematopoietic stem cell differentiation / Pyroptosis / chromosome organization / viral process / embryonic organ development / somitogenesis / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / glial cell proliferation / hematopoietic progenitor cell differentiation / core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of stem cell proliferation / cellular response to glucose starvation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / mitophagy / negative regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of proteolysis / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / gastrulation / 14-3-3 protein binding / response to salt stress / MDM2/MDM4 family protein binding / cardiac muscle cell apoptotic process / transcription repressor complex
類似検索 - 分子機能
Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family ...Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cellular tumor antigen p53
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Balourdas, D.I. / Pichon, M.M. / Baud, M.G.J. / Knapp, S. / Joerger, A.C. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)JO 1473/1-3 ドイツ
引用ジャーナル: Bioconjug.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-Reactivity Studies of 2-Sulfonylpyrimidines Allow Selective Protein Arylation.
著者: Pichon, M.M. / Drelinkiewicz, D. / Lozano, D. / Moraru, R. / Hayward, L.J. / Jones, M. / McCoy, M.A. / Allstrum-Graves, S. / Balourdas, D.I. / Joerger, A.C. / Whitby, R.J. / Goldup, S.M. / ...著者: Pichon, M.M. / Drelinkiewicz, D. / Lozano, D. / Moraru, R. / Hayward, L.J. / Jones, M. / McCoy, M.A. / Allstrum-Graves, S. / Balourdas, D.I. / Joerger, A.C. / Whitby, R.J. / Goldup, S.M. / Wells, N. / Langley, G.J. / Herniman, J.M. / Baud, M.G.J.
履歴
登録2023年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年7月24日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_database_status / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conf / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code / _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellular tumor antigen p53
B: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3919
ポリマ－49,0622
非ポリマー1,3297
水8,035446
1
A: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1644
ポリマ－24,5311
非ポリマー6343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cellular tumor antigen p53
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2265
ポリマ－24,5311
非ポリマー6964
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.881, 71.046, 104.887
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cellular tumor antigen p53 / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 24530.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TP53, P53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04637
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-A1IH3 / 5-iodanyl-2-methylsulfonyl-pyrimidine


分子量: 284.075 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5IN2O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein solution: 6 mg/ml in 25 mM phosphate buffer, pH 7.2, 0.5 mM TCEP. Crystallization buffer: 19% polyethylene glycol 4000, 100 mM Hepes, pH 7.0. For covalent modification, crystals were ...詳細: Protein solution: 6 mg/ml in 25 mM phosphate buffer, pH 7.2, 0.5 mM TCEP. Crystallization buffer: 19% polyethylene glycol 4000, 100 mM Hepes, pH 7.0. For covalent modification, crystals were soaked for 4 hours in crystallization buffer complemented with 20% glycerol and 30 mM compound before flash freezing in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→47.9 Å / Num. obs: 73231 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 19.7439955321 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.53→1.56 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.801 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3553 / CC1/2: 0.892 / Rrim(I) all: 0.88 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.53→47.9 Å / SU ML: 0.170405593508 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33790829767 / 位相誤差: 20.1344847681
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.187197998613 3695 5.05748699699 %
Rwork0.157916814985 69365 -
obs0.159423360227 73060 99.0174154638 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.7721371098 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→47.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3062 0 6 446 3514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006090967309143241
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7847505409514428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532847103742489
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00603369146287587
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.55670851171974
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.53-1.55010.3270444396241390.2464315295822615X-RAY DIFFRACTION98.8513998564
1.5501-1.57140.2494237643831300.2252006815132629X-RAY DIFFRACTION99.3876080692
1.5714-1.59380.2328220342411220.2059209084192665X-RAY DIFFRACTION99.0053285968
1.5938-1.61760.2420444201911230.1933923622132665X-RAY DIFFRACTION99.0760483298
1.6176-1.64290.2575426307381460.1889627099132622X-RAY DIFFRACTION99.4967649173
1.6429-1.66980.2452770143091420.1674039954272639X-RAY DIFFRACTION99.0032039872
1.6698-1.69860.2203446803221300.1622477041282648X-RAY DIFFRACTION98.3362831858
1.6986-1.72950.1939759169081450.1508913771782610X-RAY DIFFRACTION98.6041517538
1.7295-1.76280.2110763668321400.1377692121532643X-RAY DIFFRACTION99.2510699001
1.7628-1.79880.1972460227481420.1371813100632659X-RAY DIFFRACTION99.3262411348
1.7988-1.83790.1803869305611630.1371447342912634X-RAY DIFFRACTION99.5728017088
1.8379-1.88060.1967358814261350.1452976671622685X-RAY DIFFRACTION99.7171145686
1.8806-1.92770.1925029831321370.1475007013042681X-RAY DIFFRACTION99.7169143666
1.9277-1.97980.1727434816511450.1399387526412663X-RAY DIFFRACTION99.4686503719
1.9798-2.0380.1940469486041490.1416180261412663X-RAY DIFFRACTION99.7870830376
2.038-2.10380.1704178235581620.1433133933412644X-RAY DIFFRACTION99.4682736618
2.1038-2.1790.1936353701751550.1434971662112659X-RAY DIFFRACTION99.294283698
2.179-2.26630.1974519255031360.1427120768952687X-RAY DIFFRACTION99.5767195767
2.2663-2.36940.2009502637381410.1477701617892645X-RAY DIFFRACTION98.1677237491
2.3694-2.49430.1688617441821420.1549349353192652X-RAY DIFFRACTION97.8291316527
2.4943-2.65060.1980546837251320.1615273623562693X-RAY DIFFRACTION99.2970123023
2.6506-2.85520.1991237830541760.1639111210412660X-RAY DIFFRACTION99.1261796575
2.8552-3.14250.1777064977131220.1609096515222721X-RAY DIFFRACTION99.0247300592
3.1425-3.59710.1625642082351360.1545444008022737X-RAY DIFFRACTION99.0348155808
3.5971-4.53140.1683710809081560.1489569111172685X-RAY DIFFRACTION96.9624573379
4.5314-47.90.1835899371131490.1823426468522861X-RAY DIFFRACTION98.3338778177

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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