+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8caw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PBP AccA from A. tumefaciens Bo542 in complex with agrocin84 | ||||||
要素 | Agrocinopine utilization periplasmic binding protein AccA | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Periplasmic binding protein / solute binding protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dipeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.256 Å | ||||||
データ登録者 | Morera, S. / Vigouroux, A. / El Sahili, A. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2024 タイトル: A highly conserved ligand-binding site for AccA transporters of antibiotic and quorum-sensing regulator in Agrobacterium leads to a different specificity. 著者: Morera, S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Ahmar, M. / Meyer, T. / El Sahili, A. / Deicsics, G. / Gonzalez-Mula, A. / Li, S. / Dore, J. / Sirigu, S. / Legrand, P. / Penot, C. / Andre, ...著者: Morera, S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Ahmar, M. / Meyer, T. / El Sahili, A. / Deicsics, G. / Gonzalez-Mula, A. / Li, S. / Dore, J. / Sirigu, S. / Legrand, P. / Penot, C. / Andre, F. / Faure, D. / Soulere, L. / Queneau, Y. / Vial, L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8caw.cif.gz | 309.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8caw.ent.gz | 252.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8caw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8caw_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8caw_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8caw_validation.xml.gz | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8caw_validation.cif.gz | 38.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/8caw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/8caw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8c6rC 8c6uC 8c6wC 8c6yC 8c75C 8cayC 8cb9C 8cdoC 8ch1C 8ch2C 8ch3C 8chcC 8ci6C 8cjuC 8ckdC 8ckeC 8ckoC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55333.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 株: Bo542 / 遺伝子: accA, AgrTiChry5_232 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2P0QK24 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-C84 / [( |
#3: 化合物 | ChemComp-UKU / [( |
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | Conjugate contains beta-D-glucose (BGC) and purine (ADE). The nucleoside core, which is essential ...Conjugate contains beta-D-glucose (BGC) and purine (ADE). The nucleoside core, which is essential for toxicity, contains 3'-deoxyarabinose rather than ribose. Conjugate contains alpha-D-glucose (GLC) and purine (ADE). The nucleoside core, which is essential for toxicity, contains 3'-deoxyarabinose rather than ribose. |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.04 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 4000, Tris-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.256→49.2 Å / Num. obs: 436693 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 13.85 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.256→1.27 Å / Rmerge(I) obs: 1.91 / Num. unique obs: 3461 / CC1/2: 0.157 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.256→18.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU R Cruickshank DPI: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.063 / SU Rfree Blow DPI: 0.063 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.061 詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH FULL OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.18 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.16 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.256→18.38 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.26→1.32 Å / Total num. of bins used: 51
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|