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万見
- PDB-8c5j: Spatial structure of Lch-alpha peptide from two-component lantibi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c5j
タイトルSpatial structure of Lch-alpha peptide from two-component lantibiotic system Lichenicidin VK21
要素Lantibiotic lichenicidin VK21 A1
キーワードANTIBIOTIC (抗生物質) / LICHENICIDIN VK21 / LANTIBIOTICS / LCHA / LANTHIONINE (ランチオニン) / THIOESTER (チオエステル) / TWO-COMPONENT LANTIBIOTIC SYSTEM
機能・相同性Lantibiotic alpha component / Lantibiotic alpha / cytolysis / defense response to Gram-positive bacterium / signaling receptor binding / extracellular space / Lantibiotic lichenicidin VK21 A1
機能・相同性情報
生物種Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Mineev, K.S. / Paramonov, A.S. / Arseniev, A.S. / Ovchinnikova, T.V. / Shenkarev, Z.O.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation19-74-30014 ロシア
引用
ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Specific Binding of the alpha-Component of the Lantibiotic Lichenicidin to the Peptidoglycan Precursor Lipid II Predetermines Its Antimicrobial Activity.
著者: Panina, I.S. / Balandin, S.V. / Tsarev, A.V. / Chugunov, A.O. / Tagaev, A.A. / Finkina, E.I. / Antoshina, D.V. / Sheremeteva, E.V. / Paramonov, A.S. / Rickmeyer, J. / Bierbaum, G. / Efremov, ...著者: Panina, I.S. / Balandin, S.V. / Tsarev, A.V. / Chugunov, A.O. / Tagaev, A.A. / Finkina, E.I. / Antoshina, D.V. / Sheremeteva, E.V. / Paramonov, A.S. / Rickmeyer, J. / Bierbaum, G. / Efremov, R.G. / Shenkarev, Z.O. / Ovchinnikova, T.V.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Isolation, structure elucidation, and synergistic antibacterial activity of a novel two-component lantibiotic lichenicidin from Bacillus licheniformis VK21.
著者: Shenkarev, Z.O. / Finkina, E.I. / Nurmukhamedova, E.K. / Balandin, S.V. / Mineev, K.S. / Nadezhdin, K.D. / Yakimenko, Z.A. / Tagaev, A.A. / Temirov, Y.V. / Arseniev, A.S. / Ovchinnikova, T.V.
履歴
登録2023年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2023年3月22日ID: 2KTN
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lantibiotic lichenicidin VK21 A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2621
ポリマ－3,2621
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Lantibiotic lichenicidin VK21 A1 / LchA1


分子量: 3261.921 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: LICHENICIDIN VK21 IS A TETRACYCLIC PEPTIDE. THIOETHER BONDS WITH CYSTEINE RESULT IN FOUR RINGS CROSSLINK 3-7 BETA-METHYLLANTHIONINE (DBB-CYS) CROSSLINK 11-21 LANTHIONINE (DAL-CYS) CROSSLINK ...詳細: LICHENICIDIN VK21 IS A TETRACYCLIC PEPTIDE. THIOETHER BONDS WITH CYSTEINE RESULT IN FOUR RINGS CROSSLINK 3-7 BETA-METHYLLANTHIONINE (DBB-CYS) CROSSLINK 11-21 LANTHIONINE (DAL-CYS) CROSSLINK 22-27 BETA-METHYLLANTHIONINE (DBB-CYS) CROSSLINK 24-31 BETA-METHYLLANTHIONINE (DBB-CYS
由来: (天然) Bacillus licheniformis (バクテリア) / 株: VK21 / 参照: UniProt: P86475
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
121isotropic12D 1H-1H COSY
131isotropic12D 1H-1H TOCSY
141isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.5 mM LCHA-1, methanol / Label: lhcdA / 溶媒系: methanol
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: LCHA-1 / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態イオン強度: 0 mM / Ionic strength err: 0 / Label: cond_1 / pH: 3.5 / PH err: 0.1 / 圧: AMBIENT bar / Pressure err: 0.01 / 温度: 300 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CARA1.5Keller and Wuthrichデータ解析
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARA1.5Keller and Wuthrichchemical shift assignment
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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