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- PDB-8c5g: Structure of human Neuropilin-1 b1b2 domains in complex with Chlo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8c5g
タイトルStructure of human Neuropilin-1 b1b2 domains in complex with Chlorotoxin (Leiurus quinquestriatus)
要素
  • Chlorotoxin
  • Neuropilin-1
キーワードTOXIN / Cancer / Co-receptor / protein-protein complex / Teranostic
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis ...endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / neurofilament / postsynapse organization / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / renal artery morphogenesis / peptidase inhibitor activity / axon extension involved in axon guidance / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / sympathetic neuron projection extension / vascular endothelial growth factor binding / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / axonogenesis involved in innervation / sympathetic ganglion development / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / CHL1 interactions / vascular endothelial growth factor receptor activity / semaphorin receptor complex / regulation of vesicle-mediated transport / Signaling by ROBO receptors / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / neuropilin signaling pathway / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / coronary artery morphogenesis / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / substrate-dependent cell migration, cell extension / outflow tract septum morphogenesis / semaphorin receptor activity / CRMPs in Sema3A signaling / commissural neuron axon guidance / chloride channel regulator activity / motor neuron axon guidance / cell migration involved in sprouting angiogenesis / axonal fasciculation / regulation of Cdc42 protein signal transduction / sprouting angiogenesis / neural crest cell migration / positive regulation of filopodium assembly / artery morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / retinal ganglion cell axon guidance / positive chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell migration / growth factor binding / sorting endosome / positive regulation of focal adhesion assembly / cytokine binding / semaphorin-plexin signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vasculogenesis / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / coreceptor activity / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / GTPase activator activity / Signal transduction by L1 / axon guidance / integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrial membrane / animal organ morphogenesis / neuron migration / response to wounding / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell-cell signaling / heparin binding / toxin activity / cytoplasmic vesicle / postsynaptic membrane / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / Attachment and Entry / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade
類似検索 - 分子機能
Scorpion short chain toxin, chloride channel inhibitor / Scorpion short toxin / Scorpion short toxin chloride channel inhibitor subfamily profile. / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / MAM domain, meprin/A5/mu ...Scorpion short chain toxin, chloride channel inhibitor / Scorpion short toxin / Scorpion short toxin chloride channel inhibitor subfamily profile. / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuropilin-1 / Chlorotoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Leiurus quinquestriatus (サソリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Boros, E. / Ecsedi, P. / Szakacs, D. / Nyitray, L.
資金援助 ハンガリー, 1件
組織認可番号国
National Research Development and Innovation Office (NKFIH)2018-1.2-1-NKP ハンガリー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human Neuropilin-1 b1b2 domains in complex with Chlorotoxin (Leiurus quinquestriatus)
著者: Boros, E. / Ecsedi, P. / Szakacs, D. / Nyitray, L.
履歴
登録2023年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuropilin-1
D: Chlorotoxin
C: Chlorotoxin
B: Neuropilin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8434
ポリマ－79,8434
非ポリマー00
水00
1
A: Neuropilin-1
C: Chlorotoxin


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: BLI measurements (OCTET)
  • 39.9 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9212
ポリマ－39,9212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Chlorotoxin
B: Neuropilin-1


  • 登録者が定義した集合体
  • 39.9 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9212
ポリマ－39,9212
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.880, 194.450, 74.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Neuropilin-1 / Vascular endothelial cell growth factor 165 receptor


分子量: 35909.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRP1, NRP, VEGF165R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14786
#2: タンパク質・ペプチド Chlorotoxin / CTX / ClTx


分子量: 4011.813 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leiurus quinquestriatus (サソリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45639

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.04M Potassium phosphate monobasic 16 % w/v PEG 8000 20 % v/v Glycerol (JCSG Plus: D12)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 36045 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.888 / Rmerge(I) obs: 0.345 / Rrim(I) all: 0.372 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2.7-2.771.16926870.6291.2661
2.77-2.850.87325730.7550.9451
2.85-2.930.65625520.8650.7131
2.93-3.020.50624230.9120.5481
3.02-3.120.40823880.9510.4431
3.12-3.230.33822170.9670.3691
3.23-3.350.23722560.9850.2571
3.35-3.490.20221020.9920.2191
3.49-3.640.20220680.9610.2181
3.64-3.820.22319570.9870.2421
3.82-4.020.22118730.9790.241
4.02-4.270.26417890.9390.2851
4.27-4.560.25116220.9520.2711
4.56-4.930.26815260.8030.2911
4.93-5.40.30714410.9850.331
5.4-6.040.32512970.980.3491
6.04-6.970.39611380.9840.4261
6.97-8.540.3979610.9250.431
8.54-12.070.417560.740.4441
12.07-500.484190.8180.5151

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16-3549精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QQI,6ATW

2qqi

6atw


解像度: 2.7→48.754 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3138 1797 4.99 %
Rwork0.2627 --
obs0.2649 35993 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.754 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5188 0 0 0 5188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035325
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7077203
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.824302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051764
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004933
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.7730.35441390.30052643X-RAY DIFFRACTION100
2.773-2.85460.33951380.30232629X-RAY DIFFRACTION100
2.8546-2.94680.3391380.30232644X-RAY DIFFRACTION100
2.9468-3.05210.31471360.2922593X-RAY DIFFRACTION99
3.0521-3.17420.36131380.29582625X-RAY DIFFRACTION99
3.1742-3.31870.35491350.28322585X-RAY DIFFRACTION97
3.3187-3.49360.33741360.27672602X-RAY DIFFRACTION100
3.4936-3.71240.33111410.26092676X-RAY DIFFRACTION100
3.7124-3.99890.31251380.25272620X-RAY DIFFRACTION100
3.9989-4.40110.32281380.24952628X-RAY DIFFRACTION99
4.4011-5.03740.27781380.22732626X-RAY DIFFRACTION99
5.0374-6.34440.27881400.26472655X-RAY DIFFRACTION100
6.3444-48.750.3181420.26852670X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.98152.03282.54995.54142.95585.64970.02390.0925-0.42490.0752-0.12730.18540.7033-0.47550.07360.6181-0.16690.10070.4785-0.03370.51114.5075-34.27373.343
22.84550.26110.99468.70551.08155.28380.08710.2330.4944-0.37720.00390.3934-0.25980.0666-0.01420.3865-0.05610.04130.6065-0.03360.418823.4821-2.467714.4223
33.36931.04651.80156.35921.39285.9688-0.09170.1168-0.1271-0.0620.146-0.5790.3230.2073-0.16490.2944-0.01770.0510.49560.00440.474230.6645-9.031318.6531
44.66590.9920.27065.8711.91521.6171-0.14820.0458-0.4049-0.52850.0534-0.50560.22620.1143-0.10650.4199-0.08870.010.50620.0440.583228.4955-6.430514.3215
54.05410.86845.68110.85171.7548.37921.60150.8045-0.6918-0.8153-0.0867-2.36190.89660.8714-1.38951.4215-0.09130.29590.58810.12831.653929.1103-45.408514.9004
65.2202-6.8652-1.57529.02762.05261.2711-0.2222-0.17371.05191.2906-1.4085-1.98670.38441.28041.44241.0380.0185-0.41421.2660.27841.824530.3712-44.358923.3914
79.7395-5.2978-2.34766.2233-0.94852.0439-0.2547-0.5654-2.7622-0.3353-0.10650.8819-0.58330.29370.15691.0918-0.3291-0.1830.81570.32021.260323.154-45.870122.9402
80.7919-0.2236-0.93490.1528-0.12322.7597-0.2038-0.6921.35670.0412-0.46140.90870.0926-1.11660.61421.8942-0.2756-0.31780.9679-0.27231.4361-3.001-45.0788-23.7871
94.05191.18572.30232.6779-0.8962.36641.2112-0.93182.09870.6174-1.45540.8329-0.7948-0.46970.00111.2159-0.28080.45631.1255-0.55331.4365-5.4714-45.3929-16.4745
109.49917.4471-5.32966.929-5.59214.8234-1.3535-0.38820.5841-0.5385-0.10640.4381-1.0404-0.73941.48081.6073-0.4091-0.29950.8533-0.18460.9839-3.9776-45.9283-9.0724
111.4739-1.7052-1.93181.97312.2342.5259-0.8781-0.00520.4683-1.3664-0.12960.0024-1.54340.00990.67291.7665-0.63210.050.7961-0.31140.56933.6593-42.6045-18.611
123.06543.5323-3.59364.1655-4.23614.31420.1476-1.1559-0.0446-1.11820.35841.29551.2708-0.2573-0.48670.9759-0.29070.06820.935-0.11780.93744.1365-46.807-14.7133
134.64993.3636-2.93565.7548-2.24374.55580.3336-0.349-0.15460.4917-0.4956-0.577-0.8660.62420.17260.7917-0.1489-0.18710.48560.05360.57338.6585-56.05939.49
141.4580.9978-1.65495.8249-0.16774.9088-0.034-0.04290.2365-0.16840.09440.2216-0.3233-0.0780.02090.3656-0.0792-0.15190.56660.06650.7678-7.2624-83.639251.3898
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 274 through 428 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 429 through 484 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 485 through 560 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 561 through 583 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 1 through 12 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 13 through 20 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 21 through 36 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 11 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 12 through 19 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 20 through 25 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 26 through 31 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 32 through 36 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 274 through 425 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 426 through 583 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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