PDB-8cf3: Crystal structure of S. aureus BlaR1 sensor domain in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cf3

タイトル

Crystal structure of S. aureus BlaR1 sensor domain in complex with cefepime

要素

Regulatory protein BlaR1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Antibiotic resistance / Beta-lactam sensor of Staphylococcus aureus / MRSA

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / cell wall organization / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Miguel-Ruano, V. / Hermoso, J.A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Restoring susceptibility to beta-lactam antibiotics in methicillin-resistant Staphylococcus aureus.
著者: Nguyen, V.T. / Birhanu, B.T. / Miguel-Ruano, V. / Kim, C. / Batuecas, M. / Yang, J. / El-Araby, A.M. / Jimenez-Faraco, E. / Schroeder, V.A. / Alba, A. / Rana, N. / Sader, S. / Thomas, C.A. / ...

履歴

登録	2023年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cf3.cif.gz	287.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cf3.ent.gz	180.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cf3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cf3_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cf3_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8cf3_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	8cf3_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/8cf3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c0pC 8c0sC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Regulatory protein BlaR1

E: Regulatory protein BlaR1

ヘテロ分子

59.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.819, 109.470, 50.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.657, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	C
2	1	E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: 333 - 583 / Label seq-ID: 1 - 251

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	C	A
2	E	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Regulatory protein BlaR1 分子量: 29457.121 Da / 分子数: 2 / 変異: Triple mutant K369A K370A K372A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: blaR1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P18357
#2: 化合物	ChemComp-UJ9 / Cefepime (open) / (2R,5S)-2-[(1R)-1-[[(2Z)-2-(2-azanyl-1,3-thiazol-4-yl)-2-methoxyimino-ethanoyl]amino]-2-oxidanyl-ethyl]-5-[(1-methylpyrrolidin-1-ium-1-yl)methyl]-5,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid / Cefepimum (reacted) 分子量: 485.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₉N₆O₅S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.66 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.25 詳細: Soidum Cacodylate 0.085M pH 5.5 + PEG 8K 27% + Glycerol 15%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.0064 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0064 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.153→45.537 Å / Num. obs: 17584 / % possible obs: 82.55 % / 冗長度: 6.05 % / CC_1/2: 0.9969 / R_merge(I) obs: 0.13 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 9.186
反射シェル	解像度: 2.153→2.345 Å / R_merge(I) obs: 1.772 / Num. unique obs: 880 / CC_1/2: 0.3028 / R_pim(I) all: 0.865

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.52→45.537 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 35.026 / SU ML: 0.356 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.391 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	778	5.148 %
R_work	0.2165	14334	-
all	0.219	-	-
obs	-	15112	90.605 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.294 Å²	0 Å²	3.124 Å²
2-	-	3.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.127 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→45.537 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4140	0	76	59	4275

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	4326
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3950
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.917	1.672	5832
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.338	1.604	9112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.113	5	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.438	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.567	10	778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.85	10	220
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	584
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4980
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	866
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	3670
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.129	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.237	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.113	2.517	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.113	2.517	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.012	4.518	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.012	4.519	2505
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.91	2.602	2320
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.91	2.603	2321
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.679	4.744	3328
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.679	4.746	3329
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.507	24.536	4997
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.483	24.519	4986
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.08	0.05	9079

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07954	0.05011
1	2	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07954	0.05011

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.52-2.585	0.339	47	0.279	688	0.282	1225	0.947	0.958	60	0.241
2.585-2.656	0.275	42	0.265	782	0.266	1190	0.939	0.964	69.2437	0.218
2.656-2.733	0.292	39	0.299	870	0.298	1168	0.945	0.949	77.8253	0.258
2.733-2.816	0.385	56	0.276	873	0.283	1107	0.916	0.96	83.9205	0.226
2.816-2.908	0.297	58	0.273	952	0.274	1116	0.949	0.963	90.5018	0.214
2.908-3.01	0.399	57	0.267	932	0.274	1042	0.908	0.965	94.9136	0.213
3.01-3.123	0.334	46	0.255	989	0.258	1044	0.935	0.966	99.1379	0.207
3.123-3.25	0.28	55	0.254	894	0.256	961	0.953	0.964	98.7513	0.209
3.25-3.394	0.33	52	0.222	890	0.228	956	0.934	0.973	98.5356	0.188
3.394-3.558	0.218	40	0.22	859	0.22	910	0.977	0.977	98.7912	0.184
3.558-3.75	0.236	38	0.208	799	0.209	847	0.958	0.978	98.8194	0.183
3.75-3.975	0.198	42	0.192	770	0.193	817	0.985	0.98	99.388	0.175
3.975-4.247	0.175	36	0.165	737	0.166	782	0.978	0.985	98.8491	0.158
4.247-4.584	0.273	32	0.173	675	0.177	714	0.961	0.983	99.0196	0.169
4.584-5.017	0.254	34	0.174	609	0.179	653	0.964	0.983	98.4686	0.172
5.017-5.601	0.277	23	0.203	568	0.206	595	0.971	0.978	99.3277	0.197
5.601-6.451	0.312	19	0.249	505	0.252	527	0.942	0.97	99.4307	0.243
6.451-7.861	0.285	26	0.254	423	0.256	453	0.957	0.965	99.117	0.25
7.861-10.955	0.267	19	0.145	331	0.152	354	0.96	0.986	98.8701	0.151
10.955-45.537	0.239	17	0.218	184	0.22	212	0.978	0.974	94.8113	0.228

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5714	0.1487	0.9892	1.3421	-0.2795	1.7253	0.0476	-0.0361	0.164	-0.0522	-0.0555	-0.0501	0.0076	-0.102	0.0079	0.304	-0.0146	-0.2416	0.0167	-0.0136	0.4678	20.9793	7.237	4.3098
2	1.4801	-0.5302	0.7369	1.1046	-0.2988	2.6087	-0.0596	-0.2303	-0.1028	-0.1447	0.0403	-0.0418	0.1156	-0.0934	0.0193	0.3437	0.0232	-0.2622	0.038	0.0154	0.4375	35.686	-18.3675	25.3951

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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