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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c7g | ||||||
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タイトル | Drosophila melanogaster Rab7 GEF complex Mon1-Ccz1-Bulli | ||||||
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![]() | ENDOCYTOSIS / Guanain Nucleotide Exchange Factor / membrane traffic / lysosome | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / guanyl nucleotide exchange factor inhibitor activity / Mon1-Ccz1 complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / protein targeting to vacuole / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / neuromuscular junction development / synaptic cleft / vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...positive regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / guanyl nucleotide exchange factor inhibitor activity / Mon1-Ccz1 complex / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / protein targeting to vacuole / endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / neuromuscular junction development / synaptic cleft / vesicle-mediated transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / regulation of autophagy / autophagy / late endosome membrane / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
![]() | Schaefer, J. / Herrmann, E. / Kuemmel, D. / Moeller, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the metazoan Rab7 GEF complex Mon1-Ccz1-Bulli. 著者: Eric Herrmann / Jan-Hannes Schäfer / Stephan Wilmes / Christian Ungermann / Arne Moeller / Daniel Kümmel / ![]() 要旨: The endosomal system of eukaryotic cells represents a central sorting and recycling compartment linked to metabolic signaling and the regulation of cell growth. Tightly controlled activation of Rab ...The endosomal system of eukaryotic cells represents a central sorting and recycling compartment linked to metabolic signaling and the regulation of cell growth. Tightly controlled activation of Rab GTPases is required to establish the different domains of endosomes and lysosomes. In metazoans, Rab7 controls endosomal maturation, autophagy, and lysosomal function. It is activated by the guanine nucleotide exchange factor (GEF) complex Mon1-Ccz1-Bulli (MCBulli) of the tri-longin domain (TLD) family. While the Mon1 and Ccz1 subunits have been shown to constitute the active site of the complex, the role of Bulli remains elusive. We here present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of MCBulli at 3.2 Å resolution. Bulli associates as a leg-like extension at the periphery of the Mon1 and Ccz1 heterodimers, consistent with earlier reports that Bulli does not impact the activity of the complex or the interactions with recruiter and substrate GTPases. While MCBulli shows structural homology to the related ciliogenesis and planar cell polarity effector (Fuzzy-Inturned-Wdpcp) complex, the interaction of the TLD core subunits Mon1-Ccz1 and Fuzzy-Inturned with Bulli and Wdpcp, respectively, is remarkably different. The variations in the overall architecture suggest divergent functions of the Bulli and Wdpcp subunits. Based on our structural analysis, Bulli likely serves as a recruitment platform for additional regulators of endolysosomal trafficking to sites of Rab7 activation. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 266.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 210.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 72058.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Bulli, Dmel\CG8270, CG8270, Dmel_CG8270 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9VRX1 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 58308.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Ccz1, C7orf28B, Dccz1, Dmel\CG14980, NP_647835, CG14980, Dmel_CG14980 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9VZL5 |
#3: タンパク質 | 分子量: 59904.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Mon1, Dmel\CG11926, Dmon1, MON1, mon1, Mon1-RA, NP_608868, CG11926, Dmel_CG11926 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9VR38 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Trimeric metazoan guanine-nucleotide-exchange factor Mon1-Ccz1-Bulli タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.18 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.3 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 5931 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
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解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.6/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 390520 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 129 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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