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- PDB-8ccx: Human SOD1 in complex with S-XL6 cross-linker -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ccx
タイトルHuman SOD1 in complex with S-XL6 cross-linker
要素Superoxide dismutase [Cu-Zn]
キーワードOXIDOREDUCTASE / SOD1 / Amyotrophic Lateral Sclerosis / ALS / pharmacological chaperone / cross-linking / stabilization
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / regulation of organ growth / response to superoxide ...action potential initiation / response to antipsychotic drug / neurofilament cytoskeleton organization / response to carbon monoxide / protein phosphatase 2B binding / dense core granule / relaxation of vascular associated smooth muscle / anterograde axonal transport / regulation of organ growth / response to superoxide / regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / peripheral nervous system myelin maintenance / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / hydrogen peroxide biosynthetic process / cellular response to potassium ion / retrograde axonal transport / superoxide anion generation / regulation of GTPase activity / myeloid cell homeostasis / response to copper ion / superoxide metabolic process / muscle cell cellular homeostasis / superoxide dismutase / heart contraction / Detoxification of Reactive Oxygen Species / superoxide dismutase activity / cellular response to ATP / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cellular response to cadmium ion / transmission of nerve impulse / regulation of multicellular organism growth / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / neuronal action potential / ovarian follicle development / positive regulation of superoxide anion generation / axon cytoplasm / glutathione metabolic process / embryo implantation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / dendrite cytoplasm / removal of superoxide radicals / reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phagocytosis / response to amphetamine / thymus development / positive regulation of cytokine production / placenta development / regulation of mitochondrial membrane potential / determination of adult lifespan / locomotory behavior / response to nutrient levels / response to hydrogen peroxide / sensory perception of sound / mitochondrial intermembrane space / small GTPase binding / regulation of blood pressure / negative regulation of inflammatory response / peroxisome / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / response to heat / cytoplasmic vesicle / response to ethanol / spermatogenesis / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / lysosome / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of apoptotic process / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / copper ion binding / neuronal cell body / apoptotic process / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / butane-1,4-dithiol / Superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.665 Å
データ登録者Antonyuk, S.V. / Hossain, A. / Agar, J.N. / Hasnain, S.S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS065263 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1517290 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1905214 米国
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2024
タイトル: Evaluating protein cross-linking as a therapeutic strategy to stabilize SOD1 variants in a mouse model of familial ALS.
著者: Hossain, M.A. / Sarin, R. / Donnelly, D.P. / Miller, B.C. / Weiss, A. / McAlary, L. / Antonyuk, S.V. / Salisbury, J.P. / Amin, J. / Conway, J.B. / Watson, S.S. / Winters, J.N. / Xu, Y. / ...著者: Hossain, M.A. / Sarin, R. / Donnelly, D.P. / Miller, B.C. / Weiss, A. / McAlary, L. / Antonyuk, S.V. / Salisbury, J.P. / Amin, J. / Conway, J.B. / Watson, S.S. / Winters, J.N. / Xu, Y. / Alam, N. / Brahme, R.R. / Shahbazian, H. / Sivasankar, D. / Padmakumar, S. / Sattarova, A. / Ponmudiyan, A.C. / Gawde, T. / Verrill, D.E. / Yang, W. / Kannapadi, S. / Plant, L.D. / Auclair, J.R. / Makowski, L. / Petsko, G.A. / Ringe, D. / Agar, N.Y.R. / Greenblatt, D.J. / Ondrechen, M.J. / Chen, Y. / Yerbury, J.J. / Manetsch, R. / Hasnain, S.S. / Brown Jr., R.H. / Agar, J.N.
履歴
登録2023年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
F: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,69912
ポリマ－31,9182
非ポリマー78110
水4,900272
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area14070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.810, 68.020, 50.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AF

#1: タンパク質 Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Superoxide dismutase 1 / hSod1


分子量: 15958.757 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00441, superoxide dismutase

-
非ポリマー , 6種, 282分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-UDI / butane-1,4-dithiol / 1,2-dithiane 1-oxide (reacted)


分子量: 122.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.75
詳細: 2.5M ammonium sulphate, 150mM NaCl, sodium acetate pH 4.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.665→37.362 Å / Num. obs: 28274 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.133 / Rrim(I) all: 0.197 / Net I/σ(I): 83.8
反射 シェル解像度: 1.67→1.69 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Num. unique obs: 1412 / CC1/2: 0.757 / Rpim(I) all: 0.399 / Rrim(I) all: 0.578

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C9V

2c9v


解像度: 1.665→37.362 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.198 / WRfactor Rwork: 0.161 / SU B: 2.531 / SU ML: 0.084 / Average fsc free: 0.9052 / Average fsc work: 0.9266 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.124 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2327 1400 4.952 %
Rwork0.1841 26870 -
all0.186 --
obs-28270 95.073 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 19.318 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.054 Å2-0 Å20.233 Å2
2---0.359 Å2-0 Å2
3---0.149 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.665→37.362 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2220 0 26 272 2518
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132335
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.0162189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6051.6293154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4391.6015096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6885315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.77124.63108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.95515397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg12.544152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.865158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02464
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2469
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1950.22107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1520.21096
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.21069
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2169
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1720.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3040.220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2340.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2840.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.661.8461235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.661.8461234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4122.7661543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4112.7651544
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1842.1141100
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1832.1141101
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2933.0531605
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2923.0541606
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.05623.8062523
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.8623.2672470
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.665-1.7080.356910.3141936X-RAY DIFFRACTION92.939
1.708-1.7550.3081270.241861X-RAY DIFFRACTION93.1584
1.755-1.8060.2861030.1971839X-RAY DIFFRACTION93.8164
1.806-1.8610.238810.1861797X-RAY DIFFRACTION93.2936
1.861-1.9220.23870.1741751X-RAY DIFFRACTION94.5473
1.922-1.990.247910.1791709X-RAY DIFFRACTION94.8367
1.99-2.0650.198850.1841699X-RAY DIFFRACTION96.2763
2.065-2.1490.253880.1821594X-RAY DIFFRACTION96.445
2.149-2.2450.27760.1751545X-RAY DIFFRACTION96.2018
2.245-2.3540.198710.1751349X-RAY DIFFRACTION88.5839
2.354-2.4810.199730.1711254X-RAY DIFFRACTION86.0013
2.481-2.6310.242550.171366X-RAY DIFFRACTION98.0676
2.631-2.8130.227670.171293X-RAY DIFFRACTION98.9091
2.813-3.0380.261780.1711177X-RAY DIFFRACTION98.7411
3.038-3.3270.212620.171094X-RAY DIFFRACTION99.0574
3.327-3.7190.176510.1741012X-RAY DIFFRACTION99.3458
3.719-4.2920.203470.162900X-RAY DIFFRACTION99.0586
4.292-5.2510.227390.166746X-RAY DIFFRACTION99.3671
5.251-7.4040.296160.241608X-RAY DIFFRACTION99.2051

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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