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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cek | ||||||
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タイトル | Succinyl-CoA Reductase from Clostridium kluyveri (SucD) with NADPH | ||||||
要素 | Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / SSA / succinic semialdehyde / NADPH / NADP+ / SucD / ssr / succinyl-CoA / mesaconyl-CoA / mesaconyl-C1-CoA / SucD_Ck / CkSucD | ||||||
機能・相同性 | succinate-semialdehyde dehydrogenase (acylating) / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Succinate-semialdehyde dehydrogenase (acetylating) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Clostridium kluyveri (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Pfister, P. / Diehl, C. / Erb, T.J. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023 タイトル: Enhancing the Substrate Specificity of Clostridium Succinyl-CoA Reductase for Synthetic Biology and Biocatalysis. 著者: Pfister, P. / Diehl, C. / Hammarlund, E. / Carrillo, M. / Erb, T.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cek.cif.gz | 707.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cek.ent.gz | 591.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cek.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/8cek ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/8cek | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8ceiC 8cejC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49029.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium kluyveri (バクテリア) 遺伝子: sucD, CKL_3015 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P38947, succinate-semialdehyde dehydrogenase (acylating) #2: 化合物 | ChemComp-NAP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.87 % |
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結晶化 | 温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 45 % w/v Pentaerythritol Propoxylate (5/4 PO/OH) 100 mM MES; pH 6.5 400 mM Potassium chloride PH範囲: 6.5-7.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→39.44 Å / Num. obs: 159239 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.215 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 2045343 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.15 Å / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 8 % / Num. measured all: 169254 / Num. unique obs: 21156 / CC1/2: 0.329 / Rpim(I) all: 0.966 / Rrim(I) all: 2.931 / Net I/σ(I) obs: 0.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→29.66 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.84 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 14.3316 Å / Origin y: -23.6325 Å / Origin z: 47.3039 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |