PDB-8cfh: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cfh

タイトル

Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with F2X-Entry library fragment C08

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / Fragment screening / protein-ligand complex / drug discovery / SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS / SAHase / AHCY

機能・相同性

機能・相同性情報

L-homocysteine biosynthetic process / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from P. aeruginosa in complex with fragment F2X-Entry C08
著者: Malecki, P.H. / Gawel, M. / Stepniewska, M. / Brzezinski, K.

履歴

登録	2023年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cfh.cif.gz	757.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cfh.ent.gz	626.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cfh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8cfh_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cfh_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	8cfh_validation.xml.gz	84.5 KB	表示
CIF形式データ	8cfh_validation.cif.gz	127.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cfh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6f3pS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosylhomocysteinase

B: Adenosylhomocysteinase

C: Adenosylhomocysteinase

D: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

213 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.240, 104.120, 107.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.44, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase 分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

#1: タンパク質

Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase

分子量: 51735.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus RILP / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 7種, 1801分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-R8V / (3S)-3-hydroxy-2-methyl-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one 分子量: 163.173 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₉NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1765 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 50 mM KH2PO4, 20% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月27日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→47.35 Å / Num. obs: 248198 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.52 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_rim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 9.42

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.6-1.7	1.357	39346	0.404	1.549	1
1.7-1.81	0.91	37758	0.624	1.03	1
1.81-1.96	0.527	35197	0.833	0.594	1
1.96-2.14	0.289	32420	0.939	0.327	1
2.14-2.4	0.164	29262	0.977	0.187	1
2.4-2.77	0.105	25916	0.991	0.119	1
2.77-3.38	0.062	21936	0.996	0.07	1
3.38-4.77	0.037	16897	0.998	0.043	1
4.77-47.35	0.032	9466	0.999	0.036	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6F3P

6f3p

解像度: 1.6→35.13 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1903	2606	1.05 %
R_work	0.1557	-	-
obs	0.156	248147	99.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→35.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14218	0	388	1765	16371

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	15068
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.873	20470
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.914	5602
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	2276
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2702

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.63	0.3661	129	0.3357	12088	X-RAY DIFFRACTION	94
1.63-1.66	0.2912	137	0.3042	12929	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.3164	137	0.2812	12896	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.73	0.3081	138	0.2692	13000	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.77	0.2988	137	0.2596	12898	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.81	0.2935	137	0.2505	12939	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.86	0.2812	138	0.222	12986	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.92	0.1918	138	0.197	12975	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-1.98	0.2142	136	0.1777	12884	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.05	0.2166	138	0.1686	12992	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.13	0.2059	138	0.1585	12997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.23	0.1894	137	0.1534	12928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.35	0.1854	138	0.1445	12947	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.49	0.2056	138	0.146	12990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.69	0.1839	138	0.146	13013	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.96	0.1702	137	0.1365	12964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.38	0.1602	139	0.1316	13051	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-4.26	0.1529	137	0.1161	12974	X-RAY DIFFRACTION	99
4.26-35.13	0.1596	139	0.1388	13090	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8408	0.0661	-0.336	0.533	-0.0992	0.8888	-0.0129	0.0824	-0.0386	-0.0343	0.0015	0.1519	0.0371	-0.2023	0.01	0.1504	-0.0093	-0.0233	0.1842	-0.0059	0.2016	4.6001	4.8278	32.8759
2	0.9459	0.0594	0.2383	0.6653	0.2364	1.2703	0.0042	0.0727	0.2293	-0.0946	-0.0105	0.1019	-0.2131	-0.1351	0.0094	0.1682	0.0205	-0.0057	0.1261	0.0234	0.1976	19.6547	27.9699	27.4892
3	1.5416	-0.1748	-0.0197	0.4168	0.0652	0.2922	-0.0276	-0.1946	-0.1256	0.0361	0.0335	0.0986	0.0891	-0.042	-0.0015	0.1888	-0.0074	0.0008	0.1517	0.0203	0.1836	18.9745	-2.9097	46.4746
4	2.0116	2.0066	2.0092	2.0018	2.0044	2.0067	0.1374	-1.3112	0.5243	-0.2966	-1.7237	0.8351	-0.0964	-0.5513	1.6269	0.1515	0.0145	-0.0282	0.2706	-0.0253	0.2688	13.0735	7.6983	29.292
5	0.8105	-0.4195	-0.425	1.3548	-0.1281	0.9594	0.1009	0.3576	0.1447	-0.4472	-0.0769	0.1392	-0.0654	-0.2154	-0.0325	0.3338	0.0447	-0.0617	0.3385	0.0721	0.1865	21.0907	23.4358	-3.9639
6	3.3471	1.2394	0.5404	1.8664	-0.6891	3.7827	0.0009	0.528	-0.0048	-0.5807	-0.0128	0.1286	0.163	-0.354	0.0064	0.5093	0.0546	-0.0424	0.4434	0.0053	0.1644	25.7616	13.0858	-15.8108
7	1.3858	0.2363	-0.9646	0.8977	-0.1372	1.698	0.0305	0.2949	0.0546	-0.4336	-0.0458	-0.1052	-0.0044	0.0132	0.0419	0.3627	0.0485	0.021	0.2388	0.0453	0.1554	36.4249	14.3289	-3.6009
8	1.4101	-0.1045	-0.2482	0.6169	0.082	0.407	-0.0329	0.2037	-0.1514	-0.154	-0.0085	0.0603	0.1208	-0.0608	0.04	0.2451	-0.0024	-0.0081	0.1718	-0.02	0.1352	31.8562	-2.9491	11.4019
9	0.6952	-0.0546	0.1995	0.416	0.2308	1.3883	-0.0222	0.2237	0.1255	-0.3649	0.013	-0.1299	-0.2268	0.1603	0.0129	0.347	-0.0105	0.0655	0.2199	0.0857	0.2482	44.5141	28.9781	-0.5055
10	2.0406	2.0268	1.9895	2.075	1.9843	2.0484	1.4439	1.7718	0.8493	-1.4022	-1.5311	-0.6495	0.3679	-0.1306	0.0891	0.2692	-0.0023	-0.0267	0.2847	0.0691	0.1765	27.9285	16.4735	3.2588
11	0.9352	0.6056	-0.2116	2.416	0.2204	1.0015	-0.025	0.0639	-0.1066	0.1335	0.0815	-0.3467	0.0588	0.5549	-0.0221	0.1693	0.0605	0.013	0.4167	0.0119	0.2273	76.185	7.375	32.9547
12	1.0341	-0.0169	-0.6256	0.2773	0.0113	1.3793	0.036	-0.0052	0.1151	-0.0704	-0.0012	-0.1768	-0.0183	0.3854	-0.0314	0.1565	0.0074	0.0435	0.2901	0.0098	0.2579	72.9879	16.4848	18.6286
13	0.8854	0.0271	0.3706	0.6412	0.0358	1.503	0.0183	0.0238	0.2487	-0.0578	-0.0143	-0.1007	-0.231	0.1586	0.0041	0.1925	-0.0239	0.0383	0.1572	0.0095	0.2667	51.2611	32.3142	27.6928
14	1.1458	-1.3039	-0.7944	3.2443	1.2064	2.9455	0.0288	-0.1367	0.3688	0.0492	0.0919	-0.2898	-0.4014	0.29	-0.1754	0.1913	-0.0634	0.0097	0.2382	-0.0401	0.3184	59.6852	31.8433	37.9188
15	1.709	0.5411	0.0004	0.4139	-0.2187	0.4522	-0.0461	0.325	-0.0283	-0.163	0.0577	-0.1418	0.1265	0.1604	-0.0045	0.2438	0.0471	0.0624	0.2383	-0.001	0.1969	61.1855	6.3826	5.4128
16	2.0001	-9.9244	2.0001	2.0001	2.0001	2	0.8244	0.9908	1.11	-0.1291	-1.4829	-0.7858	0.4022	0.5158	0.6771	0.2365	-0.0066	0.0265	0.2646	-0.004	0.3225	64.5668	15.1504	24.3537
17	0.6008	-0.292	-0.2835	1.6262	-0.2117	0.987	0.0045	-0.1922	0.1627	0.2583	-0.0028	-0.3295	-0.1057	0.2449	0.0002	0.1763	-0.0332	-0.0653	0.2405	-0.0514	0.2181	53.5727	21.7997	59.655
18	3.9262	-1.2493	-0.4816	1.9416	-0.7139	2.8956	-0.0296	-0.3778	-0.0711	0.3456	0.0207	-0.2902	0.0722	0.4229	-0.0077	0.2503	0.0133	-0.0908	0.266	-0.0051	0.1791	52.4497	8.3956	69.238
19	3.6055	-0.2613	-0.5041	3.7175	-0.8117	3.6598	-0.0572	-0.3126	-0.216	0.3555	0.0279	0.0561	0.1971	0.0677	0.001	0.1708	0.029	-0.0051	0.1654	0.0105	0.1293	40.3019	5.9473	67.4892
20	2.0055	-0.1877	-1.4876	0.3797	0.5077	1.8634	-0.0092	0.0227	0.0432	0.0803	-0.009	-0.0188	0.0942	-0.0296	0.0182	0.1732	0.0024	-0.0212	0.1255	-0.0093	0.152	42.3065	11.4231	49.3308
21	1.6392	0.1195	-0.0713	0.7173	0.0614	0.6884	-0.0229	-0.077	-0.1501	0.0059	-0.0023	-0.1061	0.1688	0.1159	0.0223	0.1961	0.0333	-0.0041	0.146	0.0081	0.1503	47.306	-3.6577	39.1205
22	2.2728	-0.6603	-0.4077	3.4871	0.8512	1.6071	-0.0423	-0.1179	-0.1619	0.045	0.123	-0.4777	0.2666	0.35	-0.0676	0.1543	0.0618	-0.0115	0.2317	0.0142	0.2185	60.0758	-1.4739	41.6089
23	0.8905	-0.1308	0.3276	0.6945	-0.2776	1.0506	-0.0251	-0.1995	0.0451	0.1711	0.047	0.0759	-0.0571	-0.0661	-0.0234	0.1877	0.0055	0.016	0.1583	-0.0361	0.1671	29.4436	21.5559	56.6852
24	2.0007	2.0002	1.9981	2.0028	2.0007	1.9983	1.1273	0.7748	-0.0778	0.5332	-0.2751	-0.4513	0.5816	-0.2927	-0.885	0.2395	0.0169	-0.0307	0.278	-0.0334	0.2558	48.605	14.739	51.2034

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 215 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 216 through 383 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 384 through 469 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 502 through 502 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 9 through 112 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 113 through 150 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 151 through 215 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 216 through 383 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 384 through 469 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 502 through 502 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 8 through 34 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 35 through 215 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 216 through 350 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 351 through 383 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 384 through 469 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 502 through 502 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 9 through 112 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 113 through 150 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 151 through 178 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 179 through 215 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 216 through 350 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 351 through 383 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 384 through 469 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 502 through 502 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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