PDB-8c7f: Crystal structure of beta-xylosidase mutant (D281N, E517Q) from T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c7f

タイトル

Crystal structure of beta-xylosidase mutant (D281N, E517Q) from Thermotoga maritima in complex with xylopentaose

要素

Xylosidase

キーワード

HYDROLASE / Complex Xylopentose Glycosyl hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

glucan catabolic process / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Gloster, T.M. / Foltanyi, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structural and functional characterisation of a glycoside hydrolase family 3 beta-xylosidase from Thermotoga maritima
著者: Gloster, T.M. / Foltanyi, F.

履歴

登録	2023年1月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c7f.cif.gz	609.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c7f.ent.gz	489.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c7f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/8c7f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/8c7f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zb3 7zdy 7zeq 7zgz
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Xylosidase

B: Xylosidase

ヘテロ分子

175 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Xylosidase

B: Xylosidase

ヘテロ分子

A: Xylosidase

B: Xylosidase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
351 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.350, 100.890, 179.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 778 / Label seq-ID: 1 - 778

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質

Xylosidase

分子量: 87106.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: ATCC 43589 / 遺伝子: TM_0076 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WXT1

#2: 多糖

beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylotriose

記述子	タイプ	プログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a212h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a212h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル

分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 3% polyethylene glycol 8000, 48% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 175 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→50.445 Å / Num. obs: 272231 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.52→1.55 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Num. unique obs: 13322 / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.036

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.52→50.445 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.67 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: Hydrogens have not been used.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1885	13593	4.994 %
R_work	0.1643	258572	-
all	0.166	-	-
obs	-	272165	99.807 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.402 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.08 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.083 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.163 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→50.445 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11751	0	81	1322	13154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	12259
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11912
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.591	1.65	16607
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.526	1.569	27498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.889	5	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.781	5	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.562	10	2187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.391	10	530
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	14291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	11412
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	6010
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	6555
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.275	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.693	2.012	6145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.691	2.012	6145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.215	3.61	7711
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.215	3.61	7712
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.156	2.32	6114
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.156	2.32	6115
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.669	4.112	8896
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.668	4.112	8897
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.701	21.667	13857
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.701	21.667	13858
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.061	0.05	25136

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06051	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06051	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.52-1.559	0.291	1014	0.298	18900	0.298	20024	0.926	0.924	99.4507	0.293
1.559-1.602	0.29	893	0.283	18476	0.283	19452	0.933	0.937	99.5733	0.273
1.602-1.649	0.278	903	0.261	17966	0.262	18933	0.942	0.947	99.662	0.247
1.649-1.699	0.261	897	0.239	17524	0.24	18473	0.949	0.957	99.7185	0.22
1.699-1.755	0.237	967	0.221	16834	0.222	17844	0.96	0.966	99.759	0.199
1.755-1.816	0.219	847	0.199	16390	0.2	17266	0.968	0.973	99.832	0.176
1.816-1.885	0.211	817	0.185	15887	0.186	16722	0.972	0.977	99.8924	0.161
1.885-1.962	0.207	822	0.17	15239	0.172	16081	0.973	0.981	99.8756	0.149
1.962-2.049	0.181	747	0.155	14711	0.156	15467	0.979	0.985	99.9418	0.136
2.049-2.149	0.185	675	0.151	14089	0.153	14770	0.979	0.986	99.9594	0.134
2.149-2.265	0.171	709	0.146	13323	0.147	14047	0.982	0.987	99.8932	0.131
2.265-2.402	0.175	674	0.142	12689	0.143	13374	0.981	0.988	99.9178	0.128
2.402-2.567	0.179	640	0.137	11904	0.139	12547	0.981	0.989	99.9761	0.125
2.567-2.772	0.181	557	0.139	11126	0.141	11686	0.98	0.988	99.9743	0.129
2.772-3.036	0.181	567	0.143	10242	0.145	10811	0.98	0.988	99.9815	0.137
3.036-3.393	0.175	542	0.145	9273	0.147	9816	0.982	0.988	99.9898	0.143
3.393-3.915	0.161	467	0.143	8245	0.144	8713	0.984	0.988	99.9885	0.147
3.915-4.787	0.153	370	0.13	7033	0.131	7406	0.985	0.99	99.9595	0.142
4.787-6.74	0.173	320	0.179	5510	0.179	5831	0.985	0.984	99.9828	0.194
6.74-50.445	0.203	165	0.194	3212	0.194	3417	0.978	0.98	98.8294	0.214

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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