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- PDB-8c6w: PBP AccA from A. tumefaciens Bo542 in apoform 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c6w
タイトルPBP AccA from A. tumefaciens Bo542 in apoform 1
要素Agrocinopine utilization periplasmic binding protein AccA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Periplasmic binding protein / solute binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptide transport / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
類似検索 - ドメイン・相同性
Agrocinopine utilization periplasmic binding protein AccA
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Morera, S. / Vigouroux, A. / Legrand, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2024
タイトル: A highly conserved ligand-binding site for AccA transporters of antibiotic and quorum-sensing regulator in Agrobacterium leads to a different specificity.
著者: Morera, S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Ahmar, M. / Meyer, T. / El Sahili, A. / Deicsics, G. / Gonzalez-Mula, A. / Li, S. / Dore, J. / Sirigu, S. / Legrand, P. / Penot, C. / Andre, ...著者: Morera, S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Ahmar, M. / Meyer, T. / El Sahili, A. / Deicsics, G. / Gonzalez-Mula, A. / Li, S. / Dore, J. / Sirigu, S. / Legrand, P. / Penot, C. / Andre, F. / Faure, D. / Soulere, L. / Queneau, Y. / Vial, L.
履歴
登録2023年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Agrocinopine utilization periplasmic binding protein AccA
B: Agrocinopine utilization periplasmic binding protein AccA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5882
ポリマ－112,5882
非ポリマー00
水3,045169
1
A: Agrocinopine utilization periplasmic binding protein AccA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2941
ポリマ－56,2941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Agrocinopine utilization periplasmic binding protein AccA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2941
ポリマ－56,2941
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.723, 100.568, 116.016
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Agrocinopine utilization periplasmic binding protein AccA


分子量: 56293.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: Bo542 / 遺伝子: accA, AgrTiChry5_232
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2P0QK24
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 4000, Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49 Å / Num. obs: 27072 / % possible obs: 85.7 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.343 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Rmerge(I) obs: 1.622 / Num. unique obs: 1963 / CC1/2: 0.678

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→49.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.451
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2654 1159 -RANDOM
Rwork0.2276 ---
obs0.2295 23246 85.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.8009 Å20 Å20 Å2
2---5.435 Å20 Å2
3----1.3658 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7806 0 0 169 7975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0058010HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.7610882HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2734SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1358HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8010HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1028SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6361SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.37
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.58
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4169 18 -
Rwork0.3126 --
obs0.3167 465 25.16 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9106-0.2212-0.19521.9130.38091.55840.0361-0.02780.0219-0.0278-0.0482-0.06610.0219-0.06610.0121-0.0113-0.0344-0.0411-0.1550.0343-0.0523-6.052918.5439-31.0745
20.95080.43890.41922.57360.59651.9213-0.00190.0077-0.06860.0077-0.0158-0.0408-0.0686-0.04080.0177-0.07890.03660.0681-0.1720.0411-0.0557-5.920436.6211-84.9593
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A31 - 521
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B31 - 521

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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