[日本語] English
万見
- PDB-8c5n: Sub-atomic resolution structure of the chitin-binding protein D (... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c5n
タイトルSub-atomic resolution structure of the chitin-binding protein D (CbpD) from Pseudomonas aeruginosa
要素Chitin-binding protein CbpD
キーワードOXIDOREDUCTASE / monooxygenase / LPMO / chitin-binding / histidine brace motif / polysaccharide / Pseudomonas aeruginosa / apo enzyme
機能・相同性N-acetylglucosamine binding protein A domain 2 / N-acetylglucosamine binding protein domain 2 / : / Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / chitin binding / Immunoglobulin E-set / extracellular region / Chitin-binding protein CbpD
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.75 Å
データ登録者Cordara, G. / Krengel, U. / Golten, O. / Vaaje-Kolstad, G. / Vinther Soerensen, H.
資金援助 ノルウェー, 3件
組織認可番号国
Norwegian Research Council326272 ノルウェー
Norwegian Research Council272201 ノルウェー
Norwegian Research Council245828 ノルウェー
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Immunization with lytic polysaccharide monooxygenase CbpD induces protective immunity against Pseudomonas aeruginosa pneumonia.
著者: Askarian, F. / Tsai, C.M. / Cordara, G. / Zurich, R.H. / Bjanes, E. / Golten, O. / Vinther Sorensen, H. / Kousha, A. / Meier, A. / Chikwati, E. / Bruun, J.A. / Ludviksen, J.A. / Choudhury, B. ...著者: Askarian, F. / Tsai, C.M. / Cordara, G. / Zurich, R.H. / Bjanes, E. / Golten, O. / Vinther Sorensen, H. / Kousha, A. / Meier, A. / Chikwati, E. / Bruun, J.A. / Ludviksen, J.A. / Choudhury, B. / Trieu, D. / Davis, S. / Edvardsen, P.K.T. / Mollnes, T.E. / Liu, G.Y. / Krengel, U. / Conrad, D.J. / Vaaje-Kolstad, G. / Nizet, V.
履歴
登録2023年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chitin-binding protein CbpD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9732
ポリマ－20,9371
非ポリマー351
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.600, 54.560, 47.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.246, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Chitin-binding protein CbpD


分子量: 20937.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: cpbD, PA14_53250 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / Variant (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q02I11
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 % / 解説: large prism
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 150 mM NaCl, 15 mM Tris-HCl pH 7.5, 0.2 M ammonium chloride, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.65255 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月4日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez (KB) mirror pair (VFM, HFM)
放射モノクロメーター: At 26 m, Si (111), double crystal monochromator, horizontally deflecting, LN2 side-cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.65255 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.75→47.4 Å / Num. obs: 198464 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 19.9 % / Biso Wilson estimate: 6.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 0.75→0.76 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 7613 / CC1/2: 0.3 / Χ2: 0.73 / % possible all: 76

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBE3データ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
SHELXL2018/3精密化
PHENIX1.20.1精密化
Coot0.9.8.6モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.75→47.357 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.253 / SU ML: 0.008 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.012 / ESU R Free: 0.012
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1634 9879 5.026 %
Rwork0.1537 186693 -
all0.154 --
obs-196572 96 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 10.591 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.031 Å2-0 Å20.007 Å2
2--0.026 Å20 Å2
3---0.003 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.75→47.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1412 0 1 161 1574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0121679
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.017665
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0721.6532323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6891.5141531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0235233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.17256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.69210250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg18.1881072
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.02110
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.270.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2120.2541
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2190.2876
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.1060.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3460.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2050.219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.160.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.150.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1240.811866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.961.259862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5621.4681121
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2771.6971118
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5740.967813
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.661.53813
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9231.7071202
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8991.9581202
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it2.4649.7132075
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other2.28310.5792042
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.67331679
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
0.75-0.7690.3295820.331104220.3311508572.94660.332
0.769-0.7910.3195820.305118140.3061471384.2520.303
0.791-0.8130.2736560.276124100.2761431791.26210.266
0.813-0.8380.2626700.249127530.2491386296.83310.232
0.838-0.8660.2126470.217128590.2161351599.93340.196
0.866-0.8960.1816450.19124060.189130511000.166
0.896-0.930.1676630.163119160.1631258299.97620.142
0.93-0.9680.1515550.144115550.1441211399.97520.124
0.968-1.0110.1395650.129110590.1291162899.96560.113
1.011-1.0610.1335900.116105030.1171110599.89190.104
1.061-1.1180.1145470.103100170.1041057399.91490.097
1.118-1.1860.1215030.10395000.104100031000.099
1.186-1.2670.134870.11189620.112945799.91540.109
1.267-1.3690.1384580.12483130.125877299.98860.123
1.369-1.4990.1454340.12776110.12880451000.13
1.499-1.6760.1383470.12769550.12873021000.134
1.676-1.9350.1563120.14661370.147645599.9070.16
1.935-2.3690.1783050.16551830.166548999.98180.189
2.369-3.3460.1852100.18140320.181424399.97640.218
3.346-47.3570.1811200.18222700.182239599.79120.255

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る