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- PDB-8c68: CRYSTAL STRUCTURE OF ODORANT BINDING PROTEIN 4 FROM ANOPHELES GAM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c68
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ODORANT BINDING PROTEIN 4 FROM ANOPHELES GAMBIAE (AGAMOBP4) AT PH 4.6
要素AGAP010489-PA
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Odorant Binding Protein (OBP) / mosquito / olfaction
機能・相同性
機能・相同性情報


dibutyl phthalate binding / olfactory behavior / odorant binding / sensory perception of smell / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / AGAP010489-PA
類似検索 - 構成要素
生物種Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Tsitsanou, K.E. / Drakou, C.E. / Zographos, S.E.
資金援助 ギリシャ, 2件
組織認可番号国
Other governmentT1EDK-00996 ギリシャ
Other governmentMIS5000432 ギリシャ
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Influence of pH on indole-dependent heterodimeric interactions between Anopheles gambiae odorant-binding proteins OBP1 and OBP4.
著者: Mam, B. / Tsitsanou, K.E. / Liggri, P.G.V. / Saitta, F. / Stamati, E.C.V. / Mahita, J. / Leonis, G. / Drakou, C.E. / Papadopoulos, M. / Arnaud, P. / Offmann, B. / Fessas, D. / Sowdhamini, R. / Zographos, S.E.
履歴
登録2023年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32024年2月14日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AGAP010489-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5147
ポリマ－14,0491
非ポリマー4656
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area6990 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)51.800, 51.800, 87.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 AGAP010489-PA / Odorant binding protein / Odorant-binding protein AgamOBP4 / Odorant-binding protein antennal 4


分子量: 14048.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
遺伝子: OBP-4, 1275228, AgamOBP4, OBP4, AgaP_AGAP010489, agCG48601
プラスミド: PET-22B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMIB(DE3) / 参照: UniProt: Q8T6R7
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 / 詳細: 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03796 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月13日 / 詳細: MULTILAYER MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→44.86 Å / Num. obs: 8929 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique obs: 1270 / CC1/2: 0.942 / Rpim(I) all: 0.13 / Rrim(I) all: 0.384 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
SCALAデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N88

3n88
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.05→44.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 8.67 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 421 4.7 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 8889 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20.38 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→44.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数907 0 27 66 1000
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221045
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2232.0011419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4595137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.56725.64139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.48215202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.489152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021791
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5491.5664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.03821077
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8263381
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8964.5342
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 37 -
Rwork0.181 581 -
obs--99.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
129.9404-2.32992.68918.5752-4.469416.3816-0.09160.8653-0.8623-0.86920.42822.2187-0.2935-0.7045-0.33660.0732-0.0137-0.25050.03920.07040.686111.5121-7.713822.1641
20.86740.4653-0.24412.71160.73912.5212-0.03590.01430.0575-0.06680.08090.0449-0.14610.037-0.0450.08080.0034-0.02490.0931-0.00830.11924.7557-5.517521.6773
33.0253-0.03230.8952.29330.21133.17360.03340.01860.04560.0084-0.00710.01020.13450.0127-0.02630.1134-0.04030.02380.116-0.01270.119717.6631-19.922713.4541
45.1303-0.3423.43010.13170.81015.71620.08320.1294-0.07610.03470.0482-0.03230.32520.1277-0.13140.1435-0.02160.00790.1337-0.01940.092927.2843-19.67888.3181
52.3135-0.2770.46952.9054-0.29133.8459-0.05240.14040.0332-0.03120.11420.0061-0.07790.302-0.06180.0882-0.01020.00260.1276-0.01420.111929.2984-13.388214.8598
64.8615-2.5596-8.9722-4.66414.224617.87990.23210.49030.3097-0.1296-0.61340.0602-1.6625-0.90470.38140.4682-0.0184-0.3580.12660.03260.398218.1992-8.705710.5312
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2A17 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3A55 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4A84 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5A101 - 118
6X-RAY DIFFRACTION6A119 - 125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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