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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cdo | ||||||
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タイトル | PBP AccA-F144YG440Q from A. tumefaciens Bo542 in complex with agrocinopine C-like | ||||||
![]() | Agrocinopine utilization periplasmic binding protein AccA | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein / solute binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() dipeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Morera, S. / Vigouroux, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: A highly conserved ligand-binding site for AccA transporters of antibiotic and quorum-sensing regulator in Agrobacterium leads to a different specificity. 著者: Morera, S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Ahmar, M. / Meyer, T. / El Sahili, A. / Deicsics, G. / Gonzalez-Mula, A. / Li, S. / Dore, J. / Sirigu, S. / Legrand, P. / Penot, C. / Andre, ...著者: Morera, S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Ahmar, M. / Meyer, T. / El Sahili, A. / Deicsics, G. / Gonzalez-Mula, A. / Li, S. / Dore, J. / Sirigu, S. / Legrand, P. / Penot, C. / Andre, F. / Faure, D. / Soulere, L. / Queneau, Y. / Vial, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 312 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 254.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8c6rC ![]() 8c6uC ![]() 8c6wC ![]() 8c6yC ![]() 8c75C ![]() 8cawC ![]() 8cayC ![]() 8cb9C ![]() 8ch1C ![]() 8ch2C ![]() 8ch3C ![]() 8chcC ![]() 8ci6C ![]() 8cjuC ![]() 8ckdC ![]() 8ckeC ![]() 8ckoC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 56380.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Bo542 / 遺伝子: accA, AgrTiChry5_232 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A2P0QK24 |
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-糖 , 3種, 4分子 ![](data/chem/img/BNX.gif)
![](data/chem/img/ALX.gif)
![](data/chem/img/ALX.gif)
#2: 多糖 | 詳細: Phosphodiester of D-beta-glucose (BNX) and sucrose (GLC-FRU). 参照: BIRD: PRD_002548 #7: 糖 | ChemComp-BNX / | #8: 糖 | ChemComp-ALX / | |
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-非ポリマー , 5種, 628分子 ![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-PG4 / | ||||
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#4: 化合物 | ChemComp-PEG / | ||||
#5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-PGE / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
構成要素の詳細 | Isomer of Agrocinopine C. Agrocinopine C is a member of the class of agrocinopines that consists of ...Isomer of Agrocinopine C. Agrocinopine C is a member of the class of agrocinopines that consists of sucrose and D-glucose joined via a phosphodiester linkage. |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 4000, Tris-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.32→86.3 Å / Num. obs: 135341 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 40.9 % / Biso Wilson estimate: 19.27 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 23.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.32→1.36 Å / Rmerge(I) obs: 3.27 / Num. unique obs: 6758 / CC1/2: 0.635 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH FULL OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.14 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.13 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.32→19.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.32→1.34 Å / Total num. of bins used: 51
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 8.9353 Å / Origin y: 29.0439 Å / Origin z: -6.8148 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |