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- PDB-8cg4: The organise full-length structure of the fungal non-reducing pol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cg4
タイトルThe organise full-length structure of the fungal non-reducing polyketide synthase (NR-PKS) PksA
要素Norsolorinic acid synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Fungal non-reducing polyketide synthase (NR-PKS)
機能・相同性
機能・相同性情報


noranthrone synthase / aflatoxin biosynthetic process / norsolorinate anthrone synthase activity / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / fatty acid biosynthetic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Polyketide product template domain / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / CurL-like, PKS C-terminal / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Thioesterase / Thioesterase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. ...Polyketide product template domain / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / CurL-like, PKS C-terminal / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Thioesterase / Thioesterase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Norsolorinic acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus parasiticus (カビ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Munoz-Hernandez, H. / Maier, T.
資金援助European Union, スイス, 2件
組織認可番号国
European CommissionID: 845941European Union
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of the Aspergilus sp. fungal non-reducing polyketide synthase (NR-PKS) PksA at 2.6 Angstroms resolution
著者: Munoz-Hernandez, H. / Maier, T.
履歴
登録2023年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年2月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年2月21日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年2月21日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年2月21日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年2月21日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月9日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Norsolorinic acid synthase
B: Norsolorinic acid synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)475,4832
ポリマ－475,4832
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, 電子顕微鏡法, microscopy, Mass photometry with Refeyn OneMP
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Norsolorinic acid synthase / NSAS / Aflatoxin biosynthesis polyketide synthase / Aflatoxin biosynthesis protein C / Polyketide synthase A


分子量: 237741.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus parasiticus (カビ) / 遺伝子: aflC, pksA, pksL1, P875_00052995 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12053, noranthrone synthase
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The full-length Non-reducing polyketide synthase PksA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.45 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Aspergillus parasiticus (カビ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6479
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 35

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20rc4_4425: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9Cootモデルフィッティング
10PHENIXモデルフィッティング
12cryoSPARC初期オイラー角割当
13cryoSPARC最終オイラー角割当
14cryoSPARC分類
15cryoSPARC３次元再構成
16PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 468256
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 361377 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00419768
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.58626888
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d31.8372696
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0453042
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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