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万見
- PDB-8c5w: Crystal Structure of Penicillin-binding Protein 3 (PBP3) from Sta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c5w
タイトルCrystal Structure of Penicillin-binding Protein 3 (PBP3) from Staphylococcus Epidermidis in complex with Cefotaxime
要素Penicillin-binding protein 3
キーワードPENICILLIN-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
CEFOTAXIME, C3' cleaved, open, bound form / Penicillin-binding protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Schwinzer, M. / Brognaro, H. / Rohde, H. / Betzel, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Int J Appl Biol Pharm / 年: 2023
タイトル: Structure and Dynamics of the Penicillin-Binding Protein 3 from Staphylococcus Epidermidis Native and in Complex with Cefotaxime and Vaborbactam
著者: Schwinzer, M. / Brognaro, H. / Rohde, H. / Betzel, C.
履歴
登録2023年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3292
ポリマ－74,9321
非ポリマー3971
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area30390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.061, 83.061, 308.864
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 3


分子量: 74932.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (strain ATCC 35984 / RP62A) (表皮ブドウ球菌)
遺伝子: pbp3, SERP1117 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5HNZ7
#2: 化合物 ChemComp-CEF / CEFOTAXIME, C3' cleaved, open, bound form


分子量: 397.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15N5O5S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.4 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate + Cefotaxime

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.236 Å / Num. obs: 70884 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 90.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 0.99
反射 シェル解像度: 2.5→2.512 Å / Num. unique obs: 11304 / CC1/2: 0.956

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→46.75 Å / SU ML: 0.5099 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.0848
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2532 3542 5.49 %
Rwork0.2313 60948 -
obs0.2325 64490 90.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 100.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→46.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4944 0 26 5 4975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01815049
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.64056809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0705751
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0168891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8756691
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.540.388230.4208437X-RAY DIFFRACTION16.35
2.54-2.580.4647610.3951145X-RAY DIFFRACTION42.38
2.58-2.610.396990.39331730X-RAY DIFFRACTION64.63
2.61-2.660.37181040.37431833X-RAY DIFFRACTION68.54
2.66-2.70.41011340.37672331X-RAY DIFFRACTION87.19
2.7-2.750.33641530.38352606X-RAY DIFFRACTION96.91
2.75-2.80.35861540.37952675X-RAY DIFFRACTION99.3
2.8-2.850.45851520.4262685X-RAY DIFFRACTION99.89
2.85-2.910.42451560.41062660X-RAY DIFFRACTION99.82
2.91-2.970.46281560.38712674X-RAY DIFFRACTION99.96
2.97-3.040.44591560.3762648X-RAY DIFFRACTION99.86
3.04-3.120.37671620.34072700X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.20.37081580.31532701X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.290.29661600.29492658X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.40.31181550.29432664X-RAY DIFFRACTION99.96
3.4-3.520.33361540.23862688X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.660.26511500.22452685X-RAY DIFFRACTION100
3.66-3.830.23881620.20922672X-RAY DIFFRACTION100
3.83-4.030.26421590.20862684X-RAY DIFFRACTION99.96
4.03-4.280.22911530.19742670X-RAY DIFFRACTION99.93
4.28-4.610.22621530.19912723X-RAY DIFFRACTION99.93
4.61-5.080.20821600.20262643X-RAY DIFFRACTION99.79
5.08-5.810.25261570.21282687X-RAY DIFFRACTION100
5.81-7.320.26141550.22732675X-RAY DIFFRACTION100
7.32-46.750.16451560.18022674X-RAY DIFFRACTION99.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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