PDB-8cca: The Fk1 domain of FKBP51 in complex with SAFit1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cca

タイトル

The Fk1 domain of FKBP51 in complex with SAFit1

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

キーワード

ISOMERASE / FKBP51 / SAFit / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alcohol / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / FK506 binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / : / heat shock protein binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / ESR-mediated signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.33 Å

データ登録者

Meyners, C. / Knaup, F.H. / Walz, C.M. / Hausch, F.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure-Based Discovery of a New Selectivity-Enabling Motif for the FK506-Binding Protein 51.
著者: Knaup, F.H. / Meyners, C. / Sugiarto, W.O. / Wedel, S. / Springer, M. / Walz, C. / Geiger, T.M. / Schmidt, M. / Sisignano, M. / Hausch, F.

履歴

登録	2023年1月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cca.cif.gz	154.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cca.ent.gz	92.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cca.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8cca ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8cca	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ccbC 8cccC 8ccdC 8cceC 8ccfC 8ccgC 8cchC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

ヘテロ分子

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.625, 48.493, 57.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5 / PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated ...PPIase FKBP5 / 51 kDa FK506-binding protein / FKBP-51 / 54 kDa progesterone receptor-associated immunophilin / Androgen-regulated protein 6 / FF1 antigen / FK506-binding protein 5 / FKBP-5 / FKBP54 / p54 / HSP90-binding immunophilin / Rotamase 分子量: 14004.026 Da / 分子数: 1 / 変異: A19T, C103A, C107I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP5, AIG6, FKBP51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13451, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物	ChemComp-GY1 / 2-[3-[(1~{R})-1-[(2~{S})-1-[(2~{S})-2-cyclohexyl-2-(3,4,5-trimethoxyphenyl)ethanoyl]piperidin-2-yl]carbonyloxy-3-(3,4-dimethoxyphenyl)propyl]phenoxy]ethanoic acid 分子量: 747.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₅₃NO₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 18% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.33→37.091 Å / Num. obs: 29884 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.8 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
7.16-37.06	5.7	0.028	241	0.998	0.017	0.033
1.33-1.35	4.2	0.924	1461	0.585	0.73	1.185

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.33→37.091 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 3.213 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.056 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2007	1523	5.105 %
R_work	0.1654	28311	-
all	0.167	-	-
obs	-	29834	99.586 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.489 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.464 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.141 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.605 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.33→37.091 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	950	0	54	151	1155

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	982
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.916	1.716	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.232	1.665	2271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.202	5	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.953	5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.31	10	155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.454	10	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.358	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	935
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	525
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	523
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.479	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.809	2.005	529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.81	2.006	528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.499	3.616	663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.497	3.614	664
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.777	2.133	530
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.775	2.135	531
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.375	3.832	774
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.373	3.833	775
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.203	24.032	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.595	22.011	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.994	3	2041

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.33-1.365	0.268	98	0.285	2021	0.284	2169	0.957	0.955	97.6948	0.286
1.365-1.402	0.318	114	0.265	2001	0.268	2117	0.956	0.969	99.9055	0.26
1.402-1.442	0.291	103	0.222	1965	0.226	2079	0.936	0.978	99.4709	0.215
1.442-1.487	0.238	110	0.217	1890	0.218	2004	0.965	0.982	99.8004	0.202
1.487-1.535	0.234	92	0.186	1842	0.188	1944	0.975	0.984	99.4856	0.171
1.535-1.589	0.19	107	0.155	1780	0.157	1892	0.979	0.991	99.7357	0.137
1.589-1.649	0.179	108	0.144	1717	0.146	1826	0.977	0.991	99.9452	0.127
1.649-1.716	0.182	72	0.143	1679	0.144	1762	0.979	0.991	99.3757	0.124
1.716-1.792	0.223	77	0.127	1638	0.131	1716	0.97	0.992	99.9417	0.111
1.792-1.88	0.177	84	0.129	1521	0.132	1611	0.983	0.991	99.6276	0.117
1.88-1.981	0.235	77	0.157	1460	0.161	1539	0.963	0.985	99.87	0.143
1.981-2.101	0.171	67	0.146	1392	0.148	1462	0.983	0.987	99.7948	0.139
2.101-2.245	0.168	78	0.142	1298	0.143	1377	0.98	0.976	99.9274	0.138
2.245-2.425	0.243	66	0.146	1233	0.15	1300	0.963	0.986	99.9231	0.15
2.425-2.655	0.171	61	0.146	1127	0.147	1191	0.982	0.986	99.7481	0.153
2.655-2.966	0.205	73	0.167	1012	0.169	1086	0.971	0.982	99.9079	0.183
2.966-3.422	0.214	42	0.172	922	0.174	973	0.972	0.982	99.075	0.195
3.422-4.182	0.188	38	0.152	805	0.154	844	0.977	0.986	99.8815	0.182
4.182-5.877	0.141	42	0.181	612	0.178	654	0.989	0.982	100	0.239
5.877-37.091	0.368	14	0.222	396	0.227	412	0.565	0.943	99.5146	0.282

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