PDB-8c74: Pyrrolidine fragment 10d bound to endothiapepsin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c74

タイトル

Pyrrolidine fragment 10d bound to endothiapepsin

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / Fragment / Complex / Screening / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Wiese, J.N. / Buehrmann, M. / Mueller, M.P. / Rauh, D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Fragtory: Pharmacophore-Focused Design, Synthesis, and Evaluation of an sp 3 -Enriched Fragment Library.
著者: Buhrmann, M. / Kallepu, S. / Warmuth, J.D. / Wiese, J.N. / Ehrt, C. / Vatheuer, H. / Hiller, W. / Seitz, C. / Levy, L. / Czodrowski, P. / Sievers, S. / Muller, M.P. / Rauh, D.

履歴

登録	2023年1月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c74.cif.gz	162 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c74.ent.gz	112.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c74.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8c74_validation.pdf.gz	917.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8c74_full_validation.pdf.gz	918.2 KB	表示
XML形式データ	8c74_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	8c74_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/8c74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c7/8c74	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c6pC 8c6qC 8c6sC 8c6tC 8c70C 8c71C 8c72C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.340, 72.820, 52.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.230, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 43278.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-TWX / (3~{R},4~{R})-4-[4-[(4-azanylphenoxy)methyl]-1,2,3-triazol-1-yl]pyrrolidin-3-ol 分子量: 275.306 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₇N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 0.1 M ammonium acetate, 24 - 30 % PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→42.81 Å / Num. obs: 108821 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 6.16 % / B_iso Wilson estimate: 13.07 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 21.39
反射シェル	解像度: 1.15→1.25 Å / Num. unique obs: 20962 / CC_1/2: 0.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.15→42.81 Å / SU ML: 0.0797 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 12.9529
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1479	5441	5 %
R_work	0.1309	103380	-
obs	0.1318	108821	94.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→42.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2378	0	46	524	2948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	2557
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9767	3526
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0827	420
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	447
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.8759	846

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.15-1.16	0.165	122	0.1368	2307	X-RAY DIFFRACTION	63.26
1.16-1.18	0.1644	133	0.1285	2532	X-RAY DIFFRACTION	70.43
1.18-1.19	0.1277	149	0.123	2826	X-RAY DIFFRACTION	77.86
1.19-1.21	0.1224	165	0.1216	3146	X-RAY DIFFRACTION	88.18
1.21-1.22	0.1388	181	0.1184	3430	X-RAY DIFFRACTION	94.09
1.22-1.24	0.1444	181	0.1234	3434	X-RAY DIFFRACTION	95.46
1.24-1.26	0.1381	184	0.1137	3507	X-RAY DIFFRACTION	96.04
1.26-1.28	0.1348	181	0.1088	3452	X-RAY DIFFRACTION	96.37
1.28-1.3	0.1293	185	0.1107	3526	X-RAY DIFFRACTION	96.89
1.3-1.32	0.143	184	0.1145	3485	X-RAY DIFFRACTION	96.83
1.32-1.34	0.1232	186	0.1135	3530	X-RAY DIFFRACTION	96.9
1.34-1.36	0.1482	185	0.1146	3524	X-RAY DIFFRACTION	97.25
1.36-1.39	0.1485	184	0.1033	3494	X-RAY DIFFRACTION	97.35
1.39-1.42	0.1258	186	0.1056	3530	X-RAY DIFFRACTION	97.56
1.42-1.45	0.1438	187	0.1029	3549	X-RAY DIFFRACTION	97.72
1.45-1.48	0.1286	186	0.1056	3530	X-RAY DIFFRACTION	97.79
1.48-1.52	0.1393	187	0.1084	3571	X-RAY DIFFRACTION	98.09
1.52-1.56	0.1291	188	0.1118	3555	X-RAY DIFFRACTION	98.42
1.56-1.61	0.134	189	0.1126	3592	X-RAY DIFFRACTION	98.44
1.61-1.66	0.1384	187	0.118	3556	X-RAY DIFFRACTION	98.4
1.66-1.72	0.1489	189	0.1219	3600	X-RAY DIFFRACTION	99.16
1.72-1.79	0.1512	189	0.1278	3587	X-RAY DIFFRACTION	98.87
1.79-1.87	0.1469	189	0.1317	3585	X-RAY DIFFRACTION	99.08
1.87-1.97	0.1437	192	0.1286	3648	X-RAY DIFFRACTION	99.35
1.97-2.09	0.1304	190	0.1233	3608	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.09-2.25	0.1448	190	0.1244	3622	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.25-2.48	0.1597	192	0.1433	3637	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.48-2.84	0.1659	192	0.1497	3654	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.84-3.57	0.1595	193	0.1468	3670	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.57-42.81	0.1494	195	0.1399	3693	X-RAY DIFFRACTION	99.59

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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