PDB-8c4y: SFX structure of FutA bound to Fe(III)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8c4y

タイトル

SFX structure of FutA bound to Fe(III)

要素

Putative iron ABC transporter, substrate binding protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Periplasmic iron-binding protein / metal ion binding / iron homeostasis

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / Ferric binding protein / outer membrane-bounded periplasmic space / iron ion transport / metal ion binding / : / Putative iron ABC transporter, substrate binding protein

機能・相同性情報

生物種

Prochlorococcus marinus subsp. pastoris str. CCMP1986 (バクテリア)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Bolton, R. / Tews, I.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: A redox switch allows binding of Fe(II) and Fe(III) ions in the cyanobacterial iron-binding protein FutA from Prochlorococcus.
著者: Bolton, R. / Machelett, M.M. / Stubbs, J. / Axford, D. / Caramello, N. / Catapano, L. / Maly, M. / Rodrigues, M.J. / Cordery, C. / Tizzard, G.J. / MacMillan, F. / Engilberge, S. / von ...

履歴

登録	2023年1月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8c4y.cif.gz	81.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8c4y.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8c4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8c4y_validation.pdf.gz	913.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8c4y_full_validation.pdf.gz	914.4 KB	表示
XML形式データ	8c4y_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	8c4y_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/8c4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c4/8c4y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8oeiC 8oemC 8oggC 8rk1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Putative iron ABC transporter, substrate binding protein

ヘテロ分子

35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.079, 78.290, 47.389
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.358, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative iron ABC transporter, substrate binding protein 分子量: 35219.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Prochlorococcus marinus subsp. pastoris str. CCMP1986 (バクテリア) 遺伝子: futA,sfuA, idiA, PMM1164 / プラスミド: pET- 24b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7V0T9
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.27 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: batch mode 詳細: Purified protein, diluted crystal seeds, and crystallisation buffer were mixed at a 1:1.5:1.5 ratio. Crystallisation buffer was 25% PEG 3350, 200 mM sodium thiocyanate. Crystal seed stock was ...詳細: Purified protein, diluted crystal seeds, and crystallisation buffer were mixed at a 1:1.5:1.5 ratio. Crystallisation buffer was 25% PEG 3350, 200 mM sodium thiocyanate. Crystal seed stock was diluted 1:20 in 25% PEG 3350.

結晶

マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.27 %

結晶化

温度: 294 K / 手法: batch mode
詳細: Purified protein, diluted crystal seeds, and crystallisation buffer were mixed at a 1:1.5:1.5 ratio. Crystallisation buffer was 25% PEG 3350, 200 mM sodium thiocyanate. Crystal seed stock was ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.127 Å
検出器	タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→30.1 Å / Num. obs: 37266 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 618.7 % / B_iso Wilson estimate: 12.09 Å² / CC_1/2: 0.99 / R split: 0.053 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.628 Å / 冗長度: 274.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 1877 / CC_1/2: 0.91 / R split: 0.089 / % possible all: 100
Serial crystallography measurement	Pulse duration: 10 fsec. / XFEL pulse repetition rate: 30 Hz
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target	解説: Silicon nitride chip / 詳細: 25600 apertures / Sample dehydration prevention: Sealed with a Mylar film

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→30.096 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 1.831 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.091 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.208	1919	5.149 %
R_work	0.1903	35347	-
all	0.191	-	-
obs	-	37266	99.791 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.084 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.025 Å²	0 Å²	-0.503 Å²
2-	-	0.143 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.011 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30.096 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2457	0	1	86	2544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2531
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2479
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.76	1.641	3418
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.461	1.588	5710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.147	5	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.941	23.101	129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.497	15	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.316	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2888
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	582
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	504
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.116	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.236	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.233	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.235	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.758	1.522	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.753	1.523	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.605	2.281	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.604	2.281	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.861	1.942	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.86	1.941	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.497	2.736	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.496	2.736	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.386	18.182	2798
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.382	18.17	2789

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.641	0.294	146	0.281	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.9639
1.641-1.686	0.278	142	0.261	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
1.686-1.735	0.317	131	0.249	2452	X-RAY DIFFRACTION	100
1.735-1.789	0.236	133	0.235	2425	X-RAY DIFFRACTION	100
1.789-1.847	0.227	129	0.21	2303	X-RAY DIFFRACTION	100
1.847-1.912	0.249	111	0.194	2282	X-RAY DIFFRACTION	100
1.912-1.984	0.235	113	0.182	2191	X-RAY DIFFRACTION	100
1.984-2.065	0.194	117	0.167	2079	X-RAY DIFFRACTION	100
2.065-2.157	0.173	98	0.173	2017	X-RAY DIFFRACTION	100
2.157-2.262	0.203	103	0.18	1909	X-RAY DIFFRACTION	100
2.262-2.384	0.21	99	0.183	1825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.384-2.529	0.207	86	0.185	1747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.529-2.703	0.207	86	0.196	1632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.703-2.92	0.186	86	0.185	1513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.198	0.181	87	0.183	1389	X-RAY DIFFRACTION	100
3.198-3.575	0.183	65	0.169	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
3.575-4.126	0.161	66	0.144	1102	X-RAY DIFFRACTION	100
4.126-5.05	0.213	47	0.172	956	X-RAY DIFFRACTION	100
5.05-7.127	0.198	52	0.183	728	X-RAY DIFFRACTION	100
7.127-30.096	0.206	22	0.27	358	X-RAY DIFFRACTION	85.0112

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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