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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cdn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Brachyury in complex with a single T box binding element DNA | ||||||
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機能・相同性 | ![]() primitive streak formation / anterior/posterior axis specification, embryo / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / Germ layer formation at gastrulation / Formation of definitive endoderm / Formation of axial mesoderm / Cardiogenesis / cell fate specification / Formation of paraxial mesoderm ...primitive streak formation / anterior/posterior axis specification, embryo / Epithelial-Mesenchymal Transition (EMT) during gastrulation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / Germ layer formation at gastrulation / Formation of definitive endoderm / Formation of axial mesoderm / Cardiogenesis / cell fate specification / Formation of paraxial mesoderm / mesoderm development / mesoderm formation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Newman, J.A. / Gavard, A.E. / von Delft, F. / Gileadi, O. / Bountra, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of human Brachyury in complex with a single T box binding element DNA 著者: Newman, J.A. / Gavard, A.E. / von Delft, F. / Gileadi, O. / Bountra, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 22022.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3718.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#3: DNA鎖 | 分子量: 3607.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 % |
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結晶化![]() | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M ammonium acetate -- 0.1M bis-tris pH 5.5 -- 16%(w/v) PEG10000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.55→109 Å / Num. obs: 9158 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 72.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.62 Å / Rmerge(I) obs: 2.863 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 666 / CC1/2: 0.593 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 81.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→54.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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