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- PDB-8cay: PBP AccA from A. tumefaciens Bo542 in complex with Agrocinopine D-like -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cay
タイトルPBP AccA from A. tumefaciens Bo542 in complex with Agrocinopine D-like
要素Agrocinopine utilization periplasmic binding protein AccA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein / solute binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-Y45 / Chem-Y4H / Agrocinopine utilization periplasmic binding protein AccA
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.626 Å
データ登録者Morera, S. / Vigouroux, A. / Siragu, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2024
タイトル: A highly conserved ligand-binding site for AccA transporters of antibiotic and quorum-sensing regulator in Agrobacterium leads to a different specificity.
著者: Morera, S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Ahmar, M. / Meyer, T. / El Sahili, A. / Deicsics, G. / Gonzalez-Mula, A. / Li, S. / Dore, J. / Sirigu, S. / Legrand, P. / Penot, C. / Andre, ...著者: Morera, S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Ahmar, M. / Meyer, T. / El Sahili, A. / Deicsics, G. / Gonzalez-Mula, A. / Li, S. / Dore, J. / Sirigu, S. / Legrand, P. / Penot, C. / Andre, F. / Faure, D. / Soulere, L. / Queneau, Y. / Vial, L.
履歴
登録2023年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agrocinopine utilization periplasmic binding protein AccA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3306
ポリマ－55,3341
非ポリマー9975
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area470 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.100, 40.209, 103.425
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Agrocinopine utilization periplasmic binding protein AccA / ABC transporter substrate binding protein (Agrocinopine)


分子量: 55333.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: Bo542 / 遺伝子: accA, AgrTiChry5_232
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2P0QK24

-
非ポリマー , 5種, 220分子

#2: 化合物 ChemComp-Y4H / Agrocinopine D-like (C2-C2 linked; with an alpha and beta-D-glucopyranose) / Agrocinopine D-like / [(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] [(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate / D-glucose-2-phosphate-2-glucose


分子量: 422.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H23O14P
#3: 化合物 ChemComp-Y45 / Agrocinopine D-like (C2-C2 linked; with two alpha-D-glucopyranoses) / Agrocinopine D-like / bis[(2S,3R,4S,5S,6R)-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate / D-glucose-2-phosphate-2-glucose


分子量: 422.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H23O14P
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.626→53.2 Å / Num. obs: 50253 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 22.21 Å2 / CC1/2: 0.7 / Rmerge(I) obs: 0.238 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 1.626→1.78 Å / Rmerge(I) obs: 3.35 / Num. unique obs: 2610 / CC1/2: 0.11

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (21-NOV-2022)精密化
autoPROC1.0.5 20200520data processing
autoPROCJan 31, 2020data processing
autoPROC2.3.36data processing
Aimless0.7.4データスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8C6R

8c6r


解像度: 1.626→53.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.167 / SU Rfree Blow DPI: 0.14 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.141
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH FULL OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2263 1707 4.75 %RANDOM
Rwork0.1963 ---
obs0.1977 35908 70.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.5403 Å20 Å2-1.2184 Å2
2--8.2 Å20 Å2
3----3.6597 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.626→53.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3904 0 35 218 4157
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017938HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1114344HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2339SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1233HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7938HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.93
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion525SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7461SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.71 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2758 -6.12 %
Rwork0.2431 675 -
all0.245 719 -
obs--10.32 %
精密化 TLS

L22: 0 °2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2127-0.02260.4851-0.45450.7884-0.0966-0.1052-0.2265-0.00680.06690.0243-0.1220.03740.0296-0.07020.01640.00120.10720.0228-0.070612.4587-23.614736.3435
20.462-0.0105-0.0906-0.15110.50880.01140.0382-0.01820.0257-0.00990.0031-0.04570.0202-0.0015-0.0713-0.0135-0.01890.1196-0.018-0.063711.5552-12.930113.0286
30.3724-0.1395-0.1054-0.16790.4437-0.0203-0.0169-0.0382-0.00240.0050.006-0.0017-0.00090.0153-0.0816-0.0011-0.00940.1093-0.0085-0.04829.4987-17.636621.6752
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|31 - A|240 }A31 - 240
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|241 - A|521 }A241 - 521
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|701 - A|915 }A701 - 915

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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