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- PDB-8cah: Cryo-EM structure of native Otu2-bound ubiquitinated 43S pre-init... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cah
タイトルCryo-EM structure of native Otu2-bound ubiquitinated 43S pre-initiation complex
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 30
  • (60S ribosomal protein ...) x 2
  • (Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit ...) x 6
  • 18S ribosomal RNA
  • Eukaryotic translation initiation factor 4C
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • OTU domain-containing protein 2
  • RLI1 isoform 1
  • RNA recognition motif (unknown)
  • RPS15 isoform 1
  • RPS29A isoform 1
  • SUI1 isoform 1
キーワードRIBOSOME / Translation / Ubiquitin / Deubiquitinating enzyme / Initiation / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / incipient cellular bud site / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / eukaryotic 48S preinitiation complex ...eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / incipient cellular bud site / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / eukaryotic 48S preinitiation complex / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / nonfunctional rRNA decay / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA destabilization / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / negative regulation of translational frameshifting / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit export from nucleus / 90S preribosome / positive regulation of protein kinase activity / G-protein alpha-subunit binding / Ub-specific processing proteases / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / translation initiation factor binding / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / rescue of stalled ribosome / translation initiation factor activity / cellular response to amino acid starvation / ribosome assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein kinase C binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / translational initiation / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cysteine-type deubiquitinase activity / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / ribosome / structural constituent of ribosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / translation / negative regulation of gene expression / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J / Eukaryotic translation initiation factor 3-like domain superfamily / : / Translation initiation factor eIF3 subunit / Cathepsin B; Chain A - #80 / RLI, domain 1 / RLI1 / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI ...: / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J / Eukaryotic translation initiation factor 3-like domain superfamily / : / Translation initiation factor eIF3 subunit / Cathepsin B; Chain A - #80 / RLI, domain 1 / RLI1 / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G, N-terminal / eIF3G, RNA recognition motif / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / Translation initiation factor, beta propellor-like domain / Eukaryotic translation initiation factor eIF2A / OTU-like cysteine protease / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / SUI1 domain / : / eIF3a, PCI domain, TPR-like region / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / OTU domain / OTU domain profile. / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / 4Fe-4S binding domain / K homology (KH) domain / PCI/PINT associated module / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Cathepsin B; Chain A / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S7e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein S27e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / IRON/SULFUR CLUSTER / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 4C / RLI1 isoform 1 ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / IRON/SULFUR CLUSTER / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 4C / RLI1 isoform 1 / SUI1 isoform 1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein eS17A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4B / Small ribosomal subunit protein eS6B / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Small ribosomal subunit protein eS32A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Small ribosomal subunit protein uS10 / OTU domain-containing protein 2 / Small ribosomal subunit protein eS26A / Small ribosomal subunit protein uS14A / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS10A / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ikeuchi, K. / Buschauer, R. / Cheng, J. / Berninghausen, O. / Becker, T. / Beckmann, R.
資金援助 ドイツ, 日本, 5件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB/TRR-174 ドイツ
German Research Foundation (DFG)BE1814/15-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)BE1814/1-1 ドイツ
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JSPS Overseas Research Fellowships 日本
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF)PhD fellowship ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Molecular basis for recognition and deubiquitination of 40S ribosomes by Otu2.
著者: Ken Ikeuchi / Nives Ivic / Robert Buschauer / Jingdong Cheng / Thomas Fröhlich / Yoshitaka Matsuo / Otto Berninghausen / Toshifumi Inada / Thomas Becker / Roland Beckmann /
要旨: In actively translating 80S ribosomes the ribosomal protein eS7 of the 40S subunit is monoubiquitinated by the E3 ligase Not4 and deubiquitinated by Otu2 upon ribosomal subunit recycling. Despite its ...In actively translating 80S ribosomes the ribosomal protein eS7 of the 40S subunit is monoubiquitinated by the E3 ligase Not4 and deubiquitinated by Otu2 upon ribosomal subunit recycling. Despite its importance for translation efficiency the exact role and structural basis for this translational reset is poorly understood. Here, structural analysis by cryo-electron microscopy of native and reconstituted Otu2-bound ribosomal complexes reveals that Otu2 engages 40S subunits mainly between ribosome recycling and initiation stages. Otu2 binds to several sites on the intersubunit surface of the 40S that are not occupied by any other 40S-binding factors. This binding mode explains the discrimination against 80S ribosomes via the largely helical N-terminal domain of Otu2 as well as the specificity for mono-ubiquitinated eS7 on 40S. Collectively, this study reveals mechanistic insights into the Otu2-driven deubiquitination steps for translational reset during ribosome recycling/(re)initiation.
履歴
登録2023年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
l: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I
r: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G
o: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
p: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B
q: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
i: Eukaryotic translation initiation factor 4C
m: SUI1 isoform 1
j: RNA recognition motif (unknown)
2: 18S ribosomal RNA
P: 40S ribosomal protein S0-A
Q: 40S ribosomal protein S1-A
R: 40S ribosomal protein S2
S: 40S ribosomal protein S4-B
T: 40S ribosomal protein S6-B
V: 40S ribosomal protein S8-A
W: 40S ribosomal protein S9-A
X: 40S ribosomal protein S11-A
Y: 40S ribosomal protein S13
Z: 40S ribosomal protein S14-A
a: 40S ribosomal protein S21-A
b: 40S ribosomal protein S22-A
c: 40S ribosomal protein S23-A
d: 40S ribosomal protein S24-A
e: 40S ribosomal protein S26-A
f: 40S ribosomal protein S27-A
g: 40S ribosomal protein S30-A
E: RPS15 isoform 1
A: 40S ribosomal protein S3
B: 40S ribosomal protein S5
C: 40S ribosomal protein S10-A
D: 40S ribosomal protein S12
F: 40S ribosomal protein S16-A
H: 40S ribosomal protein S17-A
I: 40S ribosomal protein S18-A
J: 40S ribosomal protein S19-A
K: 40S ribosomal protein S20
L: 40S ribosomal protein S25-A
M: RPS29A isoform 1
N: 40S ribosomal protein S31
O: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
h: 40S ribosomal protein S28-A
z: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J
y: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J
x: RLI1 isoform 1
k: 60S ribosomal protein L40-A
n: 60S ribosomal protein L41-A
G: OTU domain-containing protein 2
U: 40S ribosomal protein S7-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,743,295133
ポリマ－1,740,09048
非ポリマー3,20685
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit ... , 6種, 7分子 lropqzy

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I


分子量: 38803.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5PTA5
#2: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G


分子量: 30547.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: A0A8H8UNW9
#3: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 110 kDa subunit homolog / eIF3 p110 / ...eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 110 kDa subunit homolog / eIF3 p110 / Translation initiation factor eIF3 / p110 subunit homolog


分子量: 110517.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P38249
#4: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B


分子量: 88241.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: A0A8H4F8W9
#5: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C


分子量: 93310.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: A0A8H4BZ29
#42: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J


分子量: 29611.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5PQW9

-
タンパク質 , 8種, 8分子 imjEMOxG

#6: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4C


分子量: 17462.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5PU90
#7: タンパク質 SUI1 isoform 1


分子量: 12330.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5Q4K5
#8: タンパク質 RNA recognition motif (unknown)


分子量: 6571.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
#27: タンパク質 RPS15 isoform 1


分子量: 16031.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: Q01855
#38: タンパク質 RPS29A isoform 1


分子量: 6675.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P41057
#40: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 / Small ...Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 34841.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P38011
#43: タンパク質 RLI1 isoform 1


分子量: 68433.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5Q259
#46: タンパク質 OTU domain-containing protein 2


分子量: 36157.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
遺伝子: OTU2, YHL013C / Variant: C178S / プラスミド: pKI1034 / 詳細 (発現宿主): p415GPDp-otu2-C178S-3xFLAG-CYC1t / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / Variant (発現宿主): otu2 delta / 参照: UniProt: P38747

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 2

#9: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 579761.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)

+
40S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 PQRSTVWXYZabcdefgABCDFHIJKLNhU

#10: タンパク質 40S ribosomal protein S0-A / Nucleic acid-binding protein NAB1A / Small ribosomal subunit protein uS2-A


分子量: 28051.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P32905
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S1-A / RP10A / Small ribosomal subunit protein eS1-A


分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P33442
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / Omnipotent suppressor protein SUP44 / RP12 / S4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / YS5


分子量: 27490.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P25443
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S4-B / RP5 / S7 / Small ribosomal subunit protein eS4-B / YS6


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX36
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S6-B / RP9 / S10 / Small ribosomal subunit protein eS6-B / YS4


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX38
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S8-A


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX39
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: O13516
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S11-A


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX47
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / S27a / Small ribosomal subunit protein uS15 / YS15


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P05756
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P06367
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S21-A / S26 / Small ribosomal subunit protein eS21-A / YS25


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P0C0V8
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P0C0W1
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S23-A / RP37 / S28 / Small ribosomal subunit protein uS12-A / YS14


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX29
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S24-A / RP50 / Small ribosomal subunit protein eS24-A


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX31
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S26-A / Small ribosomal subunit protein eS26-A


分子量: 13538.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P39938
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S27-A / RP61 / Small ribosomal subunit protein eS27-A / YS20


分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P35997
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S30-A / Small ribosomal subunit protein eS30-A


分子量: 7137.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX33
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / RP13 / Small ribosomal subunit protein uS3 / YS3


分子量: 26542.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P05750
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / RP14 / S2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / YS8


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P26783
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S10-A / Small ribosomal subunit protein eS10-A


分子量: 12757.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: Q08745
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS12


分子量: 15488.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P48589
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S16-A / RP61R / Small ribosomal subunit protein uS9-A


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX51
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S17-A / RP51A / Small ribosomal subunit protein eS17-A


分子量: 15820.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P02407
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S18-A / Small ribosomal subunit protein uS13-A


分子量: 17071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX55
#35: タンパク質 40S ribosomal protein S19-A / RP55A / S16a / Small ribosomal subunit protein eS19-A / YP45 / YS16A


分子量: 15942.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P07280
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 13929.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P38701
#37: タンパク質 40S ribosomal protein S25-A / RP45 / S31 / Small ribosomal subunit protein eS25-A / YS23


分子量: 12067.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: Q3E792
#39: タンパク質 40S ribosomal protein S31 / CEP76 / S37 / Small ribosomal subunit protein eS31 / YS24


分子量: 8703.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P05759
#41: タンパク質 40S ribosomal protein S28-A / S33 / Small ribosomal subunit protein eS28-A / YS27


分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: Q3E7X9
#47: タンパク質 40S ribosomal protein S7-A / RP30 / RP40 / Small ribosomal subunit protein eS7-A


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P26786

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60S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 kn

#44: タンパク質 60S ribosomal protein L40-A / CEP52 / Large ribosomal subunit protein eL40-A


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CH08
#45: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-A / L47 / Large ribosomal subunit protein eL41-A / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX86

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非ポリマー , 4種, 85分子

#48: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#49: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#50: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#51: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yeast native 43S pre-initiation complex with deubiquitinating enzyme Otu2 bound to ubiquitinated eS7
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#47 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 46.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18826 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.007100625
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.985144934
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.42229911
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05418285
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00812279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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