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- PDB-8cex: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cex
タイトルStructure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH11227
要素N-glycosylase/DNA lyase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / protein in complex with fragment inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Cleavage of the damaged pyrimidine / oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity ...Cleavage of the damaged pyrimidine / oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / negative regulation of double-strand break repair via single-strand annealing / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / DNA N-glycosylase activity / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / response to folic acid / oxidized purine DNA binding / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / response to light stimulus / cellular response to cadmium ion / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / nucleotide-excision repair / base-excision repair / response to radiation / nuclear matrix / cellular response to reactive oxygen species / response to estradiol / microtubule binding / response to ethanol / response to oxidative stress / damaged DNA binding / nuclear speck / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA repair / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
8-oxoguanine DNA-glycosylase / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal / : / 8-oxoguanine DNA glycosylase, N-terminal domain / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / DNA glycosylase
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / : / N-glycosylase/DNA lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kosenina, S. / Scaletti, E.R. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Cancerfonden20 1287 PjF スウェーデン
Swedish Research Council2022-03681 スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the mouse 8-oxoguanine DNA Glycosylase mOGG1 in complex with ligand TH11227
著者: Kosenina, S. / Scaletti, E.R. / Stenmark, P.
履歴
登録2023年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-glycosylase/DNA lyase
B: N-glycosylase/DNA lyase
C: N-glycosylase/DNA lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7535
ポリマ－107,4503
非ポリマー3032
水1,33374
1
A: N-glycosylase/DNA lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1203
ポリマ－35,8171
非ポリマー3032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: N-glycosylase/DNA lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8171
ポリマ－35,8171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: N-glycosylase/DNA lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8171
ポリマ－35,8171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.113, 81.306, 170.254
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 N-glycosylase/DNA lyase


分子量: 35816.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ogg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O08760, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物 ChemComp-UG0 / 6-fluoranyl-N-[(4-methylphenyl)methyl]pyridine-3-carboxamide


分子量: 244.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13FN2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.68 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% w/v PEG4000, 20% v/v glycerol, 0.03M of each ethylene glycol, 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→58.866 Å / Num. obs: 50891 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 13.5 % / Num. unique obs: 4601 / CC1/2: 0.543 / Rrim(I) all: 2.221

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6G3Y

6g3y


解像度: 2.3→58.866 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.281 / WRfactor Rwork: 0.244 / Average fsc free: 0.9381 / Average fsc work: 0.9537 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.362 / ESU R Free: 0.256 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2775 2664 5.243 %
Rwork0.242 48142 -
all0.244 --
obs-50806 99.921 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 68.536 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.516 Å20 Å2-0 Å2
2--0.414 Å2-0 Å2
3---0.102 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→58.866 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7375 0 19 74 7468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0127601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.6510344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4335919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg17.982561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.447101196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.48210360
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025828
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.22824
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.25036
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3060.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.20.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.7346.6863700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.43410.0034611
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.556.9983901
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.01110.3355733
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it12.65897.83210778
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.3-2.360.3591890.32534960.32736890.920.92799.89160.328
2.36-2.4240.3571720.32934290.3336040.9090.93199.91680.332
2.424-2.4940.361440.28233640.28535110.9310.9599.91460.281
2.494-2.5710.2931900.28332210.28334110.9430.951000.275
2.571-2.6550.3831740.29331360.29733130.9090.94799.90940.283
2.655-2.7480.341530.27330580.27632130.9250.9599.93780.261
2.748-2.8520.3371670.27929230.28330900.9250.9511000.263
2.852-2.9680.3231670.2728230.27329900.9340.9521000.255
2.968-3.0990.3331820.26527140.26928960.9350.9561000.251
3.099-3.250.3251410.28526180.28727590.9260.9491000.273
3.25-3.4250.2751290.26424760.26526050.9540.961000.256
3.425-3.6320.3021250.25523500.25724760.9430.96399.95960.25
3.632-3.8820.2521100.23822460.23923570.9610.96599.95760.237
3.882-4.1920.2771490.22320340.22621830.9490.971000.226
4.192-4.5890.2311030.20919290.21120320.9640.9731000.219
4.589-5.1270.225940.20417550.20518490.970.9731000.216
5.127-5.9130.252970.21415340.21616310.9650.9721000.227
5.913-7.2240.25850.23413290.23514140.9720.9691000.247
7.224-10.140.198600.18110640.18211240.9720.981000.208
10.14-58.8660.283330.2286430.236780.9480.96299.7050.271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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