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- PDB-8caf: N8C_Fab3b in complex with NEDD8-CUL1(WHB) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8caf
タイトルN8C_Fab3b in complex with NEDD8-CUL1(WHB)
要素
  • Cullin-1
  • Fab Heavy Chain
  • Fab Light Chain
  • NEDD8
キーワードCELL CYCLE / NEDD8 / Cullin-RING ligase / ubiquitin / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / cullin-RING ubiquitin ligase complex / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / protein neddylation / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Prolactin receptor signaling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of postsynapse assembly ...Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / cullin-RING ubiquitin ligase complex / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / protein neddylation / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Prolactin receptor signaling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of postsynapse assembly / regulation of proteolysis / anatomical structure morphogenesis / protein monoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / intrinsic apoptotic signaling pathway / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / animal organ morphogenesis / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Iron uptake and transport / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / protein modification process / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / modification-dependent protein catabolic process / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / G1/S transition of mitotic cell cycle / FCERI mediated NF-kB activation / protein tag activity / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RUNX2 expression and activity / Cyclin D associated events in G1 / UCH proteinases / : / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / intracellular protein localization / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell population proliferation / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nedd8-like ubiquitin / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cullin / Cullin, N-terminal ...Nedd8-like ubiquitin / Cullin protein neddylation domain / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Roll / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cullin-1 / Ubiquitin-like protein NEDD8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Duda, D.M. / Yanishevski, D. / Henneberg, L.T. / Schulman, B.A.
資金援助 米国, European Union, ドイツ, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA021765 米国
European Research Council (ERC)ADG-789016-Nedd8ActivateEuropean Union
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)SCHU3196/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Activity-based profiling of cullin-RING E3 networks by conformation-specific probes.
著者: Henneberg, L.T. / Singh, J. / Duda, D.M. / Baek, K. / Yanishevski, D. / Murray, P.J. / Mann, M. / Sidhu, S.S. / Schulman, B.A.
履歴
登録2023年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab Light Chain
B: Fab Heavy Chain
C: Fab Light Chain
D: Fab Heavy Chain
E: Cullin-1
F: NEDD8
G: NEDD8
H: Cullin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,5318
ポリマ－128,5318
非ポリマー00
水00
1
A: Fab Light Chain
B: Fab Heavy Chain
F: NEDD8
H: Cullin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2664
ポリマ－64,2664
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Fab Light Chain
D: Fab Heavy Chain
E: Cullin-1
G: NEDD8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2664
ポリマ－64,2664
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.372, 106.871, 180.651
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: 抗体 Fab Light Chain


分子量: 22958.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: 抗体 Fab Heavy Chain


分子量: 23391.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#3: タンパク質 Cullin-1 / CUL-1


分子量: 9341.104 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 677-776 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13616
#4: タンパク質 NEDD8 / Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / ...Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / Ubiquitin-like protein Nedd8


分子量: 8573.978 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 1-76 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD8 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15843
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.0-2.1M Ammonium Sulfate, 0.1M Citrate pH 6.0, 10mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→180 Å / Num. obs: 56730 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 77.01 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 2.66→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 1.165 / Num. unique obs: 4609 / CC1/2: 0.612

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSVersion November 3, 2014データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.66→90.33 Å / SU ML: 0.461 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.4446
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 2874 5.07 %
Rwork0.2166 53775 -
obs0.2189 56649 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→90.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8808 0 0 0 8808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00948978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.177412173
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06221404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011541
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.91541240
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.66-2.70.46651470.4382491X-RAY DIFFRACTION98.84
2.7-2.750.41371370.36412561X-RAY DIFFRACTION98.18
2.75-2.80.41811290.32642507X-RAY DIFFRACTION98.47
2.8-2.850.32881380.28422480X-RAY DIFFRACTION95.69
2.85-2.910.30411210.25092539X-RAY DIFFRACTION98.63
2.91-2.980.31161450.25742519X-RAY DIFFRACTION98.63
2.98-3.040.33531370.28392575X-RAY DIFFRACTION99.3
3.04-3.120.34751430.30332566X-RAY DIFFRACTION99.49
3.12-3.210.42321430.31112543X-RAY DIFFRACTION99.08
3.21-3.30.33891400.29432564X-RAY DIFFRACTION99.12
3.3-3.410.28261280.25062563X-RAY DIFFRACTION99.01
3.41-3.530.2641200.2222463X-RAY DIFFRACTION94.44
3.53-3.670.25521340.21382563X-RAY DIFFRACTION99.01
3.67-3.840.28811220.22542585X-RAY DIFFRACTION98.94
3.84-4.040.25261530.21712571X-RAY DIFFRACTION99.56
4.04-4.290.23051450.18652591X-RAY DIFFRACTION98.99
4.29-4.620.20511610.16742502X-RAY DIFFRACTION96.28
4.62-5.090.22951340.16172620X-RAY DIFFRACTION99.21
5.09-5.820.23291360.18712627X-RAY DIFFRACTION99.46
5.82-7.330.26871300.21512590X-RAY DIFFRACTION96.22
7.34-90.330.2181310.19542755X-RAY DIFFRACTION97.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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