PDB-8ce3: Crystal structure of MGAT5 (alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ce3

タイトル

Crystal structure of MGAT5 (alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase V) luminal domain with a Lys329-Ile345 loop truncation, in complex with 3D fragment 2548

要素

Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A

キーワード

CARBOHYDRATE (炭水化物) /

Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / fragment

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase / alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity / N-Glycan antennae elongation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / protein N-linked glycosylation via asparagine / negative regulation of protein tyrosine phosphatase activity / protein N-linked glycosylation / protein phosphatase inhibitor activity / manganese ion binding / Maturation of spike protein ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Gilio, A.K. / Darby, J.F. / Wu, L. / Davies, G.J.

資金援助

英国, European Union, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Modular 3-D Fragment Collection: Design, Synthesis and Screening
著者: Downes, T.D. / Jones, S.P. / Firth, J.D. / Darby, J.F. / Gilio, A.K. / Klein, H.F. / Blakemore, D.C. / de Fusco, C. / Roughley, S.D. / Vidler, L.R. / Whatton, M.A. / Woolford, A.J.A. / ...

履歴

登録	2023年2月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ce3.cif.gz	231.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ce3.ent.gz	176.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ce3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/8ce3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/8ce3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A

B: Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A

ヘテロ分子

120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a single peak at expected retention time for a monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.860, 68.540, 91.310
Angle α, β, γ (deg.)	107.300, 92.160, 107.050
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 214 - 728 / Label seq-ID: 1 - 515

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Alpha-1,6-mannosylglycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase A / Alpha-mannoside beta-1 / 6-N-acetylglucosaminyltransferase V / GlcNAc-T V / GNT-V / Mannoside ...Alpha-mannoside beta-1 / 6-N-acetylglucosaminyltransferase V / GlcNAc-T V / GNT-V / Mannoside acetylglucosaminyltransferase 5 / N-acetylglucosaminyl-transferase V 分子量: 58996.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGAT5, GGNT5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: Q09328, alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 6-beta-N-acetylglucosaminyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-UE0 / (3~{S})-1-ethanoyl-3-(4-methylphenyl)piperidine-3-carboxylic acid 分子量: 261.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₉NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES pH 8.0, 0.3 M Li2SO4, 30 % (w/v) PEG 3350, 10 % (v/v) ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→60.47 Å / Num. obs: 80017 / % possible obs: 97.26 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 1.89→1.92 Å / Num. unique obs: 5618 / CC_1/2: 0.6 / R_rim(I) all: 1.297

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.89→60.465 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / WR_factor R_free: 0.241 / WR_factor R_work: 0.197 / SU B: 4.945 / SU ML: 0.137 / Average fsc free: 0.9498 / Average fsc work: 0.9652 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.151 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2327	3795	4.743 %
R_work	0.1897	76222	-
all	0.192	-	-
obs	-	80017	97.259 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.819 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.258 Å²	1.025 Å²	0.567 Å²
2-	-	-0.062 Å²	1.78 Å²
3-	-	-	-1.538 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→60.465 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8033	0	112	349	8494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	8332
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7912
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.51	1.651	11245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.487	1.577	18271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.898	5	983
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.242	5	39
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.187	10	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.501	10	384
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	9438
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	7374
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	3944
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	4354
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.265	0.2	355
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.137	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.176	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.456	5.358	3959
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.456	5.358	3959
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.839	9.609	4933
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.839	9.609	4934
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.459	5.962	4373
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.459	5.963	4374
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.087	10.67	6312
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.087	10.671	6313
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.513	54.603	9233
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.512	54.602	9233
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.102	0.05	15860

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10179	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10179	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.89-1.939	0.342	259	0.333	5618	0.333	6081	0.902	0.91	96.6453	0.33
1.939-1.992	0.304	288	0.294	5441	0.295	5923	0.934	0.937	96.7246	0.288
1.992-2.05	0.322	273	0.275	5341	0.277	5799	0.929	0.948	96.8098	0.263
2.05-2.113	0.287	267	0.258	5134	0.26	5586	0.94	0.953	96.6881	0.243
2.113-2.182	0.336	253	0.244	4961	0.248	5377	0.933	0.961	96.9686	0.224
2.182-2.259	0.296	247	0.22	4856	0.224	5270	0.949	0.969	96.8311	0.201
2.259-2.344	0.264	213	0.204	4795	0.206	5149	0.956	0.974	97.2616	0.186
2.344-2.439	0.259	214	0.206	4479	0.209	4811	0.954	0.974	97.5473	0.188
2.439-2.547	0.254	210	0.201	4369	0.203	4692	0.962	0.976	97.5916	0.183
2.547-2.672	0.263	199	0.186	4157	0.19	4462	0.96	0.979	97.6244	0.174
2.672-2.816	0.26	207	0.191	3926	0.194	4239	0.958	0.978	97.4994	0.181
2.816-2.986	0.272	205	0.207	3760	0.21	4049	0.953	0.974	97.9254	0.201
2.986-3.192	0.254	181	0.195	3457	0.198	3729	0.962	0.978	97.5597	0.195
3.192-3.447	0.214	155	0.206	3303	0.206	3542	0.967	0.978	97.6285	0.21
3.447-3.775	0.25	134	0.186	3024	0.189	3230	0.964	0.982	97.7709	0.198
3.775-4.218	0.187	133	0.159	2739	0.16	2943	0.978	0.987	97.5875	0.178
4.218-4.867	0.166	145	0.131	2371	0.133	2572	0.983	0.99	97.8227	0.155
4.867-5.951	0.191	99	0.161	2046	0.162	2181	0.981	0.987	98.3494	0.19
5.951-8.375	0.222	71	0.187	1585	0.189	1688	0.973	0.983	98.1043	0.222
8.375-60.465	0.225	42	0.182	860	0.184	947	0.966	0.979	95.2482	0.25

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)