PDB-8c6s: Fragment screening hit III bound to endothiapepsin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c6s

タイトル

Fragment screening hit III bound to endothiapepsin

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / Fragment / Complex / Screening / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Wiese, J.N. / Buehrmann, M. / Mueller, M.P. / Rauh, D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Fragtory: Pharmacophore-Focused Design, Synthesis, and Evaluation of an sp 3 -Enriched Fragment Library.
著者: Buhrmann, M. / Kallepu, S. / Warmuth, J.D. / Wiese, J.N. / Ehrt, C. / Vatheuer, H. / Hiller, W. / Seitz, C. / Levy, L. / Czodrowski, P. / Sievers, S. / Muller, M.P. / Rauh, D.

履歴

登録	2023年1月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c6s.cif.gz	162.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c6s.ent.gz	112.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c6s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8c6s_validation.pdf.gz	865.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8c6s_full_validation.pdf.gz	866.5 KB	表示
XML形式データ	8c6s_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	8c6s_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/8c6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/8c6s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c6pC 8c6qC 8c6tC 8c70C 8c71C 8c72C 8c74C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

43.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.390, 73.420, 53.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.020, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 43278.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-TUU / 4-(1,4-diazepan-1-ylsulfonyl)isoquinoline 分子量: 291.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₇N₃O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 0.1 M ammonium acetate, 24 - 30 % PEG4000; microseeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→36.88 Å / Num. obs: 124155 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.18 % / B_iso Wilson estimate: 11.71 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 12.44
反射シェル	解像度: 1.1→1.2 Å / Num. unique obs: 124155 / CC_1/2: 0.095

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.1→36.88 Å / SU ML: 0.0805 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 12.5149
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1488	6208	5 %
R_work	0.1348	117947	-
obs	0.1355	124155	93.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→36.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2379	0	26	494	2899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	2553
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0012	3531
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0837	425
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0072	447
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.0544	855

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.11	0.171	130	0.142	2471	X-RAY DIFFRACTION	58.5
1.11-1.13	0.1468	144	0.1324	2735	X-RAY DIFFRACTION	65.67
1.13-1.14	0.163	158	0.1201	3010	X-RAY DIFFRACTION	71.58
1.14-1.15	0.1327	183	0.1226	3474	X-RAY DIFFRACTION	83.46
1.15-1.17	0.1297	200	0.1133	3806	X-RAY DIFFRACTION	91.42
1.17-1.18	0.1212	206	0.1156	3912	X-RAY DIFFRACTION	92.54
1.18-1.2	0.1374	205	0.1155	3894	X-RAY DIFFRACTION	93.8
1.2-1.22	0.1374	210	0.1177	3996	X-RAY DIFFRACTION	95.27
1.22-1.24	0.1533	211	0.1203	4006	X-RAY DIFFRACTION	95.58
1.24-1.26	0.1457	212	0.1148	4014	X-RAY DIFFRACTION	95.87
1.26-1.28	0.1542	209	0.1183	3987	X-RAY DIFFRACTION	95.84
1.28-1.3	0.1603	213	0.1208	4045	X-RAY DIFFRACTION	96.44
1.3-1.33	0.1325	213	0.1156	4036	X-RAY DIFFRACTION	96.07
1.33-1.36	0.1359	213	0.121	4058	X-RAY DIFFRACTION	96.87
1.36-1.39	0.142	213	0.1145	4040	X-RAY DIFFRACTION	96.86
1.39-1.42	0.1364	217	0.1153	4122	X-RAY DIFFRACTION	97.4
1.42-1.45	0.1402	213	0.1199	4050	X-RAY DIFFRACTION	97.66
1.45-1.49	0.1422	216	0.1198	4108	X-RAY DIFFRACTION	97.94
1.49-1.54	0.1376	218	0.118	4137	X-RAY DIFFRACTION	98.28
1.54-1.59	0.1152	216	0.1155	4107	X-RAY DIFFRACTION	98.47
1.59-1.64	0.1442	218	0.1214	4141	X-RAY DIFFRACTION	98.69
1.64-1.71	0.1491	219	0.1266	4164	X-RAY DIFFRACTION	98.78
1.71-1.79	0.1486	218	0.1345	4146	X-RAY DIFFRACTION	98.98
1.79-1.88	0.127	220	0.1365	4180	X-RAY DIFFRACTION	99.23
1.88-2	0.1439	220	0.1309	4164	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2-2.15	0.1375	221	0.1305	4215	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.15-2.37	0.1527	222	0.141	4205	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.37-2.71	0.1643	222	0.153	4217	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.71-3.42	0.1714	222	0.152	4218	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.42-36.88	0.1529	226	0.1446	4289	X-RAY DIFFRACTION	99.73

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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