PDB-8c5n: Sub-atomic resolution structure of the chitin-binding protein D (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c5n

タイトル

Sub-atomic resolution structure of the chitin-binding protein D (CbpD) from Pseudomonas aeruginosa

要素

Chitin-binding protein CbpD

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

monooxygenase / LPMO / chitin-binding / histidine brace motif /

polysaccharide (多糖) /

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / apo enzyme

機能・相同性

N-acetylglucosamine binding protein A domain 2 / N-acetylglucosamine binding protein domain 2 / Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading /

chitin binding / Immunoglobulin E-set / extracellular region / Chitin-binding protein CbpD

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.75 Å

データ登録者

Cordara, G. / Krengel, U. / Golten, O. / Vaaje-Kolstad, G. / Vinther Soerensen, H.

資金援助

ノルウェー, 3件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Immunization with lytic polysaccharide monooxygenase CbpD induces protective immunity against Pseudomonas aeruginosa pneumonia.
著者: Askarian, F. / Tsai, C.M. / Cordara, G. / Zurich, R.H. / Bjanes, E. / Golten, O. / Vinther Sorensen, H. / Kousha, A. / Meier, A. / Chikwati, E. / Bruun, J.A. / Ludviksen, J.A. / Choudhury, B. ...

履歴

登録	2023年1月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c5n.cif.gz	139.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c5n.ent.gz	87.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c5n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/8c5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/8c5n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7sqx
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	SASBDB: SASDK42associated SAS data, synchrotron-collected SAXS data of the full-length CbpD SASBDB: SASDJQ5associated SAS data, home-source SAXS data of the full-length CbpD 297 K SASBDB: SASDJR5associated SAS data, home-source SAXS data of the full-length CbpD 310 K

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitin-binding protein CbpD

ヘテロ分子

21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.600, 54.560, 47.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.246, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Chitin-binding protein CbpD 分子量: 20937.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PA14 (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: cpbD, PA14_53250 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / Variant (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q02I11
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.9 % / 解説: large prism
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 150 mM NaCl, 15 mM Tris-HCl pH 7.5, 0.2 M ammonium chloride, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.65255 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月4日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez (KB) mirror pair (VFM, HFM)
放射	モノクロメーター: At 26 m, Si (111), double crystal monochromator, horizontally deflecting, LN2 side-cooling プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.65255 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.75→47.4 Å / Num. obs: 198464 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 19.9 % / B_iso Wilson estimate: 6.9 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.012 / R_rim(I) all: 0.056 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 0.75→0.76 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 7613 / CC_1/2: 0.3 / Χ²: 0.73 / % possible all: 76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE	3	データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
SHELXL	2018/3	精密化
PHENIX	1.20.1	精密化
Coot	0.9.8.6	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 0.75→47.357 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / SU B: 0.253 / SU ML: 0.008 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.012 / ESU R Free: 0.012
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1634	9879	5.026 %
R_work	0.1537	186693	-
all	0.154	-	-
obs	-	196572	96 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.591 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.031 Å²	-0 Å²	0.007 Å²
2-	-	0.026 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.75→47.357 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1412	0	1	161	1574

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.017	665
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.072	1.653	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.689	1.514	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.023	5	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	19.172	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.692	10	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.188	10	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.019	0.02	110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.27	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	541
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.219	0.2	876
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.106	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.346	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.205	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.16	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.124	0.811	866
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.96	1.259	862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.562	1.468	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.277	1.697	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.574	0.967	813
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.66	1.53	813
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.923	1.707	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.899	1.958	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.464	9.713	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.283	10.579	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.673	3	1679

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
0.75-0.769	0.329	582	0.331	10422	0.331	15085	72.9466	0.332
0.769-0.791	0.319	582	0.305	11814	0.306	14713	84.252	0.303
0.791-0.813	0.273	656	0.276	12410	0.276	14317	91.2621	0.266
0.813-0.838	0.262	670	0.249	12753	0.249	13862	96.8331	0.232
0.838-0.866	0.212	647	0.217	12859	0.216	13515	99.9334	0.196
0.866-0.896	0.181	645	0.19	12406	0.189	13051	100	0.166
0.896-0.93	0.167	663	0.163	11916	0.163	12582	99.9762	0.142
0.93-0.968	0.151	555	0.144	11555	0.144	12113	99.9752	0.124
0.968-1.011	0.139	565	0.129	11059	0.129	11628	99.9656	0.113
1.011-1.061	0.133	590	0.116	10503	0.117	11105	99.8919	0.104
1.061-1.118	0.114	547	0.103	10017	0.104	10573	99.9149	0.097
1.118-1.186	0.121	503	0.103	9500	0.104	10003	100	0.099
1.186-1.267	0.13	487	0.111	8962	0.112	9457	99.9154	0.109
1.267-1.369	0.138	458	0.124	8313	0.125	8772	99.9886	0.123
1.369-1.499	0.145	434	0.127	7611	0.128	8045	100	0.13
1.499-1.676	0.138	347	0.127	6955	0.128	7302	100	0.134
1.676-1.935	0.156	312	0.146	6137	0.147	6455	99.907	0.16
1.935-2.369	0.178	305	0.165	5183	0.166	5489	99.9818	0.189
2.369-3.346	0.185	210	0.181	4032	0.181	4243	99.9764	0.218
3.346-47.357	0.181	120	0.182	2270	0.182	2395	99.7912	0.255

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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