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万見
- PDB-7sqx: Crystal Structure of Pseudomonas aeruginosa lytic polysaccharide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sqx
タイトルCrystal Structure of Pseudomonas aeruginosa lytic polysaccharide monooxygenase CbpD
要素Chitin-binding protein CbpD
キーワードOXIDOREDUCTASE / LPMO virulence factor / Type II secretion
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport by the Sec complex / protein secretion by the type II secretion system / chitin binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2150 / N-acetylglucosamine binding protein A domain 2 / N-acetylglucosamine binding protein domain 2 / chitin-binding protein cbp21 / : / Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Immunoglobulin E-set ...Alpha-Beta Plaits - #2150 / N-acetylglucosamine binding protein A domain 2 / N-acetylglucosamine binding protein domain 2 / chitin-binding protein cbp21 / : / Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Immunoglobulin E-set / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Chitin-binding protein CbpD
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Dade, C. / Douzi, B. / Ball, G. / Voulhoux, R. / Forest, K.T.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
United States Department of Agriculture (USDA)WIS03052 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-14-CE09-0027-01 フランス
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: The crystal structure of CbpD clarifies substrate-specificity motifs in chitin-active lytic polysaccharide monooxygenases.
著者: Dade, C.M. / Douzi, B. / Cambillau, C. / Ball, G. / Voulhoux, R. / Forest, K.T.
履歴
登録2021年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_related_exp_data_set
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitin-binding protein CbpD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7134
ポリマ－40,6591
非ポリマー543
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Chitin-binding protein CbpD
ヘテロ分子

A: Chitin-binding protein CbpD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,4268
ポリマ－81,3182
非ポリマー1086
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_655-x+y+1,y,-z+1/31
Buried area2190 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area25950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.770, 85.770, 90.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Space group name HallP312(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: -y,-x,-z+2/3
#5: -x+y,y,-z+1/3
#6: x,x-y,-z

-
要素

#1: タンパク質 Chitin-binding protein CbpD / Protease LasD


分子量: 40658.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: cbpD, lasD, PA0852 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I589
#2: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 mM di-ammonium tartrate, 20% (w/v) PEG 3350, 20mM Tris, 100mM NaCl, pH 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.0087 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0087 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→42.885 Å / Num. obs: 8655 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 71.9 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 11.87
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 642 / CC1/2: 0.568 / R split: 1.543 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XSCALEJuly 4, 2012データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ab initio model

解像度: 3→38.78 Å / SU ML: 0.447 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.9658
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2487 781 9.98 %
Rwork0.2097 7041 -
obs0.2135 7822 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→38.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2215 0 3 5 2223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00262274
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57213106
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7032797
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.190.39591300.3511157X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.430.34451260.28131167X-RAY DIFFRACTION99.92
3.43-3.780.27841280.24711165X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.320.22811310.19831169X-RAY DIFFRACTION100
4.33-5.450.21331350.17851173X-RAY DIFFRACTION100
5.45-38.780.21731310.17421210X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.1560337411 Å / Origin y: 5.89597124962 Å / Origin z: -11.8632720435 Å
111213212223313233
T0.625829208046 Å2-0.147858408335 Å20.0796427400456 Å2-0.564557334544 Å2-0.142865951108 Å2--0.677014233255 Å2
L0.993179127843 °20.235429030204 °21.1043817759 °2-1.57400842648 °2-1.28307331698 °2--4.20856083261 °2
S-0.0229436525338 Å °0.168390399471 Å °-0.168587995467 Å °-0.506461875614 Å °0.157539656515 Å °0.0553131399913 Å °0.823177757343 Å °-0.146068519439 Å °-0.139882278413 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 1 through 296)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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