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- PDB-8c79: Crystal structure of Leishmania donovani 6-Phosphogluconate Dehyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c79
タイトルCrystal structure of Leishmania donovani 6-Phosphogluconate Dehydrogenase complexed with NADPH
要素6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
キーワードOXIDOREDUCTASE / Leishmania donovani / Trypanosoma / pentose phosphate pathway / 6-phosphogluconate dehydrogenase / antioxidant defense / drug target
機能・相同性
機能・相同性情報


D-gluconate metabolic process / phosphogluconate dehydrogenase (NADP+-dependent, decarboxylating) / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / pentose-phosphate shunt / NADP binding
類似検索 - 分子機能
6-phosphogluconate-binding site / 6-phosphogluconate dehydrogenase signature. / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal / 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 ...6-phosphogluconate-binding site / 6-phosphogluconate dehydrogenase signature. / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal / 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / PHOSPHATE ION / 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Fritz-Wolf, K. / Berneburg, I. / Rahlfs, S. / Becker, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
LOEWE Center DRUIDB3/E3 ドイツ
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Structure of Leishmania donovani 6-Phosphogluconate Dehydrogenase and Inhibition by Phosphine Gold(I) Complexes: A Potential Approach to Leishmaniasis Treatment.
著者: Berneburg, I. / Stumpf, M. / Velten, A.S. / Rahlfs, S. / Przyborski, J. / Becker, K. / Fritz-Wolf, K.
履歴
登録2023年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_initial_refinement_model.accession_code / _pdbx_initial_refinement_model.source_name ..._pdbx_initial_refinement_model.accession_code / _pdbx_initial_refinement_model.source_name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
B: 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,4176
ポリマ－103,7362
非ポリマー1,6814
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15040 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area32460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.870, 117.350, 128.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 478 or (resid 501...
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERGLNGLNAA1 - 4781 - 478
d_12NDPNDPNDPNDPAC501
d_13PO4PO4PO4PO4AD502
d_21SERSERGLNGLNBB1 - 4781 - 478
d_22NDPNDPNDPNDPBE501
d_23PO4PO4PO4PO4BF502

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.852514206644, 0.463560220199, 0.241519046288), (0.460927679916, 0.448792557048, 0.7655918721), (0.246505986454, 0.764000761117, -0.596269767517)ベクター: -21. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.852514206644, 0.463560220199, 0.241519046288), (0.460927679916, 0.448792557048, 0.7655918721), (0.246505986454, 0.764000761117, -0.596269767517)
ベクター: -21.4259578523, -2.85030748542, 18.2618164561)

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要素

#1: タンパク質 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating


分子量: 51867.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
遺伝子: gnd / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q18L02
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24% PEG 3000, 40 mM magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→46.1 Å / Num. obs: 18692 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 128.97 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Num. unique obs: 1841 / CC1/2: 0.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1pgj

1pgj


解像度: 3.1→46.07 Å / SU ML: 0.6809 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.9315
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3172 1870 10.01 %
Rwork0.2618 16819 -
obs0.2672 18689 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 126.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→46.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7278 0 87 1 7366
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00217510
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.525510158
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03831104
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00361323
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.92791045
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.932471277095 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.180.45781410.42911260X-RAY DIFFRACTION99.86
3.18-3.280.46521420.36081284X-RAY DIFFRACTION99.79
3.28-3.380.37151400.35411261X-RAY DIFFRACTION99.93
3.38-3.50.39621420.35741276X-RAY DIFFRACTION99.79
3.5-3.640.40761440.3311294X-RAY DIFFRACTION99.72
3.64-3.810.34491410.29041271X-RAY DIFFRACTION99.93
3.81-4.010.30821430.27821282X-RAY DIFFRACTION100
4.01-4.260.32791430.26431292X-RAY DIFFRACTION99.79
4.26-4.590.32551430.24871289X-RAY DIFFRACTION100
4.59-5.050.28611450.25971305X-RAY DIFFRACTION99.66
5.05-5.780.31561450.26471300X-RAY DIFFRACTION99.59
5.78-7.280.31831480.28431333X-RAY DIFFRACTION99.4
7.28-46.070.28181530.2121372X-RAY DIFFRACTION97.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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