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万見
- PDB-8c5i: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 variant - Q86R,H305K... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c5i
タイトルCyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 variant - Q86R,H305K,H308K,H323K
要素Cyanide dihydratase
キーワードHYDROLASE / Helical / homo-oligomeric / cyanide dihydratase
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrilase activity / detoxification of nitrogen compound / nitrile hydratase activity
類似検索 - 分子機能
Nitrilase/Cyanide hydratase / Nitrilases / cyanide hydratase signature 1. / Nitrilase/cyanide hydratase, conserved site / Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyanide dihydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus pumilus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Mulelu, A.E. / Reitz, J. / van Rooyen, J. / Scheffer, M. / Frangakis, A.S. / Dlamini, L.S. / Woodward, J.D. / Benedik, M.J. / Sewell, B.T.
資金援助 南アフリカ, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation in South Africa 南アフリカ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Role of Histidine Residues in the Oligomerization of Cyanide Dihydratase from Bacillus pumilus C1
著者: Mulelu, A.E. / Reitz, J. / van Rooyen, J. / Scheffer, M. / Frangakis, A.S. / Dlamini, L.S. / Woodward, J.D. / Benedik, M.J. / Sewell, B.T.
履歴
登録2023年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyanide dihydratase
B: Cyanide dihydratase
C: Cyanide dihydratase
E: Cyanide dihydratase
F: Cyanide dihydratase
G: Cyanide dihydratase
H: Cyanide dihydratase
I: Cyanide dihydratase
J: Cyanide dihydratase
K: Cyanide dihydratase
L: Cyanide dihydratase
M: Cyanide dihydratase
N: Cyanide dihydratase
O: Cyanide dihydratase
P: Cyanide dihydratase
Q: Cyanide dihydratase
R: Cyanide dihydratase
S: Cyanide dihydratase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)675,06118
ポリマ－675,06118
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Cyanide dihydratase


分子量: 37503.363 Da / 分子数: 18 / 変異: Q86R,H305K,H308K,H323K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 遺伝子: cynD / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GGL4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Active helical nitrilase homo-oligomer of cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 variant (Q86R/H305K/H308K/H323K)
タイプ: COMPLEX
詳細: Cyanide dihydratase from Bacillus pumilus C1 variant generated by site-directed mutagenesis.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacillus pumilus (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 5.4 / 詳細: 150 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl pH 5.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.150 Msodium chlorideNaCl1
20.05 Mtrizma baseTris1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Homogeneous protein sample.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: A 2.5 microlitre sample was applied onto a glow-discharged grid, blotted and plunged without incubation.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 54 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 30

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
4RELION2.1CTF補正CTFFIND 4.1used to calculate CTF of motion-corrected images
7UCSF Chimera1.15モデルフィッティング
12RELION2.1３次元再構成
13PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
14ISOLDE1.1モデル精密化
15Coot0.9.8.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
らせん対称回転角度/サブユニット: -77 ° / 軸方向距離/サブユニット: 16.7 Å / らせん対称軸の対称性: C2
3次元再構成解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 103000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 92000 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00346620
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.49863252
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.126228
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0426660
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0048226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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