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- PDB-8cbc: Crystal structure of Thermothelomyces thermophila GH30 (double mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cbc
タイトルCrystal structure of Thermothelomyces thermophila GH30 (double mutant EE) in complex with xylotriose.
要素GH30 family xylanase
キーワードHYDROLASE / glucuronoxylanase / xylobiohydrolase / xylotriose / complex / CBM domain
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosylceramide catabolic process / glucosylceramidase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Endo-beta-1,6-galactanase-like / O-Glycosyl hydrolase family 30 / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4beta-beta-xylotriose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / GH30 family xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermothelomyces (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Dimarogona, M. / Pentari, C. / Kosinas, C. / Topakas, E.
資金援助European Union, ギリシャ, 3件
組織認可番号国
iNEXT-Discovery20209European Union
Hellenic Foundation for Research and Innovation (HFRI)328 ギリシャ
University of Patras81704 ギリシャ
引用ジャーナル: Biotechnol.Bioeng. / 年: 2024
タイトル: Structural and molecular insights into a bifunctional glycoside hydrolase 30 xylanase specific to glucuronoxylan.
著者: Pentari, C. / Kosinas, C. / Nikolaivits, E. / Dimarogona, M. / Topakas, E.
履歴
登録2023年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH30 family xylanase
B: GH30 family xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,69613
ポリマ－96,9652
非ポリマー3,73111
水14,970831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8350 Å2
ΔGint57 kcal/mol
Surface area31800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.052, 107.409, 88.059
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GH30 family xylanase


分子量: 48482.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermothelomyces (菌類) / 遺伝子: Xyn30A, MYCTH_38558 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: G2Q1N4, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素

-
糖 , 4種, 6分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1559.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6[DManpa1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_f6-h1_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-D-xylose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[o212h][a212h-1b_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<C5O4>]{[(1+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylotriose
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a212h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 836分子

#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 831 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: magnesium chloride, calcium chloride, PEG500MME, PEG20000, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月30日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→45.83 Å / Num. obs: 145063 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 7123 / CC1/2: 0.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→45.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 2.422 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14563 7373 5.1 %RANDOM
Rwork0.12262 ---
obs0.12381 137653 97.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.037 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.51 Å20 Å2-0.75 Å2
2--0.26 Å2-0 Å2
3----1.58 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→45.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6784 0 250 831 7865
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0137380
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0156534
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5441.66410115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5511.59615071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8665948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.65422.464345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.054151026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9761539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.21035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021766
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2792.0013714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.27523713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7633.0194673
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7643.0194674
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3322.2823666
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3312.2823667
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0983.3315438
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.31525.6388539
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.31425.648540
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.976313914
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 541 -
Rwork0.258 10083 -
obs--96.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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