PDB-8cf6: Dimethylated RSL-R5 in complex with cucurbit[7]uril, F432 cage as...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cf6

タイトル

Dimethylated RSL-R5 in complex with cucurbit[7]uril, F432 cage assembly

要素

RSL-R5

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / cucurbituril / biomaterials / supramolecular

機能・相同性

methyl alpha-L-fucopyranoside / cucurbit[7]uril

機能・相同性情報

生物種

Ralstonia solanacearum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.34 Å

データ登録者

Ramberg, K. / Crowley, P.B.

資金援助

アイルランド, 2件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2023
タイトル: Cage versus sheet: Probing the Determinants of Protein - Cucurbit[7]uril Crystalline Architectures.
著者: Ramberg, K.O. / Crowley, P.B.

履歴

登録	2023年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cf6.cif.gz	79.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cf6.ent.gz	66.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cf6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cf6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cf7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RSL-R5

B: RSL-R5

C: RSL-R5

ヘテロ分子

33 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	200.329, 200.329, 200.329
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-299- HOH
2	1	A-348- HOH
3	1	C-221- HOH
4	1	C-298- HOH
5	1	C-300- HOH

#1: タンパク質

RSL-R5

分子量: 9844.689 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ralstonia solanacearum (バクテリア)
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)

#2: 糖

ChemComp-MFU / methyl alpha-L-fucopyranoside / ALPHA-L-METHYL-FUCOSE / methyl 6-deoxy-alpha-L-galactopyranoside / methyl alpha-L-fucoside / methyl L-fucoside / methyl fucoside / メチルα-L-フコピラノシド

タイプ: L-saccharide / 分子量: 178.183 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₄O₅

#3: 化合物

ChemComp-QQ7 / cucurbit[7]uril

分子量: 1162.962 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₄₂N₂₈O₁₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: diamond
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 25 % PEG3350 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→100.17 Å / Num. obs: 77653 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 78.2 % / B_iso Wilson estimate: 15.71 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.0137 / Net I/σ(I): 25.7
反射シェル	解像度: 1.34→1.36 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3798 / CC_1/2: 0.8 / R_rim(I) all: 0.317 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.17	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.34→45.96 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2109	3882	5 %
R_work	0.1902	-	-
obs	0.1912	77644	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.34→45.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2088	0	246	376	2710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2601
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.872	3705
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.985	1029
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	362
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	554

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.34-1.35	0.3185	117	0.2684	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.35-1.37	0.2874	138	0.2627	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.39	0.2636	124	0.2602	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.41	0.2379	125	0.2568	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.43	0.2965	143	0.2505	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.43-1.45	0.2545	126	0.247	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.47	0.2984	142	0.2498	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.5	0.2829	147	0.236	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.52	0.2425	124	0.2291	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.55	0.2492	149	0.217	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.58	0.2428	131	0.2151	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.61	0.2376	161	0.2074	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.65	0.2251	137	0.2063	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.68	0.2108	138	0.2061	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.68-1.73	0.2223	147	0.1996	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.77	0.2461	127	0.2081	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.83	0.2015	142	0.2059	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.88	0.206	137	0.1884	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.95	0.2145	126	0.1889	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.03	0.1885	130	0.1851	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.12	0.2126	147	0.1839	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.12-2.23	0.218	152	0.1867	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.37	0.2229	129	0.1927	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.56	0.1945	125	0.1948	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.81	0.2019	139	0.1859	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-3.22	0.1885	144	0.1774	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-4.06	0.1888	164	0.1576	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-45.96	0.2024	171	0.1768	2924	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)