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万見
- PDB-8c82: Cryo-EM structure of the yeast SPT-Orm1-Dimer complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c82
タイトルCryo-EM structure of the yeast SPT-Orm1-Dimer complex
要素
  • (Serine palmitoyltransferase ...) x 2
  • Protein ORM1
  • Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3
キーワードTRANSFERASE / Serine-Palmitoyl-Transferase / SPT / Orm-Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of sphingolipid biosynthetic process / positive regulation of sphingolipid biosynthetic process / 3-keto-sphinganine metabolic process / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / ceramide metabolic process / sphingosine biosynthetic process / sphingolipid biosynthetic process ...negative regulation of sphingolipid biosynthetic process / positive regulation of sphingolipid biosynthetic process / 3-keto-sphinganine metabolic process / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / ceramide metabolic process / sphingosine biosynthetic process / sphingolipid biosynthetic process / ceramide biosynthetic process / response to unfolded protein / enzyme activator activity / Neutrophil degranulation / pyridoxal phosphate binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
ORMDL family / ORMDL family / : / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Chem-Q7G / Chem-Z8A / Serine palmitoyltransferase 1 / Serine palmitoyltransferase 2 / Protein ORM1 / Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Schaefer, J. / Koerner, C. / Parey, K. / Januliene, D. / Moeller, A. / Froehlich, F.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB944 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1557 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of the ceramide-bound SPOTS complex.
著者: Jan-Hannes Schäfer / Carolin Körner / Bianca M Esch / Sergej Limar / Kristian Parey / Stefan Walter / Dovile Januliene / Arne Moeller / Florian Fröhlich /
要旨: Sphingolipids are structural membrane components that also function in cellular stress responses. The serine palmitoyltransferase (SPT) catalyzes the rate-limiting step in sphingolipid biogenesis. ...Sphingolipids are structural membrane components that also function in cellular stress responses. The serine palmitoyltransferase (SPT) catalyzes the rate-limiting step in sphingolipid biogenesis. Its activity is tightly regulated through multiple binding partners, including Tsc3, Orm proteins, ceramides, and the phosphatidylinositol-4-phosphate (PI4P) phosphatase Sac1. The structural organization and regulatory mechanisms of this complex are not yet understood. Here, we report the high-resolution cryo-EM structures of the yeast SPT in complex with Tsc3 and Orm1 (SPOT) as dimers and monomers and a monomeric complex further carrying Sac1 (SPOTS). In all complexes, the tight interaction of the downstream metabolite ceramide and Orm1 reveals the ceramide-dependent inhibition. Additionally, observation of ceramide and ergosterol binding suggests a co-regulation of sphingolipid biogenesis and sterol metabolism within the SPOTS complex.
履歴
登録2023年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein ORM1
B: Serine palmitoyltransferase 1
C: Serine palmitoyltransferase 2
D: Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3
E: Protein ORM1
F: Serine palmitoyltransferase 1
G: Serine palmitoyltransferase 2
H: Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,75414
ポリマ－320,5378
非ポリマー4,2176
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 AEDH

#1: タンパク質 Protein ORM1


分子量: 25221.674 Da / 分子数: 2 / 変異: S51A, S52A, S53A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ORM1, YGR038W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53224
#4: タンパク質 Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3 / Temperature-sensitive CSG2-mutant suppressor protein 3


分子量: 9590.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TSC3, YBR058C-A / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E790

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Serine palmitoyltransferase ... , 2種, 4分子 BFCG

#2: タンパク質 Serine palmitoyltransferase 1 / SPT 1 / SPT1 / Long chain base biosynthesis protein 1


分子量: 62266.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: LCB1, END8, TSC2, YMR296C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25045, serine C-palmitoyltransferase
#3: タンパク質 Serine palmitoyltransferase 2 / SPT 2 / Long chain base biosynthesis protein 2


分子量: 63189.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: LCB2, SCS1, TSC1, YDR062W, D4246, YD9609.16 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40970, serine C-palmitoyltransferase

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非ポリマー , 3種, 6分子

#5: 化合物 ChemComp-Z8A / N-[(2S,3S,4R)-1,3,4-trihydroxyoctadecan-2-yl]hexacosanamide / N-ヘキサコサノイルフィトスフィンゴシン


分子量: 696.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H89NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-Q7G / 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside


分子量: 1165.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H92O25 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of Orm1 with Lcb1, Lcb2 and Tsc3 / タイプ: COMPLEX
詳細: C2-symmetric complex of Orm1 with Lcb1, Lcb2 and Tsc3 in each protomer
Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.325 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 6.8
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 13604
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.20_4459:精密化
UCSF ChimeraX1.6/v9モデル構築
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2.9画像取得
4cryoSPARC3.2CTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
9PHENIX1.19モデル精密化
10cryoSPARC3.2初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.2最終オイラー角割当
123.2分類
13cryoSPARC3.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 141900 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 105 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00521706
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.73929456
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.1032958
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0463342
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053710

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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