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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8c70 | ||||||
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Title | Pyrrolidine fragment 1 bound to endothiapepsin | ||||||
![]() | Endothiapepsin | ||||||
![]() | HYDROLASE / Fragment / Complex / Screening / Protease | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wiese, J.N. / Buehrmann, M. / Mueller, M.P. / Rauh, D. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Fragtory: Pharmacophore-Focused Design, Synthesis, and Evaluation of an sp 3 -Enriched Fragment Library. Authors: Buhrmann, M. / Kallepu, S. / Warmuth, J.D. / Wiese, J.N. / Ehrt, C. / Vatheuer, H. / Hiller, W. / Seitz, C. / Levy, L. / Czodrowski, P. / Sievers, S. / Muller, M.P. / Rauh, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 104.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 64.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 715.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 715.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 18.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8c6pC ![]() 8c6qC ![]() 8c6sC ![]() 8c6tC ![]() 8c71C ![]() 8c72C ![]() 8c74C C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 43278.664 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() References: UniProt: P11838, endothiapepsin |
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#2: Chemical | ChemComp-TVI / ( |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.96 Å3/Da / Density % sol: 37.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 0.1 M ammonium acetate, 24 - 30 % PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 28, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9188 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→35.27 Å / Num. obs: 78771 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 3.46 % / Biso Wilson estimate: 21.23 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 12.33 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.75 Å / Num. unique obs: 12722 / CC1/2: 0.69 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.89 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→35.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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