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- PDB-8c5g: Structure of human Neuropilin-1 b1b2 domains in complex with Chlo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c5g
タイトルStructure of human Neuropilin-1 b1b2 domains in complex with Chlorotoxin (Leiurus quinquestriatus)
要素
  • Chlorotoxin
  • Neuropilin-1
キーワードTOXIN / Cancer / Co-receptor / protein-protein complex / Teranostic
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration ...endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / postsynapse organization / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / axon extension involved in axon guidance / renal artery morphogenesis / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / neurofilament / sympathetic neuron projection extension / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor binding / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / axonogenesis involved in innervation / peptidase inhibitor activity / CHL1 interactions / semaphorin receptor complex / regulation of vesicle-mediated transport / Signaling by ROBO receptors / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / neuropilin signaling pathway / substrate-dependent cell migration, cell extension / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / coronary artery morphogenesis / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / CRMPs in Sema3A signaling / semaphorin receptor activity / outflow tract septum morphogenesis / commissural neuron axon guidance / motor neuron axon guidance / regulation of Cdc42 protein signal transduction / axonal fasciculation / chloride channel regulator activity / cell migration involved in sprouting angiogenesis / neural crest cell migration / sprouting angiogenesis / positive regulation of filopodium assembly / artery morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / retinal ganglion cell axon guidance / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive chemotaxis / growth factor binding / cytokine binding / sorting endosome / semaphorin-plexin signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of focal adhesion assembly / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / vasculogenesis / coreceptor activity / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of endothelial cell migration / GTPase activator activity / axon guidance / animal organ morphogenesis / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrial membrane / vascular endothelial growth factor receptor activity / response to wounding / neuron migration / positive regulation of angiogenesis / cell-cell signaling / heparin binding / toxin activity / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / Attachment and Entry / early endosome
類似検索 - 分子機能
Scorpion short chain toxin, chloride channel inhibitor / Scorpion short toxin / Scorpion short toxin chloride channel inhibitor subfamily profile. / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. ...Scorpion short chain toxin, chloride channel inhibitor / Scorpion short toxin / Scorpion short toxin chloride channel inhibitor subfamily profile. / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuropilin-1 / Chlorotoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Leiurus quinquestriatus (サソリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Boros, E. / Ecsedi, P. / Szakacs, D. / Nyitray, L.
資金援助 ハンガリー, 1件
組織認可番号国
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)2018-1.2-1-NKP ハンガリー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human Neuropilin-1 b1b2 domains in complex with Chlorotoxin (Leiurus quinquestriatus)
著者: Boros, E. / Ecsedi, P. / Szakacs, D. / Nyitray, L.
履歴
登録2023年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuropilin-1
D: Chlorotoxin
C: Chlorotoxin
B: Neuropilin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8434
ポリマ－79,8434
非ポリマー00
水00
1
A: Neuropilin-1
C: Chlorotoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9212
ポリマ－39,9212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Chlorotoxin
B: Neuropilin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9212
ポリマ－39,9212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.880, 194.450, 74.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Neuropilin-1 / Vascular endothelial cell growth factor 165 receptor


分子量: 35909.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRP1, NRP, VEGF165R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14786
#2: タンパク質・ペプチド Chlorotoxin / CTX / ClTx


分子量: 4011.813 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leiurus quinquestriatus (サソリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45639
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.04M Potassium phosphate monobasic 16 % w/v PEG 8000 20 % v/v Glycerol (JCSG Plus: D12)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 36045 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.888 / Rmerge(I) obs: 0.345 / Rrim(I) all: 0.372 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.7-2.771.16926870.6291.2661
2.77-2.850.87325730.7550.9451
2.85-2.930.65625520.8650.7131
2.93-3.020.50624230.9120.5481
3.02-3.120.40823880.9510.4431
3.12-3.230.33822170.9670.3691
3.23-3.350.23722560.9850.2571
3.35-3.490.20221020.9920.2191
3.49-3.640.20220680.9610.2181
3.64-3.820.22319570.9870.2421
3.82-4.020.22118730.9790.241
4.02-4.270.26417890.9390.2851
4.27-4.560.25116220.9520.2711
4.56-4.930.26815260.8030.2911
4.93-5.40.30714410.9850.331
5.4-6.040.32512970.980.3491
6.04-6.970.39611380.9840.4261
6.97-8.540.3979610.9250.431
8.54-12.070.417560.740.4441
12.07-500.484190.8180.5151

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16-3549精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QQI,6ATW

2qqi

6atw


解像度: 2.7→48.754 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3138 1797 4.99 %
Rwork0.2627 --
obs0.2649 35993 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.754 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5188 0 0 0 5188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035325
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7077203
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.824302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051764
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004933
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.7730.35441390.30052643X-RAY DIFFRACTION100
2.773-2.85460.33951380.30232629X-RAY DIFFRACTION100
2.8546-2.94680.3391380.30232644X-RAY DIFFRACTION100
2.9468-3.05210.31471360.2922593X-RAY DIFFRACTION99
3.0521-3.17420.36131380.29582625X-RAY DIFFRACTION99
3.1742-3.31870.35491350.28322585X-RAY DIFFRACTION97
3.3187-3.49360.33741360.27672602X-RAY DIFFRACTION100
3.4936-3.71240.33111410.26092676X-RAY DIFFRACTION100
3.7124-3.99890.31251380.25272620X-RAY DIFFRACTION100
3.9989-4.40110.32281380.24952628X-RAY DIFFRACTION99
4.4011-5.03740.27781380.22732626X-RAY DIFFRACTION99
5.0374-6.34440.27881400.26472655X-RAY DIFFRACTION100
6.3444-48.750.3181420.26852670X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.98152.03282.54995.54142.95585.64970.02390.0925-0.42490.0752-0.12730.18540.7033-0.47550.07360.6181-0.16690.10070.4785-0.03370.51114.5075-34.27373.343
22.84550.26110.99468.70551.08155.28380.08710.2330.4944-0.37720.00390.3934-0.25980.0666-0.01420.3865-0.05610.04130.6065-0.03360.418823.4821-2.467714.4223
33.36931.04651.80156.35921.39285.9688-0.09170.1168-0.1271-0.0620.146-0.5790.3230.2073-0.16490.2944-0.01770.0510.49560.00440.474230.6645-9.031318.6531
44.66590.9920.27065.8711.91521.6171-0.14820.0458-0.4049-0.52850.0534-0.50560.22620.1143-0.10650.4199-0.08870.010.50620.0440.583228.4955-6.430514.3215
54.05410.86845.68110.85171.7548.37921.60150.8045-0.6918-0.8153-0.0867-2.36190.89660.8714-1.38951.4215-0.09130.29590.58810.12831.653929.1103-45.408514.9004
65.2202-6.8652-1.57529.02762.05261.2711-0.2222-0.17371.05191.2906-1.4085-1.98670.38441.28041.44241.0380.0185-0.41421.2660.27841.824530.3712-44.358923.3914
79.7395-5.2978-2.34766.2233-0.94852.0439-0.2547-0.5654-2.7622-0.3353-0.10650.8819-0.58330.29370.15691.0918-0.3291-0.1830.81570.32021.260323.154-45.870122.9402
80.7919-0.2236-0.93490.1528-0.12322.7597-0.2038-0.6921.35670.0412-0.46140.90870.0926-1.11660.61421.8942-0.2756-0.31780.9679-0.27231.4361-3.001-45.0788-23.7871
94.05191.18572.30232.6779-0.8962.36641.2112-0.93182.09870.6174-1.45540.8329-0.7948-0.46970.00111.2159-0.28080.45631.1255-0.55331.4365-5.4714-45.3929-16.4745
109.49917.4471-5.32966.929-5.59214.8234-1.3535-0.38820.5841-0.5385-0.10640.4381-1.0404-0.73941.48081.6073-0.4091-0.29950.8533-0.18460.9839-3.9776-45.9283-9.0724
111.4739-1.7052-1.93181.97312.2342.5259-0.8781-0.00520.4683-1.3664-0.12960.0024-1.54340.00990.67291.7665-0.63210.050.7961-0.31140.56933.6593-42.6045-18.611
123.06543.5323-3.59364.1655-4.23614.31420.1476-1.1559-0.0446-1.11820.35841.29551.2708-0.2573-0.48670.9759-0.29070.06820.935-0.11780.93744.1365-46.807-14.7133
134.64993.3636-2.93565.7548-2.24374.55580.3336-0.349-0.15460.4917-0.4956-0.577-0.8660.62420.17260.7917-0.1489-0.18710.48560.05360.57338.6585-56.05939.49
141.4580.9978-1.65495.8249-0.16774.9088-0.034-0.04290.2365-0.16840.09440.2216-0.3233-0.0780.02090.3656-0.0792-0.15190.56660.06650.7678-7.2624-83.639251.3898
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 274 through 428 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 429 through 484 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 485 through 560 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 561 through 583 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 1 through 12 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 13 through 20 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 21 through 36 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 11 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 12 through 19 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 20 through 25 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 26 through 31 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 32 through 36 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 274 through 425 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 426 through 583 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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