PDB-8c6q: Fragment screening hit II bound to endothiapepsin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c6q

タイトル

Fragment screening hit II bound to endothiapepsin

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / Fragment / Complex / Screening / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Wiese, J.N. / Buehrmann, M. / Mueller, M.P. / Rauh, D.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Fragtory: Pharmacophore-Focused Design, Synthesis, and Evaluation of an sp 3 -Enriched Fragment Library.
著者: Buhrmann, M. / Kallepu, S. / Warmuth, J.D. / Wiese, J.N. / Ehrt, C. / Vatheuer, H. / Hiller, W. / Seitz, C. / Levy, L. / Czodrowski, P. / Sievers, S. / Muller, M.P. / Rauh, D.

履歴

登録	2023年1月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c6q.cif.gz	184 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c6q.ent.gz	119.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c6q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8c6q_validation.pdf.gz	704.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8c6q_full_validation.pdf.gz	704.3 KB	表示
XML形式データ	8c6q_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	8c6q_validation.cif.gz	28.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/8c6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/8c6q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8c6pC 8c6sC 8c6tC 8c70C 8c71C 8c72C 8c74C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

43.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.400, 73.330, 52.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.940, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 43278.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-TU5 / 3-(4-methylimidazol-1-yl)-5-(trifluoromethyl)aniline / 3-(4-メチル-1H-イミダゾ-ル-1-イル)-5-(トリフルオロメチル)アニリン分子量: 241.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₀F₃N₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 0.1 M ammonium acetate, 24 - 30 % PEG4000; microseeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9188 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9188 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→41.21 Å / Num. obs: 89129 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.57 % / B_iso Wilson estimate: 13.84 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 17.82
反射シェル	解像度: 1.25→1.35 Å / Num. unique obs: 89129 / CC_1/2: 0.78

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.25→41.21 Å / SU ML: 0.1089 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 13.4471
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1472	4457	5 %
R_work	0.1252	84672	-
obs	0.1263	89129	98.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→41.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2385	0	23	458	2866

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0094	2580
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.061	3571
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0932	428
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0084	454
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.6716	392

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.25-1.26	0.2893	123	0.2249	2339	X-RAY DIFFRACTION	81.15
1.26-1.28	0.2487	131	0.2137	2481	X-RAY DIFFRACTION	89.09
1.28-1.29	0.2232	150	0.199	2848	X-RAY DIFFRACTION	98.98
1.29-1.31	0.201	149	0.1713	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
1.31-1.33	0.1963	149	0.1603	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
1.33-1.35	0.2049	150	0.1535	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
1.35-1.37	0.1554	148	0.1381	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
1.37-1.39	0.1973	151	0.1339	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
1.39-1.41	0.1744	148	0.1287	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.43	0.1728	151	0.132	2863	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.43-1.46	0.1606	150	0.1264	2841	X-RAY DIFFRACTION	100
1.46-1.48	0.1674	148	0.1177	2825	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.48-1.51	0.1543	151	0.1181	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.54	0.1707	149	0.1139	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.57	0.1348	151	0.1056	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.61	0.1393	149	0.1	2832	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.61-1.65	0.1521	149	0.101	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.7	0.1325	151	0.0971	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.75	0.1315	150	0.1001	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.8	0.1165	149	0.1041	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.87	0.1275	149	0.1117	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.94	0.1367	151	0.1083	2861	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.94-2.03	0.1327	150	0.1061	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.14	0.1415	151	0.1081	2870	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.14-2.27	0.1283	152	0.1139	2877	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.27-2.45	0.1553	149	0.1252	2837	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.45-2.69	0.1533	151	0.1332	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-3.08	0.1448	151	0.1375	2863	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.08-3.88	0.1512	152	0.1349	2884	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.88-41.21	0.1304	154	0.1311	2924	X-RAY DIFFRACTION	99.9

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)