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- PDB-7zgz: Crystal structure of beta-xylosidase from Thermotoga maritima in ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zgz | ||||||
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Title | Crystal structure of beta-xylosidase from Thermotoga maritima in complex with methyl-beta-D-xylopyranoside hydrolysed to xylose | ||||||
![]() | Beta-xylosidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Complex Xylobiose Glycosyl hydrolase | ||||||
Function / homology | ![]() xylan 1,4-beta-xylosidase activity / beta-glucosidase / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gloster, T.M. / Foltanyi, F. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Structural and further functional characterisation of a glycoside hydrolase family 3 beta-xylosidase from Thermotoga maritima Authors: Gloster, T.M. / Foltanyi, F. / Hobbs, E.M. / Pritchard, L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 573.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 462.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 51.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 72.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7zb3C ![]() 7zdyC ![]() 7zeqC ![]() 3u4aS ![]() 5jp0S ![]() 5xxlS ![]() 5yotS ![]() 5z9sS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 1 - 780 / Label seq-ID: 1 - 780
NCS ensembles : (Details: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
-
Components
#1: Protein | Mass: 89725.836 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8 Gene: Tmari_0073 / Production host: ![]() ![]() #2: Sugar | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.9 Details: 3% polyethylene glycol 8000, 48% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 175 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 15, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→54.923 Å / Num. obs: 147912 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 67.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Num. unique obs: 7190 / CC1/2: 0.433 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5JP0, 5Z9S, 5YOT, 3U4A, 5XXL Resolution: 1.85→54.923 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.227 / WRfactor Rwork: 0.186 / SU B: 5.818 / SU ML: 0.151 / Average fsc free: 0.749 / Average fsc work: 0.759 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.135 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.489 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→54.923 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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