PDB-8cc5: Vibrio cholerae GbpA (LPMO domain)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cc5

タイトル

Vibrio cholerae GbpA (LPMO domain)

要素

GlcNAc-binding protein A

キーワード

CELL ADHESION (細胞接着) / Adhesin / LPMO / redox enzyme / colonization factor

機能・相同性

機能・相同性情報

chitin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Montserrat-Canals, M. / Sorensen, H.V. / Cordara, G. / Krengel, U.

資金援助

ノルウェー, 2件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2023
タイトル: Perdeuterated GbpA Enables Neutron Scattering Experiments of a Lytic Polysaccharide Monooxygenase.
著者: Sorensen, H.V. / Montserrat-Canals, M. / Loose, J.S.M. / Fisher, S.Z. / Moulin, M. / Blakeley, M.P. / Cordara, G. / Bjerregaard-Andersen, K. / Krengel, U.

履歴

登録	2023年1月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cc5.cif.gz	99.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cc5.ent.gz	71.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cc5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8cc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/8cc5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cc3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GlcNAc-binding protein A

B: GlcNAc-binding protein A

ヘテロ分子

40.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GlcNAc-binding protein A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
20.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GlcNAc-binding protein A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.333, 89.374, 47.497
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-303- ZN
2	1	B-482- HOH
3	1	B-483- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	GlcNAc-binding protein A 分子量: 19820.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 遺伝子: gbpA, VCA0811 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6XA54

-
非ポリマー , 5種, 200分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.01 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Zinc Acetate 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5 18% w/v PEG 8K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→47.542 Å / Num. obs: 78744 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.83
反射シェル	解像度: 1.62→1.68 Å / Num. unique obs: 4085 / CC_1/2: 0.374

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.62→47.542 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / WR_factor R_free: 0.208 / WR_factor R_work: 0.172 / SU B: 2.11 / SU ML: 0.07 / Average fsc free: 0 / Average fsc work: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.101 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.213	2034	4.898 %
R_work	0.1763	39494	-
all	0.178	-	-
obs	-	41528	99.966 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.413 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.884 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.881 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→47.542 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2798	0	19	187	3004

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	3149
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.016	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.341	1.651	4335
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.461	1.573	6462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.297	5	409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.085	5	14
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.295	10	461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.756	10	156
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	448
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	3894
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	750
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	600
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1543
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.061	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.126	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.354	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.32	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.125	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.409	2.46	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.326	2.454	1579
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.32	4.398	2007
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.319	4.401	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.998	2.822	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.997	2.823	1569
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.199	4.969	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.198	4.97	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.784	28.734	3509
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.791	28.731	3485

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.62-1.662	0.421	151	0.392	2862	0.394	3014	99.9668	0.384
1.662-1.708	0.413	157	0.319	2796	0.324	2953	100	0.309
1.708-1.757	0.348	130	0.284	2752	0.287	2882	100	0.266
1.757-1.811	0.295	135	0.259	2641	0.26	2776	100	0.237
1.811-1.87	0.247	131	0.223	2554	0.225	2685	100	0.198
1.87-1.936	0.245	142	0.187	2491	0.19	2633	100	0.164
1.936-2.009	0.204	108	0.169	2418	0.171	2526	100	0.149
2.009-2.091	0.218	118	0.171	2345	0.173	2463	100	0.152
2.091-2.183	0.222	124	0.167	2211	0.17	2335	100	0.15
2.183-2.29	0.208	111	0.172	2150	0.174	2261	100	0.154
2.29-2.413	0.225	105	0.162	2022	0.165	2127	100	0.145
2.413-2.559	0.237	91	0.174	1947	0.176	2038	100	0.161
2.559-2.735	0.234	81	0.177	1833	0.18	1914	100	0.167
2.735-2.954	0.203	79	0.177	1712	0.178	1791	100	0.172
2.954-3.234	0.209	82	0.166	1580	0.168	1662	100	0.168
3.234-3.614	0.189	80	0.165	1429	0.167	1509	100	0.174
3.614-4.169	0.182	71	0.141	1269	0.143	1340	100	0.16
4.169-5.096	0.148	62	0.13	1091	0.131	1153	100	0.154
5.096-7.166	0.173	47	0.16	869	0.161	916	100	0.184
7.166-47.542	0.195	29	0.2	522	0.199	563	97.8686	0.245

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 200分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 5種, 200分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 200分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)