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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c81 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the yeast SPT-Orm1-Sac1 complex | |||||||||
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![]() | TRANSFERASE / Serine-Palmitoyl-Transferase / SPT / Orm-Protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Synthesis of PIPs at the ER membrane / phosphatidylinositol-4-phosphate phosphatase activity / phosphatidylinositol-3-phosphatase / positive regulation of sphingolipid biosynthetic process / 3-keto-sphinganine metabolic process / negative regulation of sphingolipid biosynthetic process / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 3-phosphatase activity / host cell viral assembly compartment / phosphatidylinositol-3-phosphate phosphatase activity / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane ...Synthesis of PIPs at the ER membrane / phosphatidylinositol-4-phosphate phosphatase activity / phosphatidylinositol-3-phosphatase / positive regulation of sphingolipid biosynthetic process / 3-keto-sphinganine metabolic process / negative regulation of sphingolipid biosynthetic process / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 3-phosphatase activity / host cell viral assembly compartment / phosphatidylinositol-3-phosphate phosphatase activity / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / serine palmitoyltransferase complex / : / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / ceramide metabolic process / autophagosome-lysosome fusion / cortical endoplasmic reticulum / sphingosine biosynthetic process / sphingolipid biosynthetic process / ceramide biosynthetic process / phosphatidylinositol dephosphorylation / Golgi medial cisterna / response to unfolded protein / enzyme activator activity / Neutrophil degranulation / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial outer membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Schaefer, J. / Koerner, C. / Parey, K. / Januliene, D. / Moeller, A. / Froehlich, F. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the ceramide-bound SPOTS complex. 著者: Jan-Hannes Schäfer / Carolin Körner / Bianca M Esch / Sergej Limar / Kristian Parey / Stefan Walter / Dovile Januliene / Arne Moeller / Florian Fröhlich / ![]() 要旨: Sphingolipids are structural membrane components that also function in cellular stress responses. The serine palmitoyltransferase (SPT) catalyzes the rate-limiting step in sphingolipid biogenesis. ...Sphingolipids are structural membrane components that also function in cellular stress responses. The serine palmitoyltransferase (SPT) catalyzes the rate-limiting step in sphingolipid biogenesis. Its activity is tightly regulated through multiple binding partners, including Tsc3, Orm proteins, ceramides, and the phosphatidylinositol-4-phosphate (PI4P) phosphatase Sac1. The structural organization and regulatory mechanisms of this complex are not yet understood. Here, we report the high-resolution cryo-EM structures of the yeast SPT in complex with Tsc3 and Orm1 (SPOT) as dimers and monomers and a monomeric complex further carrying Sac1 (SPOTS). In all complexes, the tight interaction of the downstream metabolite ceramide and Orm1 reveals the ceramide-dependent inhibition. Additionally, observation of ceramide and ergosterol binding suggests a co-regulation of sphingolipid biogenesis and sterol metabolism within the SPOTS complex. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 361.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 286.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 16468MC ![]() 8c80C ![]() 8c82C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ADE
#1: タンパク質 | 分子量: 25221.674 Da / 分子数: 1 / 変異: S51A, S52A, S53A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ORM1, YGR038W / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 9590.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TSC3, YBR058C-A / 発現宿主: ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 71214.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: SAC1, RSD1, YKL212W / 発現宿主: ![]() ![]() |
-Serine palmitoyltransferase ... , 2種, 2分子 BC
#2: タンパク質 | 分子量: 64985.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: LCB1, END8, TSC2, YMR296C / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 63189.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: LCB2, SCS1, TSC1, YDR062W, D4246, YD9609.16 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 6分子 ![](data/chem/img/ERG.gif)
![](data/chem/img/Z8A.gif)
![](data/chem/img/Q7G.gif)
![](data/chem/img/PLP.gif)
![](data/chem/img/Z8A.gif)
![](data/chem/img/Q7G.gif)
![](data/chem/img/PLP.gif)
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-Z8A / | #8: 化合物 | ChemComp-Q7G / | #9: 化合物 | ChemComp-PLP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Heteropentameric complex of Orm1 with Lcb1, Lcb2, Tsc3 and Sac1 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.23 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 6.8 |
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 13604 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
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解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.6/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package | ||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53236 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||
原子モデル構築 | B value: 63 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.3 Å |